转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004274; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001114-RA_Salv SmilChr03G004274 MIKC_MADS XP_057799397.1 MP00080 CCAAAAAAGGAAAA

可能结合的靶基因

9850 个结合位点 6766 个候选靶基因 第 59 / 136 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001994 Chr03 NC_080389.1:29423894-29423907promoter 内 3191-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 29419250-29423097(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACCAAAAAGGAAGG
SmilChr03G000115 Chr03 NC_080389.1:1280092-1280105promoter 内 3142-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 1276406-1279246(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCGAAAAAGGTAAA
SmilChr02G003387 Chr02 NC_080388.1:54981351-54981364promoter 内 2945-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 54980202-54980308(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCTCTTTTTGG
SmilChr02G000845 Chr02 NC_080388.1:14345394-14345407promoter 内 2153-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 14347242-14350397(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGAGAAGA
SmilChr04G001556 Chr04 NC_080390.1:25756064-25756077promoter 内 1750-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 25758315-25760192(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCGAAAAAGGTAAA
SmilChr02G002966 Chr02 NC_080388.1:50176720-50176733promoter 内 1724-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 50171870-50174456(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACCAAAAAGGAAGG
SmilChr02G003388 Chr02 NC_080388.1:54981351-54981364promoter 内 1671-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 54983681-54986207(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGAGAAGA
SmilChr03G001490 Chr03 NC_080389.1:17953375-17953388promoter 内 1534-1547 bp + 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 17955842-17956975(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGAGAAGA
SmilChr03G003194 Chr03 NC_080389.1:49415228-49415241promoter 内 1287-1300 bp - 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 49417942-49442263(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCTTCCTTTTTGGT
SmilChr04G000730 Chr04 NC_080390.1:8639936-8639949promoter 内 1222-1235 bp + 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 8636091-8637170(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTCTTTTCT
SmilChr01G000997 Chr01 NC_080387.1:21011995-21012008promoter 内 1078-1091 bp + 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 21002777-21009085(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTCTTG
SmilChr02G002896 Chr02 NC_080388.1:49236974-49236987promoter 内 969-982 bp + 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 49240006-49243113(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACCAAAAAGGAAGG
SmilChr03G001488 Chr03 NC_080389.1:17953375-17953388promoter 内 776-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 17948018-17950163(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TCTTCTCTTTTTGG
SmilChr01G001200 Chr01 NC_080387.1:24173369-24173382promoter 内 223-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 24160292-24169604(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTACCTTTTTTGT
SmilChr02G004840 Chr02 NC_080388.1:70537887-70537900promoter 内 71-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 70524776-70533970(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CAAGAAAAGGAAAG
SmilChr02G003228 Chr02 NC_080388.1:53552505-53552518promoter 内 3930-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 53549063-53552447(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 AGAAAAGAGGAAAA
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51747555-51747568promoter 内 3724-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51747832-51748908(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTCTTG
SmilChr01G003452 Chr01 NC_080387.1:53087676-53087689promoter 内 3594-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 53086481-53087282(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 AGAAAAGAGGAAAA
SmilChr03G001046 Chr03 NC_080389.1:12191051-12191064promoter 内 3407-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12187211-12190470(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCGAAAAAGGTAAA
SmilChr04G000144 Chr04 NC_080390.1:1248197-1248210promoter 内 3353-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1248845-1259176(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CAAGAAAAGGAAAG
SmilChr01G000675 Chr01 NC_080387.1:14953229-14953242promoter 内 3245-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14951533-14952486(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAAAGAAGC
SmilChr03G003318 Chr03 NC_080389.1:51413541-51413554promoter 内 3220-3233 bp - 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51414322-51422102(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCCG
SmilChr02G000625 Chr02 NC_080388.1:9344508-9344521promoter 内 3193-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 9342466-9343713(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTCTTG
SmilChr03G001781 Chr03 NC_080389.1:24324023-24324036promoter 内 3051-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24324973-24327413(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTACCTTTTTTGT
SmilChr02G000927 Chr02 NC_080388.1:16131163-16131176promoter 内 3012-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16127729-16130187(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTTCTG
SmilChr02G001244 Chr02 NC_080388.1:22831329-22831342promoter 内 2867-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22832463-22836275(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 AGAAAAGAGGAAAA
SmilChr02G004853 Chr02 NC_080388.1:70680340-70680353promoter 内 2815-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 70681526-70683890(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G004082 Chr01 NC_080387.1:59229513-59229526promoter 内 2731-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59227164-59228256(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTATTGGG
SmilChr01G000757 Chr01 NC_080387.1:16630976-16630989promoter 内 2494-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16632483-16634171(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CAGAAAAAGGAAAG
SmilChr01G000681 Chr01 NC_080387.1:15041617-15041630promoter 内 2382-2395 bp + 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 15043236-15043949(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CAAGAAAAGGAAAG
SmilChr01G000903 Chr01 NC_080387.1:19088052-19088065promoter 内 2336-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 19085731-19086400(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTACCTTTTTTGT
SmilChr02G000961 Chr02 NC_080388.1:16765927-16765940promoter 内 2243-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16767685-16770006(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTGCCTTTTTTGG
SmilChr02G004258 Chr02 NC_080388.1:64794447-64794460promoter 内 2120-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 64796328-64798662(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACCAAAAAGGAAGG
SmilChr01G002515 Chr01 NC_080387.1:43103789-43103802promoter 内 2069-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 43098669-43101870(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACCAAAAAGGAAGG
SmilChr03G000853 Chr03 NC_080389.1:9762059-9762072promoter 内 2052-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 9757011-9760123(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TGTTCCTTTTCTGG
SmilChr02G001177 Chr02 NC_080388.1:21636040-21636053promoter 内 2028-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 21638013-21644647(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTTCTG
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