转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 58 / 129 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000200 Chr03 NC_080389.1:2277554-2277561promoter 内 3587-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 2277968-2282418(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr02G004960 Chr02 NC_080388.1:71535375-71535382promoter 内 3465-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 71535911-71539559(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr01G002270 Chr01 NC_080387.1:39473750-39473757promoter 内 3417-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 39471441-39473173(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G003430 Chr02 NC_080388.1:55523637-55523644promoter 内 3405-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 55524233-55529275(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr02G001535 Chr02 NC_080388.1:28600721-28600728promoter 内 3342-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 28601380-28601452(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G000379 Chr02 NC_080388.1:4770391-4770398promoter 内 3318-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 4766030-4769715(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr02G000554 Chr02 NC_080388.1:7774426-7774433promoter 内 3312-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 7773397-7773744(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr02G004073 Chr02 NC_080388.1:63015651-63015658promoter 内 3299-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 63016353-63020836(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr01G001787 Chr01 NC_080387.1:32745138-32745145promoter 内 3284-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 32743124-32744428(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G001129 Chr02 NC_080388.1:20417563-20417570promoter 内 3253-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 20416119-20416822(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr03G000207 Chr03 NC_080389.1:2373374-2373381promoter 内 3236-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 2374139-2375699(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr03G000293 Chr03 NC_080389.1:3359829-3359836promoter 内 3221-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 3357796-3359056(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G002777 Chr02 NC_080388.1:47833584-47833591promoter 内 3199-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 47834386-47836088(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G000727 Chr01 NC_080387.1:16176729-16176736promoter 内 3189-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 16177541-16178969(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr02G003844 Chr02 NC_080388.1:60184415-60184422promoter 内 3169-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 60179763-60183590(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr01G004333 Chr01 NC_080387.1:61465288-61465295promoter 内 3160-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 61463145-61464454(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G003327 Chr02 NC_080388.1:54525362-54525369promoter 内 3147-3154 bp - 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 54526216-54528126(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G003323 Chr02 NC_080388.1:54486343-54486350promoter 内 3140-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 54484798-54485489(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G003419 Chr01 NC_080387.1:52830408-52830415promoter 内 3121-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 52831288-52834224(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G001936 Chr01 NC_080387.1:34557562-34557569promoter 内 3077-3084 bp - 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 34555603-34556645(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37865523-37865530promoter 内 2857-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 37862410-37864386(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G001785 Chr02 NC_080388.1:32627718-32627725promoter 内 2796-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 32628923-32634187(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr01G002310 Chr01 NC_080387.1:40071089-40071096promoter 内 2752-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 40072338-40074027(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr02G005003 Chr02 NC_080388.1:71830888-71830895promoter 内 2711-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 71828703-71829605(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr01G003760 Chr01 NC_080387.1:55988504-55988511promoter 内 2628-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 55984024-55987138(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G005502 Chr01 NC_080387.1:71900112-71900119promoter 内 2568-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 71895928-71898686(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr02G000830 Chr02 NC_080388.1:14046288-14046295promoter 内 2521-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 14047768-14048901(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G001705 Chr01 NC_080387.1:31484899-31484906promoter 内 2491-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 31481695-31483396(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33568715-33568722promoter 内 2437-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 33570279-33572198(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37464304-37464311promoter 内 2371-2378 bp - 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 37456800-37462681(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G004911 Chr01 NC_080387.1:67142854-67142861promoter 内 2303-2310 bp + 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 67132267-67141163(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr01G001447 Chr01 NC_080387.1:28178444-28178451promoter 内 2298-2305 bp - 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 28172135-28176748(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr02G002295 Chr02 NC_080388.1:40473849-40473856promoter 内 2294-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 40470118-40472149(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACC
SmilChr01G003393 Chr01 NC_080387.1:52662262-52662269promoter 内 2283-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 52657385-52660551(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G000485 Chr01 NC_080387.1:9923183-9923190promoter 内 2269-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 9924915-9928587(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
SmilChr01G003565 Chr01 NC_080387.1:54237053-54237060promoter 内 2269-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.9/ 100 2 54238785-54239221(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 GGTAGTAG
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