转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 59 / 156 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000618 Chr01 NC_080387.1:13615188-13615197promoter 内 3930-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 13615259-13616095(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr02G003039 Chr02 NC_080388.1:51110793-51110802promoter 内 3930-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 51110864-51114251(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr01G004060 Chr01 NC_080387.1:59028524-59028533promoter 内 3757-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 59027906-59028289(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCAAT
SmilChr01G001498 Chr01 NC_080387.1:28847791-28847800promoter 内 3527-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 28841235-28847326(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCA
SmilChr03G000656 Chr03 NC_080389.1:7291487-7291496promoter 内 3488-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 7290283-7290983(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCT
SmilChr04G000426 Chr04 NC_080390.1:4520933-4520942promoter 内 3441-3450 bp - 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 4521493-4527189(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCATT
SmilChr06G000293 Chr06 NC_080392.1:2065582-2065591promoter 内 3440-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 2066143-2067101(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr05G002894 Chr05 NC_080391.1:34735332-34735341promoter 内 3426-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 34732505-34734766(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCATT
SmilChr06G000788 Chr06 NC_080392.1:7404271-7404280promoter 内 3340-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 7395084-7403619(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr05G004208 Chr05 NC_080391.1:55965394-55965403promoter 内 3284-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 55962707-55964686(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr02G002057 Chr02 NC_080388.1:37045227-37045236promoter 内 3215-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 37043521-37044450(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr01G000224 Chr01 NC_080387.1:3980101-3980110promoter 内 3209-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 3980893-3981438(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr02G001853 Chr02 NC_080388.1:33749814-33749823promoter 内 3120-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 33750695-33751658(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr06G002196 Chr06 NC_080392.1:30511530-30511539promoter 内 3009-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 30512522-30513542(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACC
SmilChr06G000261 Chr06 NC_080392.1:1744723-1744732promoter 内 2979-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 1731682-1743710(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCA
SmilChr04G002605 Chr04 NC_080390.1:41456908-41456917promoter 内 2867-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 41458042-41461411(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr06G001918 Chr06 NC_080392.1:23192691-23192700promoter 内 2823-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 23180279-23191522(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr06G001251 Chr06 NC_080392.1:13005470-13005479promoter 内 2699-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 13002075-13004177(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4036817-4036826promoter 内 2586-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 4038232-4039837(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCT
SmilChr02G002501 Chr02 NC_080388.1:43463580-43463589promoter 内 2527-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 43460472-43462115(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr01G005902 Chr01 NC_080387.1:74914466-74914475promoter 内 2513-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 74909548-74912987(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCT
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69945483-69945492promoter 内 2466-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 69941803-69943957(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr03G004512 Chr03 NC_080389.1:63193817-63193826promoter 内 2358-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 63189498-63192183(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr02G000669 Chr02 NC_080388.1:10332591-10332600promoter 内 2323-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 10334269-10336147(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATC
SmilChr04G004170 Chr04 NC_080390.1:56341192-56341201promoter 内 2062-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 56343131-56349827(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCA
SmilChr01G002913 Chr01 NC_080387.1:47866279-47866288promoter 内 2030-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 47859232-47864317(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
SmilChr04G001476 Chr04 NC_080390.1:24204962-24204971promoter 内 1861-1870 bp + 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 24201367-24202831(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACC
SmilChr03G004350 Chr03 NC_080389.1:61758541-61758550promoter 内 1817-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 61754823-61756366(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCT
SmilChr03G003619 Chr03 NC_080389.1:54851649-54851658promoter 内 1617-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 54854033-54855725(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr01G000322 Chr01 NC_080387.1:6322309-6322318promoter 内 1418-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 6324892-6328186(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCT
SmilChr05G002778 Chr05 NC_080391.1:32381817-32381826promoter 内 1415-1424 bp - 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 32365882-32379240(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGA
SmilChr05G004207 Chr05 NC_080391.1:55965394-55965403promoter 内 1414-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 55961538-55962816(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAC
SmilChr02G003582 Chr02 NC_080388.1:56984236-56984245promoter 内 1326-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 56980141-56981570(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCT
SmilChr05G001690 Chr05 NC_080391.1:16043357-16043366promoter 内 1302-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 16040021-16040667(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACC
SmilChr05G003487 Chr05 NC_080391.1:46371778-46371787promoter 内 1302-1311 bp - 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 46374477-46375199(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGCCGTCATT
SmilChr05G000608 Chr05 NC_080391.1:4582090-4582099promoter 内 1291-1300 bp - 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 4576741-4579389(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GATGACGGCT
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