转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 61 / 138 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001806 Chr07 NC_080393.1:15464600-15464614promoter 内 3564-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 15459430-15464177(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTACACGTGGCG
SmilChr05G000636 Chr05 NC_080391.1:4805345-4805359promoter 内 3482-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4805864-4809650(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGATTTT
SmilChr03G004075 Chr03 NC_080389.1:59702615-59702629promoter 内 3478-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 59699018-59702106(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCGATATC
SmilChr02G001940 Chr02 NC_080388.1:34948565-34948579promoter 内 3474-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34945845-34948052(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCTCCA
SmilChr08G003139 Chr08 NC_080394.1:31799957-31799971promoter 内 3444-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31800514-31802124(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGTGAAT
SmilChr02G005125 Chr02 NC_080388.1:72714296-72714310promoter 内 3418-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 72714879-72730812(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGTCACT
SmilChr02G001830 Chr02 NC_080388.1:33316624-33316638promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33311729-33316027(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGTTCTA
SmilChr03G002948 Chr03 NC_080389.1:46207477-46207491promoter 内 3352-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 46208126-46210813(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATTGTTCACGTGTCA
SmilChr02G000835 Chr02 NC_080388.1:14110388-14110402promoter 内 3259-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14111130-14114061(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAACT
SmilChr02G002137 Chr02 NC_080388.1:38472434-38472448promoter 内 3189-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38473246-38475937(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAACT
SmilChr07G003093 Chr07 NC_080393.1:32706392-32706406promoter 内 3117-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 32707276-32709301(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAACT
SmilChr01G001538 Chr01 NC_080387.1:29396095-29396109promoter 内 3107-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 29396989-29398368(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCGCGC
SmilChr06G000585 Chr06 NC_080392.1:5029347-5029361promoter 内 3082-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5026361-5028442(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCAACTTT
SmilChr07G004304 Chr07 NC_080393.1:55628701-55628715promoter 内 3054-3068 bp - 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55629648-55632562(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGAACT
SmilChr07G002952 Chr07 NC_080393.1:29937661-29937675promoter 内 2953-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 29928157-29936627(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATATTTGACGTGGCG
SmilChr07G002970 Chr07 NC_080393.1:30222748-30222762promoter 内 2910-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 30209884-30221671(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATATTTGACGTGGCG
SmilChr03G002207 Chr03 NC_080389.1:34771471-34771485promoter 内 2829-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34772643-34776230(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATTCACCACGTGGCG
SmilChr02G004017 Chr02 NC_080388.1:62467685-62467699promoter 内 2765-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 62458265-62466463(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCTCCTACGTGGCA
SmilChr07G003973 Chr07 NC_080393.1:50583527-50583541promoter 内 2725-2739 bp + 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 50572345-50582265(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGTGAAT
SmilChr05G001310 Chr05 NC_080391.1:11298137-11298151promoter 内 2509-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 11294713-11296659(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCTCCTACGTGGCA
SmilChr04G000266 Chr04 NC_080390.1:2419746-2419760promoter 内 2448-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2421299-2425399(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATATTTGACGTGGCG
SmilChr03G002436 Chr03 NC_080389.1:38687453-38687467promoter 内 2429-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38684669-38685895(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGACACGTGATCTTT
SmilChr04G001763 Chr04 NC_080390.1:28989584-28989598promoter 内 2327-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28991258-28992659(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGAGCC
SmilChr03G001579 Chr03 NC_080389.1:19953326-19953340promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 19955044-19956198(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAGTCTG
SmilChr08G004471 Chr08 NC_080394.1:54357021-54357035promoter 内 2262-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54351016-54355296(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATAGCTTACGTGGCG
SmilChr04G001333 Chr04 NC_080390.1:21526032-21526046promoter 内 2216-2230 bp + 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 21527817-21535119(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAGGACACGTGGCT
SmilChr08G001478 Chr08 NC_080394.1:11920899-11920913promoter 内 2183-2197 bp - 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 11922717-11923530(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCACAATT
SmilChr03G004062 Chr03 NC_080389.1:59587388-59587402promoter 内 2170-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 59589219-59592862(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGGGGACT
SmilChr05G001565 Chr05 NC_080391.1:14320586-14320600promoter 内 2123-2137 bp - 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14322464-14325647(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAAATAT
SmilChr05G003162 Chr05 NC_080391.1:40408792-40408806promoter 内 2062-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 40404370-40406867(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTAAGACACGTGGCG
SmilChr04G000859 Chr04 NC_080390.1:10901801-10901815promoter 内 2060-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 10903742-10905247(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATGTTA
SmilChr05G001399 Chr05 NC_080391.1:12587153-12587167promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 12589182-12590243(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATGGGACACGTGGCT
SmilChr04G002944 Chr04 NC_080390.1:45756447-45756461promoter 内 1967-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45752997-45754427(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGGCGTCACGTGGCC
SmilChr05G002908 Chr05 NC_080391.1:34948672-34948686promoter 内 1953-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34950720-34952245(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GCGCGACACGTGGCG
SmilChr07G001609 Chr07 NC_080393.1:13477890-13477904promoter 内 1940-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 13479951-13480451(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGTGCAA
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