转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 52 / 167 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000650 Chr02 NC_080388.1:9842447-9842458promoter 内 3776-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 9840881-9842233(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTC
SmilChr08G003833 Chr08 NC_080394.1:44680358-44680369promoter 内 3761-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 44677248-44680129(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAGCACGCCATG
SmilChr04G004053 Chr04 NC_080390.1:55707025-55707036promoter 内 3754-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55702812-55706789(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACC
SmilChr02G004854 Chr02 NC_080388.1:70697231-70697242promoter 内 3725-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 70697507-70701326(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCATT
SmilChr03G000841 Chr03 NC_080389.1:9607750-9607761promoter 内 3708-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 9608043-9612518(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTG
SmilChr06G002636 Chr06 NC_080392.1:37967433-37967444promoter 内 3701-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 37964022-37967144(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAGCACGCCATG
SmilChr01G003587 Chr01 NC_080387.1:54426771-54426782promoter 内 3672-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54427100-54458869(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTC
SmilChr01G000987 Chr01 NC_080387.1:20873981-20873992promoter 内 3652-3663 bp + 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 20874330-20876202(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCATG
SmilChr03G000864 Chr03 NC_080389.1:9839749-9839760promoter 内 3637-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 9840113-9843954(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr02G003634 Chr02 NC_080388.1:57685640-57685651promoter 内 3634-3645 bp - 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 57677485-57685284(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CACCACGCCACA
SmilChr02G004977 Chr02 NC_080388.1:71660587-71660598promoter 内 3615-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 71656099-71660212(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGGTC
SmilChr05G002769 Chr05 NC_080391.1:32142463-32142474promoter 内 3607-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 32136306-32142080(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGCTA
SmilChr05G000040 Chr05 NC_080391.1:196222-196233promoter 内 3558-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 188773-195790(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTACACGCCATG
SmilChr02G004941 Chr02 NC_080388.1:72350073-72350084promoter 内 3532-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 71365587-72349615(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr08G000636 Chr08 NC_080394.1:4748430-4748441promoter 内 3510-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4743391-4747950(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GACCACGCCACA
SmilChr01G004995 Chr01 NC_080387.1:67995449-67995460promoter 内 3427-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 67990440-67994886(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr06G000290 Chr06 NC_080392.1:2001056-2001067promoter 内 3424-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 2001633-2006170(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr02G003322 Chr02 NC_080388.1:54480821-54480832promoter 内 3363-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54473930-54480194(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCACACGCCATT
SmilChr05G000626 Chr05 NC_080391.1:4730691-4730702promoter 内 3357-3368 bp - 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4728857-4730058(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCATG
SmilChr06G001229 Chr06 NC_080392.1:12693918-12693929promoter 内 3346-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12694573-12694649(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGTA
SmilChr03G003473 Chr03 NC_080389.1:53216599-53216610promoter 内 3328-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 53211842-53215937(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr03G000038 Chr03 NC_080389.1:458308-458319promoter 内 3292-3303 bp + 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 459017-461513(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCATG
SmilChr04G002728 Chr04 NC_080390.1:42890575-42890586promoter 内 3264-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42885677-42889849(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCATG
SmilChr08G001972 Chr08 NC_080394.1:17412342-17412353promoter 内 3254-3265 bp + 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 17407466-17411606(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr04G003313 Chr04 NC_080390.1:49857859-49857870promoter 内 3250-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49854005-49857119(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCATG
SmilChr04G002622 Chr04 NC_080390.1:41638899-41638910promoter 内 3248-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 41636145-41638157(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTC
SmilChr06G001230 Chr06 NC_080392.1:12693918-12693929promoter 内 3174-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 12694745-12694825(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGGTA
SmilChr07G002628 Chr07 NC_080393.1:25351076-25351087promoter 内 3149-3160 bp + 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25348733-25350235(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr04G003105 Chr04 NC_080390.1:47626929-47626940promoter 内 3119-3130 bp + 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 47623179-47626058(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGGTC
SmilChr08G001066 Chr08 NC_080394.1:8230092-8230103promoter 内 3112-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 8227790-8229214(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGCTA
SmilChr02G002426 Chr02 NC_080388.1:42240690-42240701promoter 内 3110-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42241581-42241653(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGGCGTGTCT
SmilChr01G003565 Chr01 NC_080387.1:54237887-54237898promoter 内 3103-3114 bp - 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54238785-54239221(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AATGGCGTGTGC
SmilChr04G002668 Chr04 NC_080390.1:42064205-42064216promoter 内 3085-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42065121-42068251(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACC
SmilChr08G000067 Chr08 NC_080394.1:387043-387054promoter 内 3080-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 381978-386133(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGGCGTGTCT
SmilChr04G002666 Chr04 NC_080390.1:42064205-42064216promoter 内 3076-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42061272-42063291(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTTGCGTGTTC
SmilChr04G002624 Chr04 NC_080390.1:41638899-41638910promoter 内 3058-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 41639842-41642949(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAACC
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