转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 57 / 134 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003981 Chr04 NC_080390.1:55253118-55253132promoter 内 603-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55256516-55259156(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGTGTCGGCGGCAC
SmilChr08G003384 Chr08 NC_080394.1:35581995-35582009promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35585426-35586246(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTTGCCGACGTGC
SmilChr02G001214 Chr02 NC_080388.1:22344249-22344263promoter 内 559-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22340715-22340821(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr02G000893 Chr02 NC_080388.1:15378393-15378407promoter 内 535-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15373142-15374941(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGGAGCCGACATCT
SmilChr02G004568 Chr02 NC_080388.1:68192999-68193013promoter 内 514-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68196486-68200550(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTTATGG
SmilChr03G002201 Chr03 NC_080389.1:34637159-34637173promoter 内 499-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34633565-34633671(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr01G004161 Chr01 NC_080387.1:60106946-60106960promoter 内 498-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60103351-60103457(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr01G004162 Chr01 NC_080387.1:60112808-60112822promoter 内 498-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60109213-60109319(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr03G001720 Chr03 NC_080389.1:23094423-23094437promoter 内 498-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 23097926-23098032(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr05G001410 Chr05 NC_080391.1:12726361-12726375promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12722751-12722857(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr07G003231 Chr07 NC_080393.1:34313538-34313552promoter 内 476-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34302185-34310027(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGATGCCGACAACG
SmilChr03G001024 Chr03 NC_080389.1:11891808-11891822promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11888184-11888290(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr04G001157 Chr04 NC_080390.1:17111477-17111491promoter 内 459-473 bp - 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17115019-17115125(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr01G002961 Chr01 NC_080387.1:48511154-48511168promoter 内 352-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48506974-48507519(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCCAACA
SmilChr01G005247 Chr01 NC_080387.1:69978806-69978820promoter 内 303-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69982504-69983413(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTGTCGGCAAGTG
SmilChr01G001864 Chr01 NC_080387.1:33583934-33583948promoter 内 276-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 33587659-33589279(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTGTCGGCGATCT
SmilChr01G002458 Chr01 NC_080387.1:42198904-42198918promoter 内 271-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42202634-42205023(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATAAGGCCGACATCC
SmilChr02G003355 Chr02 NC_080388.1:54717836-54717850promoter 内 253-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54721584-54723574(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGCTGCCGACGTAA
SmilChr02G004893 Chr02 NC_080388.1:70957780-70957794promoter 内 241-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70961540-70963494(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCATTTG
SmilChr05G003190 Chr05 NC_080391.1:40814828-40814842promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40818779-40819996(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCTCCGC
SmilChr08G004930 Chr08 NC_080394.1:58198784-58198798promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58202744-58204389(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTGTCGGCAAGAC
SmilChr07G000180 Chr07 NC_080393.1:1132343-1132357promoter 内 16-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1136328-1139148(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGGCCGACACCT
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12525771-12525785promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12517283-12521789(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATAGGGCCGACATGA
SmilChr01G000837 Chr01 NC_080387.1:18089166-18089180promoter 内 1774-1788 bp - 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 18083466-18086953(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTGGACCGACATCA
SmilChr04G003987 Chr04 NC_080390.1:55293472-55293486promoter 内 1436-1450 bp - 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 55296037-55297756(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCCTCCC
SmilChr08G002995 Chr08 NC_080394.1:30056690-30056704promoter 内 1129-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 30051707-30053832(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGTGTCGGCGGCAT
SmilChr02G000334 Chr02 NC_080388.1:4220520-4220534promoter 内 925-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 4215622-4217458(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGACGCCGACAGCG
SmilChr06G001643 Chr06 NC_080392.1:18571503-18571517promoter 内 2945-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 18572559-18580309(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCGGCCGACACGC
SmilChr06G001646 Chr06 NC_080392.1:18633016-18633030promoter 内 2220-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 18634797-18638391(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCGACTC
SmilChr01G004625 Chr01 NC_080387.1:64295926-64295940promoter 内 1961-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 64297966-64298831(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATTGCCGACATTC
SmilChr07G001733 Chr07 NC_080393.1:14734723-14734737promoter 内 1001-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 14727904-14731737(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCTGCCGACACAA
SmilChr06G001283 Chr06 NC_080392.1:13423568-13423582promoter 内 569-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 13418809-13420150(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACTGCCGACACAA
SmilChr05G003102 Chr05 NC_080391.1:39419834-39419848promoter 内 507-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 39423328-39425985(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAAGTCGGCAGCAG
SmilChr07G000024 Chr07 NC_080393.1:110374-110388promoter 内 3968-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 110407-113752(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTTGTCGGCAAAGA
SmilChr03G004193 Chr03 NC_080389.1:60600503-60600517promoter 内 3902-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60600602-60602509(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATTGCCGACGTGG
SmilChr08G000446 Chr08 NC_080394.1:3180016-3180030promoter 内 3895-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3180122-3183492(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGGCCGACACCT
SmilChr08G004869 Chr08 NC_080394.1:57836113-57836127promoter 内 3844-3858 bp - 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57836270-57836734(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTGTTAA
SmilChr04G003401 Chr04 NC_080390.1:50567693-50567707promoter 内 3825-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50567869-50569304(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATTGGCCGACAACA
SmilChr03G004416 Chr03 NC_080389.1:62323578-62323592promoter 内 3733-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62320607-62323324(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTACGTCGGCAAAAT
SmilChr03G002137 Chr03 NC_080389.1:33279247-33279261promoter 内 3704-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33276009-33278964(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTGTATA
SmilChr03G003215 Chr03 NC_080389.1:49794709-49794723promoter 内 3704-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49791093-49794426(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTGTATA
SmilChr06G001150 Chr06 NC_080392.1:11653405-11653419promoter 内 3614-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11653792-11654811(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GATGCGCCGACATTA
SmilChr08G000300 Chr08 NC_080394.1:2105070-2105084promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2105467-2108306(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGTAAATA
SmilChr04G001238 Chr04 NC_080390.1:19412157-19412171promoter 内 3519-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 19410757-19411689(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATAGCCGACATGG
SmilChr01G002129 Chr01 NC_080387.1:37296926-37296940promoter 内 3393-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37297534-37299100(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTCTGCCGACGTGC
SmilChr03G000937 Chr03 NC_080389.1:10667550-10667564promoter 内 3247-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10668304-10679602(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GATTGTCGGCGATGG
SmilChr08G003017 Chr08 NC_080394.1:30298989-30299003promoter 内 3212-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30299778-30306951(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCGTAGG
SmilChr03G002840 Chr03 NC_080389.1:44953115-44953129promoter 内 3197-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44948529-44952325(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTGGTCGGCAGCGG
SmilChr08G003209 Chr08 NC_080394.1:32918379-32918393promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32919266-32923250(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCAGCCGACATTG
SmilChr04G004069 Chr04 NC_080390.1:55793095-55793109promoter 内 3064-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55794032-55796974(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTGCTTC