转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 62 / 120 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002762 Chr01 NC_080387.1:46024031-46024049promoter 内 540-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46027492-46030826(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCATATAAGGAAAT
SmilChr07G000916 Chr07 NC_080393.1:6554647-6554665promoter 内 529-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6548111-6551193(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCCATTTTTGGCAATA
SmilChr07G000918 Chr07 NC_080393.1:6554647-6554665promoter 内 421-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6558227-6561727(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTGCCAAAAATGGAATG
SmilChr03G002643 Chr03 NC_080389.1:42038722-42038740promoter 内 186-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 42029806-42034925(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AAATTCCAAAAAAAGAAAT
SmilChr08G000950 Chr08 NC_080394.1:7083032-7083050promoter 内 182-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7086851-7089993(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCATATAAGGAAAT
SmilChr08G004451 Chr08 NC_080394.1:54239668-54239686promoter 内 27-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 54243642-54245782(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTGCCAAAAATGGAATG
SmilChr08G002351 Chr08 NC_080394.1:22234172-22234190promoter 内 26-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22238147-22241082(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACATACCTAAAAAGGAATC
SmilChr01G005178 Chr01 NC_080387.1:69516060-69516078promoter 内 3582-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 69512361-69515659(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTATTTGGAAATA
SmilChr03G003509 Chr03 NC_080389.1:53697785-53697803promoter 内 3436-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 53698350-53711754(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGTCAAA
SmilChr01G003392 Chr01 NC_080387.1:52646198-52646216promoter 内 2570-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 52644354-52644785(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTATTTGGAAATA
SmilChr02G000304 Chr02 NC_080388.1:3842836-3842854promoter 内 2541-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 3839067-3841394(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTATTTGGAAATA
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69516060-69516078promoter 内 1864-1882 bp - 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 69518197-69522787(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCAAATAAGGTAAT
SmilChr01G002104 Chr01 NC_080387.1:37070641-37070659promoter 内 898-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 37073744-37074483(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATAGCCCAAAAAGGAAAC
SmilChr05G003836 Chr05 NC_080391.1:51811672-51811690promoter 内 3762-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 51811911-51812653(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTTCCAAAAACAGAAAT
SmilChr04G001412 Chr04 NC_080390.1:22984713-22984731promoter 内 3719-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22984995-22985894(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTAGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr01G002333 Chr01 NC_080387.1:40477601-40477619promoter 内 3635-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40471842-40477253(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTGTCCAAAAATAGAAAG
SmilChr02G000295 Chr02 NC_080388.1:3746713-3746731promoter 内 3634-3652 bp + 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3745654-3746364(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCAAATAAGGTAAT
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30169319-30169337promoter 内 3369-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTATTTGGAAATA
SmilChr05G002514 Chr05 NC_080391.1:27895927-27895945promoter 内 3276-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27891862-27895220(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTTCCAAATAAGGTAAT
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50814123-50814141promoter 内 3269-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50811557-50813409(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTAGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr06G001396 Chr06 NC_080392.1:14606824-14606842promoter 内 3206-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14601867-14606047(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTATTTGGAAATA
SmilChr08G001689 Chr08 NC_080394.1:14099482-14099500promoter 内 3125-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14100358-14102411(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTAGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr04G000319 Chr04 NC_080390.1:2925504-2925522promoter 内 3116-3134 bp - 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2920848-2924637(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGCTAAA
SmilChr04G000543 Chr04 NC_080390.1:6056248-6056266promoter 内 3016-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6050741-6055281(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGCTAAA
SmilChr01G005812 Chr01 NC_080387.1:74130356-74130374promoter 内 2923-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 74128540-74129296(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCTTTTTTTGGATAGT
SmilChr01G005808 Chr01 NC_080387.1:74113899-74113917promoter 内 2905-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 74111236-74112821(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCTTTTTTTGGATAGT
SmilChr07G001708 Chr07 NC_080393.1:14480675-14480693promoter 内 2871-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14481805-14482596(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTAGCCAAAAAAGGAAAG
SmilChr02G000852 Chr02 NC_080388.1:14507166-14507184promoter 内 2623-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 14501828-14505806(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTATAGAAACC
SmilChr01G003360 Chr01 NC_080387.1:52346641-52346659promoter 内 2613-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52337701-52345271(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AATGACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr03G001596 Chr03 NC_080389.1:20260016-20260034promoter 内 2601-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20261416-20264053(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CCTGTCCAGAAAAGGAAAG
SmilChr08G002149 Chr08 NC_080394.1:19347227-19347245promoter 内 2477-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 19341711-19345721(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGCTAAA
SmilChr04G000050 Chr04 NC_080390.1:449058-449076promoter 内 2384-2402 bp - 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 447156-447459(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTCGGGATGT
SmilChr01G004722 Chr01 NC_080387.1:65421332-65421350promoter 内 2380-2398 bp - 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 65418099-65419729(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CCTACTATTTTTGGAAAGT
SmilChr06G003283 Chr06 NC_080392.1:45374736-45374754promoter 内 2261-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45376476-45379542(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCTATTTTTGGACACC
SmilChr04G002788 Chr04 NC_080390.1:43760279-43760297promoter 内 2243-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43762037-43765680(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCAAAAATGGAATG
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