转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 54 / 137 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002636 Chr03 NC_080389.1:41946396-41946404promoter 内 2570-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41947827-41948911(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39141285-39141293promoter 内 2552-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39136070-39139844(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G002686 Chr02 NC_080388.1:46547101-46547109promoter 内 2552-2560 bp - 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46544823-46545660(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr01G005716 Chr01 NC_080387.1:73364758-73364766promoter 内 2541-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 73366218-73368088(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G000296 Chr02 NC_080388.1:3752320-3752328promoter 内 2541-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3750134-3750868(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr07G002317 Chr07 NC_080393.1:21438749-21438757promoter 内 2541-2549 bp + 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 21435385-21437297(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr01G004670 Chr01 NC_080387.1:64798536-64798544promoter 内 2524-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 64795713-64797067(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr06G001341 Chr06 NC_080392.1:13971009-13971017promoter 内 2520-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 13972490-13975342(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr01G005678 Chr01 NC_080387.1:73060361-73060369promoter 内 2517-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 73055593-73058885(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr03G003078 Chr03 NC_080389.1:47793343-47793351promoter 内 2508-2516 bp - 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47789980-47791858(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr08G004090 Chr08 NC_080394.1:49600333-49600341promoter 内 2505-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49579959-49598845(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr04G001330 Chr04 NC_080390.1:21486390-21486398promoter 内 2481-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 21480745-21484878(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr03G000855 Chr03 NC_080389.1:9772605-9772613promoter 内 2478-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9768373-9771090(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr05G001637 Chr05 NC_080391.1:15336849-15336857promoter 内 2475-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15324751-15335331(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr07G002564 Chr07 NC_080393.1:24444223-24444231promoter 内 2447-2455 bp - 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24445777-24457780(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr01G004544 Chr01 NC_080387.1:63588517-63588525promoter 内 2445-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 63590073-63593410(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr06G000632 Chr06 NC_080392.1:5584148-5584156promoter 内 2445-2453 bp - 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5585704-5586896(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr05G003168 Chr05 NC_080391.1:40471099-40471107promoter 内 2444-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40472656-40472736(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr05G003090 Chr05 NC_080391.1:39111731-39111739promoter 内 2434-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39109825-39110172(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr07G002382 Chr07 NC_080393.1:22212088-22212096promoter 内 2434-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 22207718-22210529(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr07G003932 Chr07 NC_080393.1:49640205-49640213promoter 内 2421-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49635727-49638633(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr01G003665 Chr01 NC_080387.1:55071953-55071961promoter 内 2419-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 55067997-55070379(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G001255 Chr08 NC_080394.1:9952326-9952334promoter 内 2419-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9953908-9956092(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G001788 Chr02 NC_080388.1:32657566-32657574promoter 内 2412-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32653735-32655985(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr04G003010 Chr04 NC_080390.1:46490413-46490421promoter 内 2402-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46492012-46494195(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr07G003924 Chr07 NC_080393.1:49553636-49553644promoter 内 2364-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49551045-49552007(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr07G001706 Chr07 NC_080393.1:14467788-14467796promoter 内 2362-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 14469427-14470273(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr01G000682 Chr01 NC_080387.1:15102849-15102857promoter 内 2313-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15097749-15101169(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G001789 Chr02 NC_080388.1:32657566-32657574promoter 内 2306-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32659261-32659334(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr01G001601 Chr01 NC_080387.1:30181454-30181462promoter 内 2301-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30183154-30186704(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G004433 Chr08 NC_080394.1:54029307-54029315promoter 内 2279-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54025766-54027593(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr01G000129 Chr01 NC_080387.1:2192812-2192820promoter 内 2278-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2188602-2191097(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr05G001878 Chr05 NC_080391.1:19041594-19041602promoter 内 2274-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 19037772-19039875(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr01G005250 Chr01 NC_080387.1:70024732-70024740promoter 内 2273-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70026460-70028817(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr02G004363 Chr02 NC_080388.1:65918940-65918948promoter 内 2262-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 65920679-65922154(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G004747 Chr02 NC_080388.1:69681344-69681352promoter 内 2262-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 69674212-69679613(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
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