转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004274; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001114-RA_Salv SmilChr03G004274 MIKC_MADS XP_057799397.1 MP00080 CCAAAAAAGGAAAA

可能结合的靶基因

9850 个结合位点 6766 个候选靶基因 第 51 / 136 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000452 Chr03 NC_080389.1:4836806-4836819promoter 内 3167-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 4831555-4835985(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr01G001547 Chr01 NC_080387.1:29458165-29458178promoter 内 2760-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 29455509-29456937(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G005424 Chr02 NC_080388.1:74714777-74714790promoter 内 2581-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 74710572-74713370(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G001564 Chr01 NC_080387.1:29670431-29670444promoter 内 2521-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 29666012-29668964(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCCAAAAAGGAAAA
SmilChr03G001579 Chr03 NC_080389.1:19953559-19953572promoter 内 2516-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 19955044-19956198(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr02G004738 Chr02 NC_080388.1:69591968-69591981promoter 内 2508-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 69587773-69590488(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21352362-21352375promoter 内 2146-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 21345982-21350520(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTGGC
SmilChr03G002194 Chr03 NC_080389.1:34546597-34546610promoter 内 2045-2058 bp + 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 34541585-34544654(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr03G002831 Chr03 NC_080389.1:44808353-44808366promoter 内 1779-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 44804631-44806144(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22338641-22338654promoter 内 1734-1747 bp - 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 22340908-22346205(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTGGC
SmilChr02G000393 Chr02 NC_080388.1:4870149-4870162promoter 内 1289-1302 bp + 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 4872861-4879280(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGAAGA
SmilChr04G000683 Chr04 NC_080390.1:7966501-7966514promoter 内 1065-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 7959403-7963578(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTGGC
SmilChr01G001557 Chr01 NC_080387.1:29590071-29590084promoter 内 878-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 29593194-29595995(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G004400 Chr02 NC_080388.1:66347665-66347678promoter 内 707-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 66341746-66344384(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr03G003736 Chr03 NC_080389.1:56390382-56390395promoter 内 612-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 56383169-56387006(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTGGC
SmilChr03G004016 Chr03 NC_080389.1:59146347-59146360promoter 内 564-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 59149784-59152871(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr04G000786 Chr04 NC_080390.1:9678738-9678751promoter 内 3950-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9676495-9678700(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr03G003437 Chr03 NC_080389.1:52731626-52731639promoter 内 3710-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52729843-52731348(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr03G000811 Chr03 NC_080389.1:9294252-9294265promoter 内 3622-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9294631-9297653(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr03G000483 Chr03 NC_080389.1:5139158-5139171promoter 内 3527-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5133232-5138697(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr01G004634 Chr01 NC_080387.1:64359803-64359816promoter 内 3507-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64360297-64367470(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr01G004046 Chr01 NC_080387.1:58899430-58899443promoter 内 3494-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58898460-58898936(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCCTTTTTTGT
SmilChr01G005860 Chr01 NC_080387.1:74526785-74526798promoter 内 3486-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74524119-74526283(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr02G001825 Chr02 NC_080388.1:33283805-33283818promoter 内 3472-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33281548-33283289(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTGGC
SmilChr02G000612 Chr02 NC_080388.1:8936284-8936297promoter 内 3468-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8936817-8943434(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCCTTTTTTGT
SmilChr02G004848 Chr02 NC_080388.1:70613562-70613575promoter 内 3463-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70614100-70617083(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCCTTTTTTGT
SmilChr03G002699 Chr03 NC_080389.1:42965015-42965028promoter 内 3396-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 42956058-42964423(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTCGGT
SmilChr01G005488 Chr01 NC_080387.1:71820723-71820736promoter 内 2960-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71821764-71825122(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr02G003923 Chr02 NC_080388.1:61302114-61302127promoter 内 2899-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61298190-61301025(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr03G002550 Chr03 NC_080389.1:40692894-40692907promoter 内 2875-2888 bp + 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40690547-40691781(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CGTTCTTTTTTTGG
SmilChr02G004955 Chr02 NC_080388.1:71503806-71503819promoter 内 2795-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71495321-71502613(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr02G002928 Chr02 NC_080388.1:49678131-49678144promoter 内 2691-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49676011-49676834(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G002345 Chr01 NC_080387.1:40594166-40594179promoter 内 2510-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40590469-40592688(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G003392 Chr02 NC_080388.1:55042118-55042131promoter 内 2381-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55038555-55040511(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCTTCCATTTTTGG
SmilChr01G005858 Chr01 NC_080387.1:74516591-74516604promoter 内 2293-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74509077-74514896(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr02G005266 Chr02 NC_080388.1:73743719-73743732promoter 内 2179-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73745541-73756597(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr03G004477 Chr03 NC_080389.1:62880287-62880300promoter 内 1901-1914 bp + 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 62874604-62878200(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G000734 Chr01 NC_080387.1:16301781-16301794promoter 内 1896-1909 bp - 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 16299172-16299689(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCGGAAAAGGAAGG
SmilChr03G000453 Chr03 NC_080389.1:4836806-4836819promoter 内 1819-1832 bp - 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4838988-4839974(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr02G004430 Chr02 NC_080388.1:66654481-66654494promoter 内 1770-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 66646396-66652263(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr02G004399 Chr02 NC_080388.1:66340146-66340159promoter 内 1326-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 66334013-66337484(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCCTTTTTTGT
SmilChr01G003672 Chr01 NC_080387.1:55163153-55163166promoter 内 1318-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55155753-55160483(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G004047 Chr01 NC_080387.1:58899430-58899443promoter 内 1088-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58902343-58908090(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGAAGA
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52731626-52731639promoter 内 836-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52734791-52736443(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr03G002388 Chr03 NC_080389.1:37813734-37813747promoter 内 486-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37807486-37810232(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG
SmilChr03G000812 Chr03 NC_080389.1:9294252-9294265promoter 内 422-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9297831-9300286(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29256965-29256978promoter 内 284-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29251984-29253261(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCCAAAAAGGAAAA
SmilChr03G002643 Chr03 NC_080389.1:42038722-42038735promoter 内 191-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 42029806-42034925(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAAT
SmilChr01G001987 Chr01 NC_080387.1:35303159-35303172promoter 内 163-176 bp - 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35294455-35299334(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAACG
SmilChr04G000601 Chr04 NC_080390.1:6793810-6793823promoter 内 157-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6797654-6800022(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCTTTTTTTGG