转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 56 / 137 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003923 Chr08 NC_080394.1:46723997-46724011promoter 内 3378-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46722821-46723388(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr02G003014 Chr02 NC_080388.1:50826100-50826114promoter 内 3280-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50826821-50828044(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGCTGACGTGGAT
SmilChr03G002170 Chr03 NC_080389.1:33749215-33749229promoter 内 3267-3281 bp - 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33746205-33748495(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr02G000037 Chr02 NC_080388.1:466287-466301promoter 内 3261-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 467027-467542(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr01G000020 Chr01 NC_080387.1:385638-385652promoter 内 3233-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 382559-384884(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGACCT
SmilChr01G000778 Chr01 NC_080387.1:16979980-16979994promoter 内 3230-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16980751-16982877(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCTGCAAG
SmilChr03G002561 Chr03 NC_080389.1:40795284-40795298promoter 内 3179-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40796106-40802176(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr02G005263 Chr02 NC_080388.1:73723830-73723844promoter 内 3153-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 73718345-73722996(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACATTT
SmilChr01G001783 Chr01 NC_080387.1:32703952-32703966promoter 内 3131-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32699486-32703096(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr04G000928 Chr04 NC_080390.1:12092860-12092874promoter 内 3082-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12089431-12091955(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCGATGACGTGTCG
SmilChr05G002030 Chr05 NC_080391.1:21093976-21093990promoter 内 3082-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21087317-21093071(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr04G000925 Chr04 NC_080390.1:12072624-12072638promoter 内 3059-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12073566-12076750(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCGATGACGTGTCG
SmilChr08G003420 Chr08 NC_080394.1:36413780-36413794promoter 内 3055-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36414726-36435775(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr04G000221 Chr04 NC_080390.1:1949662-1949676promoter 内 2994-3008 bp + 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1947142-1948669(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGTCCTACGTGGCA
SmilChr08G003149 Chr08 NC_080394.1:31907304-31907318promoter 内 2986-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 31902988-31906303(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr01G000976 Chr01 NC_080387.1:20635857-20635871promoter 内 2965-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 20630201-20634835(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr07G003832 Chr07 NC_080393.1:47424166-47424180promoter 内 2965-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 47425202-47439274(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr01G000088 Chr01 NC_080387.1:1631014-1631028promoter 内 2955-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1619640-1629982(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr03G002140 Chr03 NC_080389.1:33336746-33336760promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33337814-33343397(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGATTA
SmilChr08G003416 Chr08 NC_080394.1:36344698-36344712promoter 内 2908-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36342933-36343619(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr02G001778 Chr02 NC_080388.1:32559822-32559836promoter 内 2813-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32561010-32566063(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAACTCC
SmilChr08G001354 Chr08 NC_080394.1:10863352-10863366promoter 内 2760-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10864593-10867710(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAATCCTACGTGGCA
SmilChr06G001971 Chr06 NC_080392.1:24871856-24871870promoter 内 2736-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 24873121-24875368(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr05G003659 Chr05 NC_080391.1:49310627-49310641promoter 内 2724-2738 bp + 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49303007-49309364(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr04G000679 Chr04 NC_080390.1:7824744-7824758promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7826028-7828699(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACCA
SmilChr02G003776 Chr02 NC_080388.1:59445108-59445122promoter 内 2679-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59441556-59443800(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr07G003495 Chr07 NC_080393.1:39612625-39612639promoter 内 2655-2669 bp + 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39609750-39611293(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGTCCTACGTGGCA
SmilChr02G000937 Chr02 NC_080388.1:16352471-16352485promoter 内 2652-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16347731-16351136(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr04G003552 Chr04 NC_080390.1:51870019-51870033promoter 内 2581-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51871439-51874971(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGATAAGACGTGGCG
SmilChr03G000612 Chr03 NC_080389.1:6799538-6799552promoter 内 2534-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6789639-6798085(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr05G001908 Chr05 NC_080391.1:19336468-19336482promoter 内 2508-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19326899-19334989(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr08G003608 Chr08 NC_080394.1:39220621-39220635promoter 内 2492-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39222130-39224082(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr02G005466 Chr02 NC_080388.1:74948039-74948053promoter 内 2478-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74949562-74959898(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCGCTGACGTGGAC
SmilChr02G002334 Chr02 NC_080388.1:41036973-41036987promoter 内 2472-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 41031885-41035458(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGACACGTGGCA
SmilChr04G002398 Chr04 NC_080390.1:38526362-38526376promoter 内 2454-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 38527909-38529959(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAACTCC
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