转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 54 / 123 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003324 Chr04 NC_080390.1:49977743-49977757promoter 内 2626-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49974178-49976382(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCATCGTCGGTGGA
SmilChr06G000290 Chr06 NC_080392.1:2000223-2000237promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2001633-2006170(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TACACCGACACCCAC
SmilChr03G003968 Chr03 NC_080389.1:58723389-58723403promoter 内 2439-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58724951-58735781(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCTCTGTCGGTGCC
SmilChr02G004857 Chr02 NC_080388.1:70719384-70719398promoter 内 2394-2408 bp - 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70711405-70717791(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACTGTGACGGTGGT
SmilChr04G002747 Chr04 NC_080390.1:43145695-43145709promoter 内 2330-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43147366-43148855(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGGCGGTGGT
SmilChr04G003226 Chr04 NC_080390.1:49092120-49092134promoter 内 2316-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49088561-49090449(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCATCGTCGGTGGA
SmilChr01G004870 Chr01 NC_080387.1:66828638-66828652promoter 内 2293-2307 bp - 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66825406-66826944(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TACATTGTCGGTGCA
SmilChr01G005912 Chr01 NC_080387.1:74967645-74967659promoter 内 2261-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 74964568-74965919(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTGCCGTCGGTGGA
SmilChr07G001178 Chr07 NC_080393.1:8927190-8927204promoter 内 2236-2250 bp - 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8922552-8925439(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATAGGTGTCGGTGTC
SmilChr07G004591 Chr07 NC_080393.1:58710808-58710822promoter 内 2174-2188 bp - 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58707117-58708995(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATAGTTGTCGGCGGA
SmilChr04G001746 Chr04 NC_080390.1:28741843-28741857promoter 内 2067-2081 bp + 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28743777-28751452(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCATTGTCGGTAGC
SmilChr02G004232 Chr02 NC_080388.1:64505014-64505028promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64507040-64508217(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGCCGACAATGCG
SmilChr06G000814 Chr06 NC_080392.1:7685406-7685420promoter 内 1959-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7679903-7683378(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAATTCGTCGGTGAA
SmilChr02G000636 Chr02 NC_080388.1:9616912-9616926promoter 内 1875-1889 bp + 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9619038-9620598(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGGCGGTGGT
SmilChr04G001492 Chr04 NC_080390.1:24378377-24378391promoter 内 1865-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 24375866-24376255(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCACTGGCGGTGGT
SmilChr08G003753 Chr08 NC_080394.1:42632646-42632660promoter 内 1841-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42634806-42635723(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCTCTGTCGGTGAT
SmilChr01G004418 Chr01 NC_080387.1:62309745-62309759promoter 内 1829-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62311917-62313519(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACTCCAGC
SmilChr03G002644 Chr03 NC_080389.1:42065415-42065429promoter 内 1716-1730 bp + 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42061571-42063144(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGAGGC
SmilChr03G000431 Chr03 NC_080389.1:4671477-4671491promoter 内 1687-1701 bp - 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4668593-4669177(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGGCGGTGGT
SmilChr06G002844 Chr06 NC_080392.1:41203303-41203317promoter 内 1611-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41196799-41200927(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTTCTGACGGTGGT
SmilChr04G000229 Chr04 NC_080390.1:2042113-2042127promoter 内 1590-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2034220-2039716(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCCGGC
SmilChr04G000414 Chr04 NC_080390.1:4342524-4342538promoter 内 1567-1581 bp - 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4339745-4340104(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CATGGTGACGGTGGT
SmilChr05G003386 Chr05 NC_080391.1:44859824-44859838promoter 内 1547-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44862278-44863196(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATGGCC
SmilChr07G001179 Chr07 NC_080393.1:8927190-8927204promoter 内 1520-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8929671-8937424(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACACCTAT
SmilChr02G004928 Chr02 NC_080388.1:71290425-71290439promoter 内 1515-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71292911-71295909(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGGTTGTCGGTGTC
SmilChr08G004337 Chr08 NC_080394.1:53026366-53026380promoter 内 1478-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53028889-53033403(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGTCGTCGGTGAA
SmilChr06G000373 Chr06 NC_080392.1:2881314-2881328promoter 内 1465-1479 bp + 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2874802-2878792(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTTC
SmilChr06G000397 Chr06 NC_080392.1:3177045-3177059promoter 内 1439-1453 bp + 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3170318-3174497(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTTC
SmilChr02G000267 Chr02 NC_080388.1:3466580-3466594promoter 内 1427-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3469154-3470115(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGAATGTCGGTGAA
SmilChr02G004231 Chr02 NC_080388.1:64505014-64505028promoter 内 1425-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64501118-64502452(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCATTGTCGGCGAC
SmilChr02G003460 Chr02 NC_080388.1:55894353-55894367promoter 内 1406-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55896948-55897020(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGACGTGGCGGTGGT
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38557084-38557098promoter 内 1380-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38553610-38554477(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGCATCA
SmilChr03G002582 Chr03 NC_080389.1:41081695-41081709promoter 内 1346-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41084350-41090165(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGCTGGCGGTGGT
SmilChr07G002794 Chr07 NC_080393.1:27847209-27847223promoter 内 1343-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27840381-27844565(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCTTTTGTCGGTGCT
SmilChr03G002626 Chr03 NC_080389.1:41672483-41672497promoter 内 1270-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41675214-41679124(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCGCCGACAATAGG
SmilChr08G002915 Chr08 NC_080394.1:29124276-29124290promoter 内 1259-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29127018-29130048(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGGCGGTGGT
SmilChr01G001680 Chr01 NC_080387.1:31010059-31010073promoter 内 1234-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31005862-31007306(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCAGCAAC
SmilChr07G000416 Chr07 NC_080393.1:2862195-2862209promoter 内 1196-1210 bp - 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2865000-2877630(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACATGGAC
SmilChr05G003119 Chr05 NC_080391.1:39734608-39734622promoter 内 1187-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 39730924-39731808(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGGCGCC
SmilChr07G000413 Chr07 NC_080393.1:2862195-2862209promoter 内 1112-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2855138-2859320(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCCATGTCGGTGAT
SmilChr01G002160 Chr01 NC_080387.1:37601474-37601488promoter 内 1062-1076 bp + 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 37604413-37606391(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGGCGGTGGT
SmilChr07G001151 Chr07 NC_080393.1:8635724-8635738promoter 内 1014-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8638711-8640583(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCCTC
SmilChr02G004606 Chr02 NC_080388.1:68566546-68566560promoter 内 989-1003 bp + 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68561984-68563548(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGAGAAT
SmilChr02G004607 Chr02 NC_080388.1:68566546-68566560promoter 内 887-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68569660-68579495(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTCTCGTCGGTGGC
SmilChr08G003931 Chr08 NC_080394.1:46947567-46947581promoter 内 886-900 bp + 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 46950682-46953776(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAACTGACGGTGGT
SmilChr01G005911 Chr01 NC_080387.1:74967645-74967659promoter 内 814-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 74963277-74964472(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTGCCGTCGGTGGA
SmilChr05G002532 Chr05 NC_080391.1:28159951-28159965promoter 内 802-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28163150-28165359(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTCATGTCGGTGGA
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:116057-116071promoter 内 787-801 bp - 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGAATGTCGGTGAA
SmilChr03G000430 Chr03 NC_080389.1:4671477-4671491promoter 内 773-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4666578-4668263(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGGCGGTGGT
SmilChr01G001682 Chr01 NC_080387.1:31010059-31010073promoter 内 769-783 bp + 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31013291-31016406(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGCTGACGGTGGT