转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 62 / 137 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000838 Chr03 NC_080389.1:9585743-9585753promoter 内 2738-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9587006-9587775(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr02G002759 Chr02 NC_080388.1:47638819-47638829promoter 内 2728-2738 bp - 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47631726-47637556(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr02G005547 Chr02 NC_080388.1:75458789-75458799promoter 内 2704-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 75460086-75462745(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr01G005700 Chr01 NC_080387.1:73257719-73257729promoter 内 2686-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 73256342-73256414(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr01G002366 Chr01 NC_080387.1:40835846-40835856promoter 内 2627-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 40837220-40839089(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAC
SmilChr02G001437 Chr02 NC_080388.1:27057078-27057088promoter 内 2618-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 27052681-27055705(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGC
SmilChr02G003835 Chr02 NC_080388.1:60042883-60042893promoter 内 2606-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60033926-60041498(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGC
SmilChr03G000388 Chr03 NC_080389.1:4293132-4293142promoter 内 2569-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4294564-4296912(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr03G000159 Chr03 NC_080389.1:1739735-1739745promoter 内 2482-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 1741254-1747479(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr01G000567 Chr01 NC_080387.1:11744017-11744027promoter 内 2430-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 11739553-11742456(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGGA
SmilChr03G002623 Chr03 NC_080389.1:41635083-41635093promoter 内 2242-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41630946-41633334(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGGA
SmilChr02G000277 Chr02 NC_080388.1:3557575-3557585promoter 内 2195-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3553646-3555779(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr01G000354 Chr01 NC_080387.1:7340997-7341007promoter 内 2139-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 7338112-7339145(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr01G000861 Chr01 NC_080387.1:18528940-18528950promoter 内 2128-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 18525937-18527077(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGCG
SmilChr01G005489 Chr01 NC_080387.1:71831813-71831823promoter 内 2089-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71825897-71829911(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr01G003059 Chr01 NC_080387.1:49481480-49481490promoter 内 2008-2018 bp + 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49483473-49487851(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAACTTGAG
SmilChr02G001154 Chr02 NC_080388.1:21015984-21015994promoter 内 1970-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 21009999-21013963(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGGA
SmilChr02G003869 Chr02 NC_080388.1:60700284-60700294promoter 内 1950-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60702335-60705004(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGGA
SmilChr01G002657 Chr01 NC_080387.1:44843647-44843657promoter 内 1844-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44841411-44841500(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr01G006065 Chr01 NC_080387.1:76064816-76064826promoter 内 1776-1786 bp + 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 76067041-76075726(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12239125-12239135promoter 内 1737-1747 bp + 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12241389-12243025(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAACTTGAG
SmilChr03G001430 Chr03 NC_080389.1:16970066-16970076promoter 内 1725-1735 bp + 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16966140-16967800(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGCC
SmilChr01G004214 Chr01 NC_080387.1:60552014-60552024promoter 内 1673-1683 bp - 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60548645-60549696(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr03G003039 Chr03 NC_080389.1:47282685-47282695promoter 内 1654-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47285032-47289471(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAA
SmilChr02G001849 Chr02 NC_080388.1:33707892-33707902promoter 内 1635-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33710258-33717314(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAACTTGAG
SmilChr01G000526 Chr01 NC_080387.1:10729943-10729953promoter 内 1498-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10710245-10727450(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr01G002656 Chr01 NC_080387.1:44843647-44843657promoter 内 1489-1499 bp + 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44841020-44841145(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr03G003467 Chr03 NC_080389.1:53126578-53126588promoter 内 1454-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53123903-53124041(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTG
SmilChr01G001156 Chr01 NC_080387.1:23509830-23509840promoter 内 1435-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 23504631-23507274(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTG
SmilChr02G001708 Chr02 NC_080388.1:31432420-31432430promoter 内 1413-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 31428694-31429842(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGC
SmilChr02G004149 Chr02 NC_080388.1:63814949-63814959promoter 内 1396-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63809857-63812354(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGC
SmilChr02G003012 Chr02 NC_080388.1:50810069-50810079promoter 内 1373-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50804113-50807451(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGGA
SmilChr01G001572 Chr01 NC_080387.1:29762354-29762364promoter 内 1288-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 29765067-29765138(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAC
SmilChr01G002655 Chr01 NC_080387.1:44843647-44843657promoter 内 1130-1140 bp + 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44840703-44840786(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGCA
SmilChr02G005546 Chr02 NC_080388.1:75458789-75458799promoter 内 1127-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 75453517-75455925(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAA
SmilChr03G002103 Chr03 NC_080389.1:32586684-32586694promoter 内 1123-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32589562-32593681(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAACTTGAG
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