转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 55 / 128 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003129 Chr07 NC_080393.1:33199496-33199510promoter 内 857-871 bp - 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 33202640-33208096(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCTGGGG
SmilChr02G000066 Chr02 NC_080388.1:860294-860308promoter 内 849-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 863446-866698(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTTGCCACCGCCA
SmilChr03G001790 Chr03 NC_080389.1:24424074-24424088promoter 内 793-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24427282-24429690(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGCCCGCCACCGCCG
SmilChr02G000595 Chr02 NC_080388.1:8581580-8581594promoter 内 787-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8584794-8585920(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACGGCCACCGCCA
SmilChr06G000121 Chr06 NC_080392.1:849418-849432promoter 内 491-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 852928-859830(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCTTCCACCGCCA
SmilChr01G001420 Chr01 NC_080387.1:27799302-27799316promoter 内 420-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27802883-27806003(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGTGC
SmilChr03G000553 Chr03 NC_080389.1:5984514-5984528promoter 内 387-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5988128-5991376(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGGTGA
SmilChr06G002575 Chr06 NC_080392.1:36995609-36995623promoter 内 302-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36989858-36991924(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCTC
SmilChr07G003464 Chr07 NC_080393.1:38713170-38713184promoter 内 292-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38716879-38717739(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACAGCGCCACCGCCA
SmilChr06G002576 Chr06 NC_080392.1:37002848-37002862promoter 内 261-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36993356-36999122(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCTC
SmilChr06G002578 Chr06 NC_080392.1:37024346-37024360promoter 内 260-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 37014853-37020619(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCTC
SmilChr01G002298 Chr01 NC_080387.1:39794556-39794570promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39798336-39800288(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGCGA
SmilChr04G004129 Chr04 NC_080390.1:56109937-56109951promoter 内 138-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56113800-56123500(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCTCCACCGCTA
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2037071-2037085promoter 内 130-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAAAGG
SmilChr03G001785 Chr03 NC_080389.1:24424074-24424088promoter 内 128-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24417664-24420215(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGGCC
SmilChr04G004126 Chr04 NC_080390.1:56109937-56109951promoter 内 18-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56101720-56105968(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGCTGG
SmilChr03G000543 Chr03 NC_080389.1:5888410-5888424promoter 内 10-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5892401-5893673(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGGTGA
SmilChr01G000939 Chr01 NC_080387.1:19891353-19891367promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 19891836-19895713(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr01G000800 Chr01 NC_080387.1:17280746-17280760promoter 内 3372-3386 bp - 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 17281375-17287044(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTAGGG
SmilChr01G000754 Chr01 NC_080387.1:16623801-16623815promoter 内 3366-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 16616861-16623180(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTAGGG
SmilChr08G001780 Chr08 NC_080394.1:15007045-15007059promoter 内 2607-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 15008439-15010005(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAATGG
SmilChr07G004579 Chr07 NC_080393.1:58569249-58569263promoter 内 2105-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 58571145-58571516(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr02G002872 Chr02 NC_080388.1:48965604-48965618promoter 内 2017-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 48957194-48963634(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGTCTCCACCGCCG
SmilChr05G000598 Chr05 NC_080391.1:4505809-4505823promoter 内 1014-1028 bp + 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 4501605-4502836(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGCCG
SmilChr07G000497 Chr07 NC_080393.1:3459996-3460010promoter 内 691-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 3463306-3471702(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGACGT
SmilChr02G003037 Chr02 NC_080388.1:51078812-51078826promoter 内 3544-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 51079269-51080318(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCACCACCGCTG
SmilChr07G000454 Chr07 NC_080393.1:3207484-3207498promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 3202805-3206835(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGTTC
SmilChr01G004944 Chr01 NC_080387.1:67548989-67549003promoter 内 3178-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 67546952-67548180(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTTCGCCACCGCCT
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43100580-43100594promoter 内 3170-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 43097783-43099763(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCTC
SmilChr05G002968 Chr05 NC_080391.1:36033805-36033819promoter 内 2496-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 36029094-36032314(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGAAGGTGG
SmilChr05G003255 Chr05 NC_080391.1:42063905-42063919promoter 内 2324-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 42061631-42062242(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTTCACCGCCT
SmilChr06G002030 Chr06 NC_080392.1:26445607-26445621promoter 内 2163-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 26435263-26443783(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCCGCTG
SmilChr05G002598 Chr05 NC_080391.1:29190987-29191001promoter 内 1528-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 29193460-29196957(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGA
SmilChr07G002718 Chr07 NC_080393.1:26637897-26637911promoter 内 1106-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 26640792-26648171(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCAG
SmilChr04G002949 Chr04 NC_080390.1:45821493-45821507promoter 内 974-988 bp - 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 45817736-45818480(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCACCACCGCTG
SmilChr08G003588 Chr08 NC_080394.1:38677739-38677753promoter 内 706-720 bp + 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 38672080-38674458(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGCGGAGG
SmilChr03G002103 Chr03 NC_080389.1:32589498-32589512promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32589562-32593681(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGTGG
SmilChr02G002494 Chr02 NC_080388.1:43373783-43373797promoter 内 3640-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43373357-43373436(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGACGCCACCGCCT
SmilChr04G000869 Chr04 NC_080390.1:11194108-11194122promoter 内 3567-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10980515-11193688(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGAAGGTGG
SmilChr05G003791 Chr05 NC_080391.1:51255667-51255681promoter 内 3396-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51256272-51259748(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr07G004578 Chr07 NC_080393.1:58569249-58569263promoter 内 3338-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 58569912-58570741(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr08G003513 Chr08 NC_080394.1:37680711-37680725promoter 内 3306-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 37681406-37686427(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAACCTCCACCGCCG
SmilChr02G002308 Chr02 NC_080388.1:40694634-40694648promoter 内 3271-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40695364-40701609(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGATAG
SmilChr06G000851 Chr06 NC_080392.1:8063833-8063847promoter 内 3176-3190 bp + 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 8064658-8065899(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACTGCCACCGCCG
SmilChr03G001022 Chr03 NC_080389.1:11851331-11851345promoter 内 2822-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11852510-11854008(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGTCACCACCGCCG
SmilChr02G004030 Chr02 NC_080388.1:62582431-62582445promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 62583629-62586247(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCGGG
SmilChr08G002774 Chr08 NC_080394.1:27426576-27426590promoter 内 2574-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 27421487-27425163(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGCGT
SmilChr01G000656 Chr01 NC_080387.1:14620893-14620907promoter 内 2505-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14614324-14619411(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTTCACCGCCT
SmilChr02G001984 Chr02 NC_080388.1:35783110-35783124promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35779820-35781617(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGGGC
SmilChr02G000486 Chr02 NC_080388.1:6628460-6628474promoter 内 2493-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6629968-6632943(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGC