转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 60 / 144 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75591660-75591672promoter 内 1760-1772 bp - 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CATAGTCAACACA
SmilChr01G004117 Chr01 NC_080387.1:59691975-59691987promoter 内 1737-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 59688754-59689723(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGAAGTCAACCAT
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74442408-74442420promoter 内 1668-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74438105-74440087(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGTTTTGACTTTG
SmilChr01G002170 Chr01 NC_080387.1:37804762-37804774promoter 内 1410-1422 bp + 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37799636-37802183(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACTGTTGACTGTT
SmilChr01G005233 Chr01 NC_080387.1:69909624-69909636promoter 内 1325-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69912300-69919203(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACAGTCAACCCG
SmilChr03G002688 Chr03 NC_080389.1:42750673-42750685promoter 内 1316-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42753358-42757429(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGTGGTCAACGCA
SmilChr03G002676 Chr03 NC_080389.1:42475022-42475034promoter 内 1238-1250 bp + 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42477785-42481904(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGTGGTCAACGCA
SmilChr02G002097 Chr02 NC_080388.1:37656902-37656914promoter 内 1195-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37652262-37654108(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCGTTGACGTTT
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74019412-74019424promoter 内 1119-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74022294-74025132(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGCTTTGACTTGT
SmilChr01G001855 Chr01 NC_080387.1:33501889-33501901promoter 内 1107-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33497684-33499007(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAAAGAC
SmilChr03G003169 Chr03 NC_080389.1:49050625-49050637promoter 内 773-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49044591-49047409(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CACAGTCAACAAC
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49167119-49167131promoter 内 548-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49170572-49173761(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTGTTGACTTCT
SmilChr02G005363 Chr02 NC_080388.1:74348389-74348401promoter 内 536-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74341412-74344936(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAGTTGACTTTC
SmilChr04G000793 Chr04 NC_080390.1:9796511-9796523promoter 内 409-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9800103-9803925(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTGAGTCAACGGA
SmilChr02G000371 Chr02 NC_080388.1:4714206-4714218promoter 内 363-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4707394-4710580(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACAGTCAACAGT
SmilChr01G000151 Chr01 NC_080387.1:2580336-2580348promoter 内 360-372 bp + 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2583977-2585591(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAACAAT
SmilChr03G000051 Chr03 NC_080389.1:510866-510878promoter 内 172-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 514695-517585(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGTGTTGACTGTT
SmilChr01G000310 Chr01 NC_080387.1:6009645-6009657promoter 内 170-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6013476-6058274(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGTGGTCAACGGA
SmilChr03G001518 Chr03 NC_080389.1:18648090-18648102promoter 内 96-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 18641663-18644197(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCAAGTCAACAGT
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32077913-32077925promoter 内 85-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 32072280-32074009(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATCATTGACTTTT
SmilChr03G000899 Chr03 NC_080389.1:10268276-10268288promoter 内 80-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 10272197-10276604(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCCGTTGACTGAG
SmilChr01G004292 Chr01 NC_080387.1:61139135-61139147promoter 内 28-40 bp - 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 61132968-61135174(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACAGTCAACAGT
SmilChr01G000315 Chr01 NC_080387.1:6075475-6075487promoter 内 3-15 bp - 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6069699-6071489(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAACAAT
SmilChr02G003367 Chr02 NC_080388.1:54797887-54797899promoter 内 1856-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 54788150-54795754(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACTTTGACTTTA
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76396926-76396938promoter 内 3801-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 76397126-76481394(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAATGAA
SmilChr04G000993 Chr04 NC_080390.1:13752699-13752711promoter 内 1791-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 13754909-13758419(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGCGGTCAACGAC
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65801579-65801591promoter 内 1180-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 65797080-65798770(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCTGTTGACTGTT
SmilChr01G004716 Chr01 NC_080387.1:65378299-65378311promoter 内 842-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 65374814-65375152(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAAGTCAACATC
SmilChr01G001586 Chr01 NC_080387.1:29866341-29866353promoter 内 397-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 29869945-29875021(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTTGTTGACTTCT
SmilChr03G000981 Chr03 NC_080389.1:11083674-11083686promoter 内 3988-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 11083687-11088021(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAACACT
SmilChr01G003503 Chr01 NC_080387.1:53616724-53616736promoter 内 3933-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 53616792-53616864(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAATGAA
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54615677-54615689promoter 内 3873-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 54613186-54615561(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCATTGACTTTT
SmilChr04G000310 Chr04 NC_080390.1:2860994-2861006promoter 内 3546-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 2859169-2860551(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTGGTTGACTTCG
SmilChr02G001945 Chr02 NC_080388.1:35073444-35073456promoter 内 3543-3555 bp - 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 35073902-35076549(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAGGTTGACTTCG
SmilChr02G002090 Chr02 NC_080388.1:37493792-37493804promoter 内 3417-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 37487786-37493220(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAGGTTGACTTCG
SmilChr01G000561 Chr01 NC_080387.1:11662350-11662362promoter 内 3411-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 11661023-11661772(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACCAGTCAACGAA
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