转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 58 / 134 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000567 Chr07 NC_080393.1:3869330-3869344promoter 内 3022-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3870309-3873857(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGACGCCGACAACG
SmilChr08G003988 Chr08 NC_080394.1:48088965-48088979promoter 内 2912-2926 bp - 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 48090054-48091619(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCCTGGA
SmilChr01G004174 Chr01 NC_080387.1:60209239-60209253promoter 内 2900-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60210340-60214173(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCACACCGACATAC
SmilChr03G004673 Chr03 NC_080389.1:64177361-64177375promoter 内 2786-2800 bp - 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64175484-64176160(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CACTCGCCGACACTC
SmilChr07G002317 Chr07 NC_080393.1:21438633-21438647promoter 内 2651-2665 bp + 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 21435385-21437297(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTCGGCC
SmilChr01G002079 Chr01 NC_080387.1:36741120-36741134promoter 内 2650-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36742471-36743140(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GATGCGCCGACATTA
SmilChr01G003217 Chr01 NC_080387.1:50952170-50952184promoter 内 2606-2620 bp - 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50948363-50950789(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCTGCCGACTTGC
SmilChr08G000718 Chr08 NC_080394.1:5322129-5322143promoter 内 2579-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5323551-5330299(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCGGCCGACAATG
SmilChr08G000734 Chr08 NC_080394.1:5436862-5436876promoter 内 2534-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5438329-5445012(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCGGCCGACAATG
SmilChr02G003474 Chr02 NC_080388.1:56050090-56050104promoter 内 2521-2535 bp + 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56047805-56048624(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCCAAGC
SmilChr01G003295 Chr01 NC_080387.1:51642828-51642842promoter 内 2517-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51644312-51650026(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATGTCGGTAGTCC
SmilChr06G000263 Chr06 NC_080392.1:1761760-1761774promoter 内 2491-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 1758554-1760264(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr02G005553 Chr02 NC_080388.1:75504852-75504866promoter 内 2489-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75501085-75503354(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATATACCGACATGC
SmilChr07G000210 Chr07 NC_080393.1:1339361-1339375promoter 内 2444-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 1333606-1337818(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGGAACCGACATGG
SmilChr05G003364 Chr05 NC_080391.1:44483372-44483386promoter 内 2387-2401 bp - 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44481446-44481772(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGGCCGACATTT
SmilChr03G000936 Chr03 NC_080389.1:10667550-10667564promoter 内 2377-2391 bp - 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10662885-10665940(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATCGCCGACAATC
SmilChr02G005554 Chr02 NC_080388.1:75504852-75504866promoter 内 2292-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75506561-75509709(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTATATG
SmilChr07G000949 Chr07 NC_080393.1:6797822-6797836promoter 内 2271-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6799552-6802055(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTATGCCGACATAA
SmilChr02G003677 Chr02 NC_080388.1:58144632-58144646promoter 内 2250-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58142824-58142895(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTCGACCGACATTT
SmilChr08G002705 Chr08 NC_080394.1:26630554-26630568promoter 内 2168-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26632387-26652460(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGATACCGACATCC
SmilChr02G002778 Chr02 NC_080388.1:47876272-47876286promoter 内 2167-2181 bp - 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 47873738-47874452(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATTGACCGACATAA
SmilChr05G003101 Chr05 NC_080391.1:39419834-39419848promoter 内 2158-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39421677-39422706(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAAGTCGGCAGCAG
SmilChr03G002841 Chr03 NC_080389.1:44953115-44953129promoter 内 2146-2160 bp + 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44954970-44955041(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCTGCCGACCACG
SmilChr01G004782 Chr01 NC_080387.1:66008776-66008790promoter 内 2145-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 66010632-66013803(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCAACTA
SmilChr04G000275 Chr04 NC_080390.1:2535522-2535536promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2533575-2533656(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTGTCGGCGGTGA
SmilChr05G003917 Chr05 NC_080391.1:52903890-52903904promoter 内 2107-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52905784-52908703(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCGGGCCGACATTG
SmilChr07G004309 Chr07 NC_080393.1:55667629-55667643promoter 内 2096-2110 bp - 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55664455-55665738(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTTGCCGACGTAG
SmilChr01G000327 Chr01 NC_080387.1:6618553-6618567promoter 内 2083-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6620471-6623501(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTATTA
SmilChr08G004749 Chr08 NC_080394.1:56863830-56863844promoter 内 2025-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56860064-56861868(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTGGGCCGACATTC
SmilChr03G001475 Chr03 NC_080389.1:17717990-17718004promoter 内 2018-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17712300-17716021(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCTGCAC
SmilChr06G001149 Chr06 NC_080392.1:11653405-11653419promoter 内 1987-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11650242-11651405(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCGCATC
SmilChr07G000565 Chr07 NC_080393.1:3869330-3869344promoter 内 1917-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3867065-3867260(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTGTCGGCGTCAT
SmilChr08G000205 Chr08 NC_080394.1:1395663-1395677promoter 内 1877-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 1397787-1400058(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTTACCGACATTT
SmilChr02G000223 Chr02 NC_080388.1:2894123-2894137promoter 内 1875-1889 bp + 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2889346-2892011(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTCGTCGGCAGGGG
SmilChr08G002394 Chr08 NC_080394.1:22709245-22709259promoter 内 1863-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22711383-22712915(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr01G003790 Chr01 NC_080387.1:56286289-56286303promoter 内 1837-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56288453-56290831(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr02G005550 Chr02 NC_080388.1:75474620-75474634promoter 内 1783-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75476838-75489011(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTTGTCGGCCGGAG
SmilChr05G004255 Chr05 NC_080391.1:56337636-56337650promoter 内 1678-1692 bp - 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56331542-56335327(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCAGGCCGACACCA
SmilChr01G001562 Chr01 NC_080387.1:29640405-29640419promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29635032-29638047(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCGCCAA
SmilChr04G001694 Chr04 NC_080390.1:27994781-27994795promoter 内 1609-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27991460-27992403(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr07G002562 Chr07 NC_080393.1:24350628-24350642promoter 内 1588-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24353041-24381863(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGTTGCAG
SmilChr03G004246 Chr03 NC_080389.1:60966024-60966038promoter 内 1515-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60963097-60963552(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTGTCGGCAATGA
SmilChr02G000635 Chr02 NC_080388.1:9611034-9611048promoter 内 1401-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9606645-9608448(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAAGGCCGACATAG
SmilChr02G004293 Chr02 NC_080388.1:65296298-65296312promoter 内 1398-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 65292844-65293709(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr01G003218 Chr01 NC_080387.1:50952170-50952184promoter 内 1363-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50954808-50957390(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCAAGTCGGCAGCGC
SmilChr02G003651 Chr02 NC_080388.1:57909730-57909744promoter 内 1352-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57887944-57907095(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTTGAAG
SmilChr03G001880 Chr03 NC_080389.1:26107934-26107948promoter 内 1352-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26110583-26113565(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTTGTCGGCGTCAG
SmilChr01G004169 Chr01 NC_080387.1:60190752-60190766promoter 内 1337-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60184791-60188102(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATCTGCCGACACAC
SmilChr06G001200 Chr06 NC_080392.1:12274026-12274040promoter 内 1309-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12276718-12279264(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGCCATAT
SmilChr08G004771 Chr08 NC_080394.1:57019533-57019547promoter 内 1291-1305 bp + 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57022243-57024327(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTGGGCCGACATTC