转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 60 / 123 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001131 Chr02 NC_080388.1:20454371-20454385promoter 内 1506-1520 bp + 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 20456866-20457752(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGGCTTGACTTGGCT
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69026266-69026280promoter 内 1474-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 69028793-69031788(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTTTAT
SmilChr02G001429 Chr02 NC_080388.1:27007910-27007924promoter 内 1448-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 27003991-27005371(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCCAAAGTCAAAAAA
SmilChr02G003079 Chr02 NC_080388.1:51721462-51721476promoter 内 1322-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 51717236-51718797(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACACAGTCAACATA
SmilChr02G001215 Chr02 NC_080388.1:22364507-22364521promoter 内 1120-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 22360668-22361640(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCGTTTGACTTTGAA
SmilChr02G002159 Chr02 NC_080388.1:38822500-38822514promoter 内 1089-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 38816497-38819602(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTACTTGACTTTTGT
SmilChr01G003271 Chr01 NC_080387.1:51420303-51420317promoter 内 1081-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 51423223-51427377(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAATAAGTCAAAGAA
SmilChr02G000994 Chr02 NC_080388.1:17455452-17455466promoter 内 848-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 17458605-17462223(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCCAAAGTCAAAAAA
SmilChr02G002660 Chr02 NC_080388.1:46027135-46027149promoter 内 822-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 46021666-46023970(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTTTTGACTTGTGT
SmilChr01G001908 Chr01 NC_080387.1:34167386-34167400promoter 内 812-826 bp + 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 34170575-34171755(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTTTTGACTTGTGT
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77070232-77070246promoter 内 808-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 77064432-77067053(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCATTGACTTATCC
SmilChr01G000466 Chr01 NC_080387.1:9572763-9572777promoter 内 795-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 9566464-9569571(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTGGGC
SmilChr01G001865 Chr01 NC_080387.1:33594359-33594373promoter 内 791-805 bp + 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 33597569-33598788(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTTTTGACTTGTGT
SmilChr01G005078 Chr01 NC_080387.1:68661841-68661855promoter 内 720-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 68665122-68666594(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTAAAAGTCAACTTA
SmilChr02G001924 Chr02 NC_080388.1:34646660-34646674promoter 内 527-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 34650134-34653116(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTTTAT
SmilChr02G001751 Chr02 NC_080388.1:32185614-32185628promoter 内 390-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 32189225-32190205(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGATTGACTTGGAC
SmilChr02G000652 Chr02 NC_080388.1:9866919-9866933promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 9870651-9875685(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCACTTGACTTTTTT
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481139-32481153promoter 内 152-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 32472307-32477304(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCGAAGTCAACCAC
SmilChr02G000103 Chr02 NC_080388.1:1318069-1318083promoter 内 12-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 1322058-1322513(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GATGTTGACTTCCGT
SmilChr02G004678 Chr02 NC_080388.1:69112345-69112359promoter 内 12-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 69116334-69125127(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTAGAAGTCAACATG
SmilChr01G003339 Chr01 NC_080387.1:52136676-52136690promoter 内 3852-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52135124-52136541(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTGGGC
SmilChr01G004438 Chr01 NC_080387.1:62468202-62468216promoter 内 3711-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62466956-62467926(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTACAAGTCAAATCC
SmilChr01G002429 Chr01 NC_080387.1:41833213-41833227promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41833505-41837531(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACATAAGTCAAGGCG
SmilChr02G002938 Chr02 NC_080388.1:49890111-49890125promoter 内 3669-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49884668-49889793(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCAAAGTCAAAACA
SmilChr01G002486 Chr01 NC_080387.1:42581182-42581196promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42576465-42580851(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCAAAAGTCAAGTTT
SmilChr01G006138 Chr01 NC_080387.1:76890395-76890409promoter 内 3597-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 76890799-76892272(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATGTTGACTTCTCA
SmilChr01G002878 Chr01 NC_080387.1:47380697-47380711promoter 内 3592-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 47381106-47389482(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTAGTTGACTTGTAA
SmilChr01G003287 Chr01 NC_080387.1:51555550-51555564promoter 内 3519-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51556032-51558906(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATAAAAGTCAAGCAA
SmilChr01G006082 Chr01 NC_080387.1:76278374-76278388promoter 内 3445-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 76278930-76279670(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATGTTGACTTCTCA
SmilChr01G005396 Chr01 NC_080387.1:71232552-71232566promoter 内 3402-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71233151-71233672(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCCCTAGTCAACGTG
SmilChr01G005305 Chr01 NC_080387.1:70314409-70314423promoter 内 3271-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70313091-70313693(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATTTTGACTTTTGA
SmilChr02G003893 Chr02 NC_080388.1:61018224-61018238promoter 内 3231-3245 bp - 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 61018994-61020289(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACCTAGTCAACCTC
SmilChr01G000059 Chr01 NC_080387.1:947574-947588promoter 内 3222-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 945299-946809(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTTTTGACTTTGAA
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72803498-72803512promoter 内 3187-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 72804312-72805047(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTGGGC
SmilChr01G001401 Chr01 NC_080387.1:27524189-27524203promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 27518943-27523226(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCACAAGTCAAAAAA
SmilChr02G000410 Chr02 NC_080388.1:5154774-5154788promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5155831-5158826(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATTTTGACTTTTAT
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