转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 53 / 123 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003947 Chr01 NC_080387.1:57822694-57822708promoter 内 497-511 bp - 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57826198-57829765(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGAC
SmilChr03G000131 Chr03 NC_080389.1:1443817-1443831promoter 内 475-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1447343-1448228(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGAC
SmilChr04G001921 Chr04 NC_080390.1:31303324-31303338promoter 内 441-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31294926-31299778(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCTGTGGCGGTGGT
SmilChr02G003398 Chr02 NC_080388.1:55116781-55116795promoter 内 421-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55120361-55122165(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGGCGGCGGTGGT
SmilChr04G003768 Chr04 NC_080390.1:53900489-53900503promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53904179-53907591(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCACT
SmilChr07G003059 Chr07 NC_080393.1:31974063-31974077promoter 内 302-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31977762-31979188(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCAATGTCGGTGCC
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56079265-56079279promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56083016-56085836(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGGCTGGCGGTGGT
SmilChr01G002649 Chr01 NC_080387.1:44816671-44816685promoter 内 245-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44812550-44812929(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G003760 Chr05 NC_080391.1:50832601-50832615promoter 内 222-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 50827640-50828836(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGAC
SmilChr06G001142 Chr06 NC_080392.1:11500774-11500788promoter 内 217-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11492651-11497004(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G003942 Chr02 NC_080388.1:61557827-61557841promoter 内 187-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61561641-61565712(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACTACTGTCGGTGAA
SmilChr01G001847 Chr01 NC_080387.1:33412534-33412548promoter 内 84-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33416451-33417809(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACGTCT
SmilChr01G005399 Chr01 NC_080387.1:71250659-71250673promoter 内 44-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 71254616-71256083(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCACG
SmilChr08G004161 Chr08 NC_080394.1:50896100-50896114promoter 内 16-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 50889040-50892129(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGGCGGC
SmilChr08G000576 Chr08 NC_080394.1:4217775-4217789promoter 内 12-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4221764-4223038(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCGCCGACAAATTT
SmilChr06G002920 Chr06 NC_080392.1:42074468-42074482promoter 内 741-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 5 42068908-42071222(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G001628 Chr05 NC_080391.1:15208312-15208326promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 15211923-15213264(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAAATAG
SmilChr05G001629 Chr05 NC_080391.1:15208312-15208326promoter 内 388-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 15211925-15213264(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAAATAG
SmilChr04G002706 Chr04 NC_080390.1:42665697-42665711promoter 内 3774-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 42665924-42668713(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGACGTGGCGGTGGT
SmilChr05G001867 Chr05 NC_080391.1:18807122-18807136promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 18807865-18810753(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCATCGTCGGTGGA
SmilChr08G002124 Chr08 NC_080394.1:19111519-19111533promoter 内 3243-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 19112277-19118582(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGAGCGTCGGTGAG
SmilChr05G003446 Chr05 NC_080391.1:45827212-45827226promoter 内 3157-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 45828056-45829197(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGTCGTCGGTGAA
SmilChr06G000819 Chr06 NC_080392.1:7718431-7718445promoter 内 3002-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 7719430-7722625(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGAATTC
SmilChr08G004916 Chr08 NC_080394.1:58107867-58107881promoter 内 2127-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 58109741-58112122(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G006187 Chr01 NC_080387.1:77413787-77413801promoter 内 1801-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 77415987-77416394(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTTC
SmilChr04G001001 Chr04 NC_080390.1:13897067-13897081promoter 内 1801-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 13892626-13894881(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGTTGTCGGTGTT
SmilChr01G002803 Chr01 NC_080387.1:46568479-46568493promoter 内 1734-1748 bp - 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 46570746-46573227(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACTCCTCG
SmilChr07G003108 Chr07 NC_080393.1:32932146-32932160promoter 内 1656-1670 bp - 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 32934491-32934570(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCTGTC
SmilChr08G004336 Chr08 NC_080394.1:53026366-53026380promoter 内 1447-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 53017363-53023826(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGACGCG
SmilChr01G004841 Chr01 NC_080387.1:66545165-66545179promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 66534842-66542217(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAATTAA
SmilChr05G002778 Chr05 NC_080391.1:32382214-32382228promoter 内 1013-1027 bp + 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 32365882-32379240(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTTC
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19832243-19832257promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 19827940-19829163(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTAATTGTCGGCGGC
SmilChr03G003681 Chr03 NC_080389.1:55651356-55651370promoter 内 704-718 bp - 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 55654653-55655777(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCTGTC
SmilChr01G001122 Chr01 NC_080387.1:22832908-22832922promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22832926-22840584(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCAGTGTCGGTGTG
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52391765-52391779promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACACCA
SmilChr08G000309 Chr08 NC_080394.1:2166346-2166360promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2165418-2166308(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTATGTGTCGGTGTG
SmilChr07G002427 Chr07 NC_080393.1:22594491-22594505promoter 内 3751-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22594741-22599568(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAAGATT
SmilChr01G001618 Chr01 NC_080387.1:30286606-30286620promoter 内 3636-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30286971-30294955(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGAGGAGTCGGTGGC
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50703805-50703819promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50704184-50705021(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAATTAA
SmilChr05G003155 Chr05 NC_080391.1:40301980-40301994promoter 内 3503-3517 bp + 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40302478-40305271(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTAATTGTCGGCGGC
SmilChr01G001121 Chr01 NC_080387.1:22832908-22832922promoter 内 3403-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22831740-22832324(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACACCGACACTGCG
SmilChr01G001681 Chr01 NC_080387.1:31010059-31010073promoter 内 3371-3385 bp + 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31008781-31009443(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCAGCAAC
SmilChr05G002396 Chr05 NC_080391.1:26445511-26445525promoter 内 3357-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26443203-26444881(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTTC
SmilChr03G003967 Chr03 NC_080389.1:58723389-58723403promoter 内 3143-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58720553-58722545(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAGAGAA
SmilChr06G000053 Chr06 NC_080392.1:432187-432201promoter 内 3087-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 428399-431287(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCATCGTCGGTGGA
SmilChr06G002924 Chr06 NC_080392.1:42092559-42092573promoter 内 3040-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42093520-42093592(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCTGTTGTCGGCGGT
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6617103-6617117promoter 内 2984-2998 bp - 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6613066-6616100(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGAATGTCGGTGAA
SmilChr01G001993 Chr01 NC_080387.1:35327179-35327193promoter 内 2856-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35328324-35336128(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACCCTCCC
SmilChr07G001149 Chr07 NC_080393.1:8635724-8635738promoter 内 2827-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8633350-8634564(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGCTGGCGGTGGT
SmilChr01G004817 Chr01 NC_080387.1:66350042-66350056promoter 内 2691-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66345812-66348746(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGCCGTCGGTGAT