转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 51 / 129 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38941903-38941910promoter 内 430-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 38935535-38938339(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G005071 Chr01 NC_080387.1:68586735-68586742promoter 内 427-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 68590309-68591133(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G005638 Chr01 NC_080387.1:72820679-72820686promoter 内 427-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 72811430-72817112(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004617 Chr02 NC_080388.1:68688068-68688075promoter 内 425-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 68679256-68684499(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G004941 Chr01 NC_080387.1:67540051-67540058promoter 内 420-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 67534638-67536477(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G004517 Chr01 NC_080387.1:63296838-63296845promoter 内 411-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 63300428-63304872(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G003022 Chr02 NC_080388.1:50900967-50900974promoter 内 403-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 50904565-50905437(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G002881 Chr02 NC_080388.1:49069518-49069525promoter 内 392-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 49064335-49065916(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G000950 Chr02 NC_080388.1:16511224-16511231promoter 内 374-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 16514851-16515779(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001468 Chr01 NC_080387.1:28456787-28456794promoter 内 373-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 28460415-28464252(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G001043 Chr02 NC_080388.1:18502724-18502731promoter 内 372-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 18499017-18499102(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G000910 Chr02 NC_080388.1:15748336-15748343promoter 内 367-374 bp - 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 15743999-15744709(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G000804 Chr01 NC_080387.1:17346867-17346874promoter 内 366-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 17339192-17343239(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G003295 Chr01 NC_080387.1:51640676-51640683promoter 内 365-372 bp + 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 51644312-51650026(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G002127 Chr02 NC_080388.1:38087491-38087498promoter 内 353-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 38091139-38092294(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G000879 Chr01 NC_080387.1:18685601-18685608promoter 内 349-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 18680179-18681956(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G005980 Chr01 NC_080387.1:75461817-75461824promoter 内 345-352 bp - 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 75453629-75458168(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8462196-8462203promoter 内 342-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 8465855-8466898(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004708 Chr02 NC_080388.1:69364310-69364317promoter 内 342-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 69357387-69360658(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G005303 Chr02 NC_080388.1:73975656-73975663promoter 内 337-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 73969792-73971999(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004641 Chr02 NC_080388.1:68857007-68857014promoter 内 328-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 68860680-68866969(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G004950 Chr02 NC_080388.1:71440778-71440785promoter 内 324-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 71444455-71450469(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004305 Chr02 NC_080388.1:65427683-65427690promoter 内 319-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 65431365-65443597(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G006196 Chr01 NC_080387.1:77621624-77621631promoter 内 314-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 77615967-77617944(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G002595 Chr02 NC_080388.1:45096963-45096970promoter 内 302-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 45100662-45103349(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G002640 Chr02 NC_080388.1:45795346-45795353promoter 内 302-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 45799045-45801818(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G003352 Chr02 NC_080388.1:54715605-54715612promoter 内 300-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 54710558-54711911(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004701 Chr02 NC_080388.1:69319363-69319370promoter 内 300-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 69323064-69328271(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002497 Chr01 NC_080387.1:42783428-42783435promoter 内 291-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 42787138-42790359(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G002942 Chr01 NC_080387.1:48205937-48205944promoter 内 282-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 48199708-48202225(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G003264 Chr02 NC_080388.1:53926154-53926161promoter 内 280-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 53920424-53922440(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G005339 Chr02 NC_080388.1:74236650-74236657promoter 内 280-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 74240371-74242892(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004148 Chr02 NC_080388.1:63812701-63812708promoter 内 279-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 63804244-63808986(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40286485-40286492promoter 内 275-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 40281402-40282766(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004854 Chr02 NC_080388.1:70693778-70693785promoter 内 272-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 70697507-70701326(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G002807 Chr01 NC_080387.1:46612801-46612808promoter 内 271-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 46616531-46620668(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
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SmilChr01G002173 Chr01 NC_080387.1:37818340-37818347promoter 内 233-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 37813497-37814579(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
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SmilChr02G002453 Chr02 NC_080388.1:42802637-42802644promoter 内 226-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 42806412-42807480(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
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SmilChr02G004800 Chr02 NC_080388.1:70187645-70187652promoter 内 164-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 70191482-70192438(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT