转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 61 / 128 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14725142-14725156promoter 内 2443-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14726700-14727998(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCTG
SmilChr04G002878 Chr04 NC_080390.1:44954004-44954018promoter 内 2372-2386 bp + 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44955633-44956343(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCTT
SmilChr05G002640 Chr05 NC_080391.1:29803486-29803500promoter 内 2335-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29805152-29807568(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr06G001743 Chr06 NC_080392.1:20151645-20151659promoter 内 2144-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20153502-20164577(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAAGA
SmilChr02G004066 Chr02 NC_080388.1:62949587-62949601promoter 内 2113-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62945020-62947713(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr06G000250 Chr06 NC_080392.1:1665987-1666001promoter 内 2062-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1663164-1664062(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCTC
SmilChr02G000335 Chr02 NC_080388.1:4233520-4233534promoter 内 1929-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4235592-4237346(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGGCGT
SmilChr05G002144 Chr05 NC_080391.1:22615636-22615650promoter 内 1908-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22604656-22613557(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGATGGTGG
SmilChr03G001509 Chr03 NC_080389.1:18506968-18506982promoter 内 1879-1893 bp - 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18509090-18509806(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr05G002824 Chr05 NC_080391.1:33448684-33448698promoter 内 1624-1638 bp + 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33451061-33453709(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTTCTCCACCGCCG
SmilChr08G002437 Chr08 NC_080394.1:23196861-23196875promoter 内 1611-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23199251-23209887(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCTT
SmilChr01G001254 Chr01 NC_080387.1:25172891-25172905promoter 内 1579-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25175313-25176435(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGAGA
SmilChr03G001105 Chr03 NC_080389.1:12721395-12721409promoter 内 1573-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12723823-12724932(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCCTCCACCGTCG
SmilChr02G005147 Chr02 NC_080388.1:72873596-72873610promoter 内 1543-1557 bp + 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72865368-72871152(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGAGGTGG
SmilChr01G004002 Chr01 NC_080387.1:58410150-58410164promoter 内 1541-1555 bp - 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58412610-58415919(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGCTG
SmilChr03G003442 Chr03 NC_080389.1:52800287-52800301promoter 内 1518-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52802770-52803940(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCC
SmilChr06G000585 Chr06 NC_080392.1:5030911-5030925promoter 内 1518-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5026361-5028442(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGCGGAGGTGA
SmilChr04G001421 Chr04 NC_080390.1:23093949-23093963promoter 内 1511-1525 bp + 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23096439-23101996(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCTC
SmilChr06G000298 Chr06 NC_080392.1:2128608-2128622promoter 内 1436-1450 bp + 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2121637-2126057(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGGGGA
SmilChr03G001757 Chr03 NC_080389.1:23924150-23924164promoter 内 1410-1424 bp - 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23926741-23926846(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGCAG
SmilChr08G003324 Chr08 NC_080394.1:34514516-34514530promoter 内 1312-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34505435-34511841(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr03G002148 Chr03 NC_080389.1:33414750-33414764promoter 内 1298-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33417453-33418998(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCTG
SmilChr06G001589 Chr06 NC_080392.1:17464009-17464023promoter 内 1279-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17459344-17461301(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr04G001539 Chr04 NC_080390.1:25351942-25351956promoter 内 1270-1284 bp + 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25346518-25349225(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr07G003724 Chr07 NC_080393.1:45232161-45232175promoter 内 1265-1279 bp - 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45227140-45229439(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCTG
SmilChr03G001425 Chr03 NC_080389.1:16902295-16902309promoter 内 1257-1271 bp - 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16898811-16899565(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTACACCGCCA
SmilChr05G000513 Chr05 NC_080391.1:3958452-3958466promoter 内 1254-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3952999-3955719(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGATC
SmilChr05G003642 Chr05 NC_080391.1:48834543-48834557promoter 内 1243-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48837301-48838857(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGCGGAGGTGA
SmilChr04G000764 Chr04 NC_080390.1:9315766-9315780promoter 内 1190-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9312431-9312969(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCTGT
SmilChr06G002229 Chr06 NC_080392.1:31504374-31504388promoter 内 1152-1166 bp - 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31507223-31510344(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr07G001952 Chr07 NC_080393.1:16984265-16984279promoter 内 1043-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16987223-16987303(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr03G004555 Chr03 NC_080389.1:63521730-63521744promoter 内 1010-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63516613-63518753(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr02G004606 Chr02 NC_080388.1:68566526-68566540promoter 内 1009-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 68561984-68563548(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAAGA
SmilChr01G000645 Chr01 NC_080387.1:14436840-14436854promoter 内 902-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14439939-14443084(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCC
SmilChr05G001096 Chr05 NC_080391.1:9122809-9122823promoter 内 797-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9126013-9128618(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCTCCACCGCCA
SmilChr08G001084 Chr08 NC_080394.1:8360585-8360599promoter 内 793-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8355099-8357391(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGGCCACCGCTT
SmilChr01G000691 Chr01 NC_080387.1:15479110-15479124promoter 内 756-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15472186-15475879(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr02G003589 Chr02 NC_080388.1:57098313-57098327promoter 内 738-752 bp + 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57101576-57107456(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGTCA
SmilChr02G000811 Chr02 NC_080388.1:13601091-13601105promoter 内 694-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 13604398-13606703(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCTG
SmilChr04G000604 Chr04 NC_080390.1:6839285-6839299promoter 内 653-667 bp - 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6829232-6835951(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCCTCCACCGCCG
SmilChr01G002687 Chr01 NC_080387.1:45083639-45083653promoter 内 605-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45087035-45090326(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACTTCGCCACCGCCG
SmilChr08G003767 Chr08 NC_080394.1:43137137-43137151promoter 内 553-567 bp + 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43140585-43141480(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCCC
SmilChr06G002467 Chr06 NC_080392.1:35500163-35500177promoter 内 505-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35495758-35496681(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCTCCACCGCTG
SmilChr02G003656 Chr02 NC_080388.1:57943513-57943527promoter 内 417-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57947097-57947936(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAAGA
SmilChr03G001427 Chr03 NC_080389.1:16902295-16902309promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16906026-16907941(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGTAGGTGG
SmilChr05G002129 Chr05 NC_080391.1:22382269-22382283promoter 内 229-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22386041-22394554(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCGGCACCGCCG
SmilChr07G003410 Chr07 NC_080393.1:37137627-37137641promoter 内 175-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37124678-37133815(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGACTCCACCGCCG
SmilChr05G001582 Chr05 NC_080391.1:14525036-14525050promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14528866-14529918(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTCGT
SmilChr03G002601 Chr03 NC_080389.1:41297511-41297525promoter 内 130-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41301382-41303904(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGAGGCCACCGCCG
SmilChr02G002686 Chr02 NC_080388.1:46549540-46549554promoter 内 107-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46544823-46545660(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGCGGAGGTGG