转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 50 / 137 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002517 Chr02 NC_080388.1:43669849-43669857promoter 内 1844-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 43661535-43667700(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G003261 Chr08 NC_080394.1:33607291-33607299promoter 内 1772-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 33599650-33605070(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr05G002065 Chr05 NC_080391.1:21514218-21514226promoter 内 1751-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 21516468-21520192(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G001599 Chr02 NC_080388.1:29822994-29823002promoter 内 1733-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 29825262-29827982(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr06G000177 Chr06 NC_080392.1:1238795-1238803promoter 内 1697-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 1241099-1243151(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr06G002848 Chr06 NC_080392.1:41243145-41243153promoter 内 1681-1689 bp + 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 41245465-41247626(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr08G001409 Chr08 NC_080394.1:11298808-11298816promoter 内 1657-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 11294836-11296472(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G001956 Chr02 NC_080388.1:35298519-35298527promoter 内 1647-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 35300873-35303013(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr08G003932 Chr08 NC_080394.1:46964443-46964451promoter 内 1639-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 46966805-46968694(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16479070-16479078promoter 内 1395-1403 bp - 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 16481676-16483898(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G001800 Chr02 NC_080388.1:32847947-32847955promoter 内 1326-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 32844924-32845280(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr07G001728 Chr07 NC_080393.1:14714419-14714427promoter 内 1313-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 14717107-14717705(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr03G003728 Chr03 NC_080389.1:56306539-56306547promoter 内 1303-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56300804-56303849(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G000298 Chr02 NC_080388.1:3766444-3766452promoter 内 1280-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 3762820-3763731(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr04G000790 Chr04 NC_080390.1:9738178-9738186promoter 内 1271-1279 bp - 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 9740908-9744316(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr01G004692 Chr01 NC_080387.1:64982521-64982529promoter 内 1223-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 64979087-64979751(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr05G003875 Chr05 NC_080391.1:52345248-52345256promoter 内 1207-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 52338812-52342462(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr01G002830 Chr01 NC_080387.1:46906053-46906061promoter 内 1113-1121 bp + 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 46901493-46903173(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr03G000550 Chr03 NC_080389.1:5956373-5956381promoter 内 1102-1110 bp - 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5959272-5962864(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr03G002196 Chr03 NC_080389.1:34580898-34580906promoter 内 1091-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 34577229-34577996(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr08G000988 Chr08 NC_080394.1:7419383-7419391promoter 内 1085-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 7422299-7427734(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G001031 Chr08 NC_080394.1:7842650-7842658promoter 内 1047-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 7845604-7851019(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr07G004219 Chr07 NC_080393.1:54404428-54404436promoter 内 1015-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54398535-54401450(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr02G005366 Chr02 NC_080388.1:74359599-74359607promoter 内 989-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 74352580-74356595(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr07G004598 Chr07 NC_080393.1:58763761-58763769promoter 内 935-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 58766827-58768123(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr07G004222 Chr07 NC_080393.1:54437899-54437907promoter 内 900-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54430228-54434806(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr01G004588 Chr01 NC_080387.1:63899184-63899192promoter 内 817-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 63894616-63896008(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr01G002852 Chr01 NC_080387.1:47108469-47108477promoter 内 616-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 47111854-47114130(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr04G002016 Chr04 NC_080390.1:32683491-32683499promoter 内 513-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 32677657-32680011(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G002464 Chr02 NC_080388.1:42980801-42980809promoter 内 317-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 42976423-42977125(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51414006-51414014promoter 内 250-258 bp - 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 51388125-51410263(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr08G002734 Chr08 NC_080394.1:26977132-26977140promoter 内 175-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 26972012-26973314(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr01G003707 Chr01 NC_080387.1:55426237-55426245promoter 内 172-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 55420943-55422416(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr01G004589 Chr01 NC_080387.1:63899184-63899192promoter 内 138-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 63903047-63905894(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr02G003241 Chr02 NC_080388.1:53678817-53678825promoter 内 3987-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53678831-53681910(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr05G000669 Chr05 NC_080391.1:5119771-5119779promoter 内 3979-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5105614-5119757(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
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