转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 53 / 161 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001797 Chr03 NC_080389.1:24587558-24587569promoter 内 1025-1036 bp + 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 24590534-24591657(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr02G001595 Chr02 NC_080388.1:29773672-29773683promoter 内 1002-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 29768588-29770684(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr04G001263 Chr04 NC_080390.1:19918621-19918632promoter 内 964-975 bp + 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 19921658-19922716(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr07G003912 Chr07 NC_080393.1:49350942-49350953promoter 内 911-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 49354032-49355648(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr02G000681 Chr02 NC_080388.1:10745442-10745453promoter 内 847-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 10718197-10742299(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr07G003964 Chr07 NC_080393.1:50442518-50442529promoter 内 757-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 50437842-50439285(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCCTTTTTGG
SmilChr05G003094 Chr05 NC_080391.1:39269666-39269677promoter 内 591-602 bp - 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 39264198-39266267(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr05G003580 Chr05 NC_080391.1:47834648-47834659promoter 内 587-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 47838062-47839718(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr02G000885 Chr02 NC_080388.1:15261061-15261072promoter 内 431-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 15256490-15257502(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67464511-67464522promoter 内 349-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 67459992-67460870(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr04G001257 Chr04 NC_080390.1:19828076-19828087promoter 内 152-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 19831925-19836797(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr07G000707 Chr07 NC_080393.1:4910887-4910898promoter 内 60-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 4914828-4925957(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGGA
SmilChr01G003887 Chr01 NC_080387.1:57189635-57189646promoter 内 3850-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 57188378-57189495(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr01G002462 Chr01 NC_080387.1:42295536-42295547promoter 内 810-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 42298727-42301733(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr07G000544 Chr07 NC_080393.1:3752837-3752848promoter 内 52-63 bp + 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 3746533-3748899(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr01G000218 Chr01 NC_080387.1:3794362-3794373promoter 内 3852-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3794511-3799399(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr07G004359 Chr07 NC_080393.1:56235362-56235373promoter 内 3454-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56145594-56234826(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr03G000352 Chr03 NC_080389.1:3947495-3947506promoter 内 3218-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3943991-3946723(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr01G000217 Chr01 NC_080387.1:3794362-3794373promoter 内 3205-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3792740-3793577(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr02G002937 Chr02 NC_080388.1:49878353-49878364promoter 内 2964-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49879390-49884337(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr05G003781 Chr05 NC_080391.1:51139905-51139916promoter 内 2732-2743 bp - 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 51141174-51143598(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr02G001789 Chr02 NC_080388.1:32657918-32657929promoter 内 2658-2669 bp + 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32659261-32659334(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr08G000071 Chr08 NC_080394.1:406214-406225promoter 内 2513-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 407702-418069(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr02G001790 Chr02 NC_080388.1:32657918-32657929promoter 内 2416-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32659503-32661425(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr03G001901 Chr03 NC_080389.1:26542772-26542783promoter 内 2190-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 26544583-26544654(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr02G001788 Chr02 NC_080388.1:32657918-32657929promoter 内 2057-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32653735-32655985(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr03G004352 Chr03 NC_080389.1:61762593-61762604promoter 内 2057-2068 bp - 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61759108-61760660(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr01G004340 Chr01 NC_080387.1:61575998-61576009promoter 内 2042-2053 bp - 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61577957-61579945(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr01G004406 Chr01 NC_080387.1:62164376-62164387promoter 内 2035-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62160552-62162421(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr07G004368 Chr07 NC_080393.1:56235362-56235373promoter 内 1924-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56237439-56240528(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr03G001208 Chr03 NC_080389.1:13927721-13927732promoter 内 1740-1751 bp + 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 13922573-13925471(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72854336-72854347promoter 内 1679-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72856658-72859105(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr03G004353 Chr03 NC_080389.1:61762593-61762604promoter 内 1663-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61764931-61771322(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr06G002515 Chr06 NC_080392.1:36054776-36054787promoter 内 1660-1671 bp + 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36051862-36052446(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTCGG
SmilChr03G003609 Chr03 NC_080389.1:54724108-54724119promoter 内 1564-1575 bp - 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54718005-54721682(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
SmilChr07G001645 Chr07 NC_080393.1:13869387-13869398promoter 内 1559-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 13871829-13880180(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAA
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