转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 56 / 128 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001049 Chr02 NC_080388.1:18564901-18564915promoter 内 2479-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18566423-18567151(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTTCACCGCCT
SmilChr07G003556 Chr07 NC_080393.1:41416399-41416413promoter 内 2471-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 41417929-41418651(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTTCACCGCCT
SmilChr08G002631 Chr08 NC_080394.1:25701978-25701992promoter 内 2353-2367 bp + 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25703626-25707868(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTTCCACCGCCC
SmilChr01G004209 Chr01 NC_080387.1:60536541-60536555promoter 内 2232-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60528217-60534786(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGCGT
SmilChr02G002315 Chr02 NC_080388.1:40772264-40772278promoter 内 2119-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40774146-40776510(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCGCGCCACCGCCG
SmilChr01G001900 Chr01 NC_080387.1:34109970-34109984promoter 内 2078-2092 bp + 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34102664-34108061(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr01G003277 Chr01 NC_080387.1:51475332-51475346promoter 内 2056-2070 bp + 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51472673-51473401(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGA
SmilChr01G004733 Chr01 NC_080387.1:65509623-65509637promoter 内 2032-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 65511592-65513149(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACGGCCACCGCCG
SmilChr03G001291 Chr03 NC_080389.1:15126651-15126665promoter 内 1993-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15123689-15124657(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGCGT
SmilChr07G000069 Chr07 NC_080393.1:329052-329066promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 323572-326976(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCCGCCG
SmilChr01G001915 Chr01 NC_080387.1:34281704-34281718promoter 内 1866-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34283839-34285760(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGCTT
SmilChr01G000238 Chr01 NC_080387.1:4464171-4464185promoter 内 1680-1694 bp - 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4460922-4461864(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCACCACCGCTG
SmilChr04G002449 Chr04 NC_080390.1:39211941-39211955promoter 内 1343-1357 bp + 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39214599-39217511(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACAGCCACCGCCT
SmilChr05G002977 Chr05 NC_080391.1:36295696-36295710promoter 内 1204-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36289048-36292913(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAACCGCCACCGCCG
SmilChr03G000089 Chr03 NC_080389.1:1010967-1010981promoter 内 1187-1201 bp - 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1013781-1017093(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGGTGA
SmilChr02G002493 Chr02 NC_080388.1:43373783-43373797promoter 内 1143-1157 bp - 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43367254-43370939(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGACGCCACCGCCT
SmilChr02G000064 Chr02 NC_080388.1:847292-847306promoter 内 1103-1117 bp - 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 843092-844408(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCC
SmilChr01G001858 Chr01 NC_080387.1:33539288-33539302promoter 内 913-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33530858-33536214(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr07G003498 Chr07 NC_080393.1:39626408-39626422promoter 内 808-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39629601-39631367(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCCCCACCGCCA
SmilChr04G003432 Chr04 NC_080390.1:50900358-50900372promoter 内 750-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50895559-50897121(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCACCACCGCTG
SmilChr05G002048 Chr05 NC_080391.1:21301857-21301871promoter 内 703-717 bp + 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21294971-21298573(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr02G003963 Chr02 NC_080388.1:61790133-61790147promoter 内 702-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61785679-61786848(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCGGTCG
SmilChr04G000635 Chr04 NC_080390.1:7218011-7218025promoter 内 600-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7211092-7214624(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr02G000676 Chr02 NC_080388.1:10560235-10560249promoter 内 479-493 bp - 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 10554034-10556727(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCC
SmilChr07G004024 Chr07 NC_080393.1:51338518-51338532promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51342093-51342940(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCGA
SmilChr01G005247 Chr01 NC_080387.1:69978677-69978691promoter 内 174-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69982504-69983413(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTGTGC
SmilChr06G001797 Chr06 NC_080392.1:21080983-21080997promoter 内 114-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21084870-21089103(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCGCCACCGCTT
SmilChr07G000683 Chr07 NC_080393.1:4655896-4655910promoter 内 42-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4650202-4651951(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGACGT
SmilChr03G003194 Chr03 NC_080389.1:49413965-49413979promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49417942-49442263(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCC
SmilChr02G005480 Chr02 NC_080388.1:75016144-75016158promoter 内 284-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 9 75009909-75012441(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCT
SmilChr05G002336 Chr05 NC_080391.1:25253810-25253824promoter 内 2935-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 25254876-25256552(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCGCCACCGCCT
SmilChr02G003586 Chr02 NC_080388.1:57036186-57036200promoter 内 2409-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 57031731-57034608(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGCCACCGCCT
SmilChr02G005422 Chr02 NC_080388.1:74686036-74686050promoter 内 1248-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 74681555-74683297(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCGGTGGAGGCGG
SmilChr04G003414 Chr04 NC_080390.1:50756381-50756395promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 50756986-50759548(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTCCACCGCTC
SmilChr01G001674 Chr01 NC_080387.1:30885625-30885639promoter 内 3393-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 30882641-30885031(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGAGGGGG
SmilChr01G002922 Chr01 NC_080387.1:48003406-48003420promoter 内 3222-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 48001735-48002641(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCCGCCACCGCCC
SmilChr08G003546 Chr08 NC_080394.1:38092529-38092543promoter 内 3017-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 38088682-38091559(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGAG
SmilChr02G001711 Chr02 NC_080388.1:31505774-31505788promoter 内 2879-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 31506896-31507943(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
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SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8216503-8216517promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 8212387-8215054(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GACCCGCCACCGCCT
SmilChr08G003529 Chr08 NC_080394.1:37883850-37883864promoter 内 2093-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 37880544-37881956(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAGGG
SmilChr07G002396 Chr07 NC_080393.1:22326671-22326685promoter 内 2073-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 22328599-22328670(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCT
SmilChr07G004574 Chr07 NC_080393.1:58531727-58531741promoter 内 1676-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 58534052-58535131(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAGGG
SmilChr04G002322 Chr04 NC_080390.1:37526936-37526950promoter 内 1616-1630 bp + 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 37529321-37533750(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCACCACCGCCG
SmilChr04G003908 Chr04 NC_080390.1:54827601-54827615promoter 内 1530-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54830072-54830893(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCAA
SmilChr08G001665 Chr08 NC_080394.1:13866946-13866960promoter 内 1422-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 13869525-13872147(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCTCCACCGCCC
SmilChr03G000544 Chr03 NC_080389.1:5903821-5903835promoter 内 1386-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 5906436-5914549(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCGCCACCGCCT
SmilChr08G001256 Chr08 NC_080394.1:9963862-9963876promoter 内 1251-1265 bp + 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 9958950-9961126(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGA
SmilChr03G000850 Chr03 NC_080389.1:9692416-9692430promoter 内 1162-1176 bp + 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 9688500-9689591(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr04G002589 Chr04 NC_080390.1:41304631-41304645promoter 内 1159-1173 bp - 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 41307473-41308564(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC