转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 6 / 133 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003956 Chr01 NC_080387.1:57937855-57937864promoter 内 1443-1452 bp - 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 57940413-57941153(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr02G002618 Chr02 NC_080388.1:45495917-45495926promoter 内 1325-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 45491760-45493250(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGC
SmilChr01G005110 Chr01 NC_080387.1:68889114-68889123promoter 内 1017-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 68892098-68897551(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr01G000973 Chr01 NC_080387.1:20587511-20587520promoter 内 837-846 bp - 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 20590675-20594808(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G004049 Chr01 NC_080387.1:58943739-58943748promoter 内 812-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 58927254-58940559(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr01G002958 Chr01 NC_080387.1:48448568-48448577promoter 内 699-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 48451870-48455831(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGC
SmilChr02G005294 Chr02 NC_080388.1:73927585-73927594promoter 内 576-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 73922742-73924169(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr02G004761 Chr02 NC_080388.1:69802413-69802422promoter 内 569-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 69794445-69798990(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGC
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16880556-16880565promoter 内 449-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 16876393-16877013(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr02G000715 Chr02 NC_080388.1:11523379-11523388promoter 内 435-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 11516826-11519822(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGC
SmilChr02G000798 Chr02 NC_080388.1:13261978-13261987promoter 内 415-424 bp + 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 13265564-13268160(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGC
SmilChr01G000686 Chr01 NC_080387.1:15338384-15338393promoter 内 385-394 bp + 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 15332719-15334777(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G000601 Chr01 NC_080387.1:13072153-13072162promoter 内 352-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 13065988-13068513(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr02G001946 Chr02 NC_080388.1:35086204-35086213promoter 内 330-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 35080855-35082542(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr03G000483 Chr03 NC_080389.1:5142385-5142394promoter 内 304-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 5133232-5138697(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12437464-12437473promoter 内 252-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 12431552-12433724(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68667277-68667286promoter 内 200-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 68671078-68671149(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G000273 Chr01 NC_080387.1:5439122-5439131promoter 内 65-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 5443058-5444817(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68118263-68118272promoter 内 3985-3994 bp + 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 68118279-68120350(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGC
SmilChr01G003949 Chr01 NC_080387.1:57874368-57874377promoter 内 3633-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 57874736-57878256(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr02G002893 Chr02 NC_080388.1:49218783-49218792promoter 内 3620-3629 bp - 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 49216985-49218411(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGC
SmilChr02G005460 Chr02 NC_080388.1:74910752-74910761promoter 内 3151-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 74911602-74916578(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G003571 Chr01 NC_080387.1:54285954-54285963promoter 内 2997-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 54283439-54284959(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46280144-46280153promoter 内 2585-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 46272630-46278737(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGC
SmilChr01G004285 Chr01 NC_080387.1:61075162-61075171promoter 内 2513-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 61076650-61078939(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr03G000653 Chr03 NC_080389.1:7253343-7253352promoter 内 2427-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 7254917-7257742(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGC
SmilChr01G003824 Chr01 NC_080387.1:56569424-56569433promoter 内 2384-2393 bp - 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 56571041-56574573(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr01G005397 Chr01 NC_080387.1:71234338-71234347promoter 内 2262-2271 bp - 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 71236077-71238633(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr02G000864 Chr02 NC_080388.1:14889417-14889426promoter 内 2018-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 14891400-14894409(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGC
SmilChr02G002731 Chr02 NC_080388.1:47225209-47225218promoter 内 1931-1940 bp - 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 47227279-47232620(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G000374 Chr01 NC_080387.1:7708518-7708527promoter 内 1909-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 7710610-7713571(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G004286 Chr01 NC_080387.1:61075162-61075171promoter 内 1800-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 61077363-61166893(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr02G003361 Chr02 NC_080388.1:54740281-54740290promoter 内 1689-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 54742593-54743716(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGC
SmilChr02G003359 Chr02 NC_080388.1:54740281-54740290promoter 内 1674-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 54735600-54737963(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCAG
SmilChr01G000573 Chr01 NC_080387.1:11909953-11909962promoter 内 1653-1662 bp + 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 11905063-11907614(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
SmilChr01G000471 Chr01 NC_080387.1:9611027-9611036promoter 内 1587-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 9606995-9608622(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCCTTATCCC
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SmilChr01G005039 Chr01 NC_080387.1:68338569-68338578promoter 内 811-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 68332443-68335388(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGC