转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 65 / 167 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004968 Chr01 NC_080387.1:67781360-67781380promoter 内 622-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 67784739-67791410(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCGTTTTGGATAAGTCGGGA
SmilChr07G004233 Chr07 NC_080393.1:54650131-54650151promoter 内 3980-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54650152-54650876(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGAGGTTTAGATAAGGTGGTA
SmilChr07G004234 Chr07 NC_080393.1:54667675-54667695promoter 内 3980-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54667696-54669526(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGAGGTTTAGATAAGGTGGTA
SmilChr01G003347 Chr01 NC_080387.1:52232655-52232675promoter 内 3950-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52232706-52233291(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATCCTCATCCAAATCCCA
SmilChr01G003202 Chr01 NC_080387.1:50797351-50797371promoter 内 3936-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50795387-50797306(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTTTCTTATCCAAATCAAA
SmilChr04G000986 Chr04 NC_080390.1:13382416-13382436promoter 内 3930-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13379206-13382365(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTTTCTTATCCAAATCAAA
SmilChr01G003841 Chr01 NC_080387.1:56748303-56748323promoter 内 3914-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56746216-56748236(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATATCAGGATAAGCTTGCA
SmilChr04G003825 Chr04 NC_080390.1:54361719-54361739promoter 内 3875-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54361845-54363272(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGCTGCGGATAAGGAGTTG
SmilChr06G001000 Chr06 NC_080392.1:9898679-9898699promoter 内 3860-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9895619-9898558(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAATTTCTTATCCAAACTTTG
SmilChr05G004063 Chr05 NC_080391.1:54575494-54575514promoter 内 3829-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54575666-54575737(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTTTCAGATAAGGATGAA
SmilChr03G003030 Chr03 NC_080389.1:47218610-47218630promoter 内 3809-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47218802-47222273(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAACCCTTATCTAAATTGTT
SmilChr02G004627 Chr02 NC_080388.1:68767346-68767366promoter 内 3785-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 68763865-68767150(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTAATTATCCAATTTTTT
SmilChr02G003736 Chr02 NC_080388.1:59005725-59005745promoter 内 3740-3760 bp - 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59005986-59006474(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTAATCTTATCCGGTGTGCC
SmilChr03G001735 Chr03 NC_080389.1:23323012-23323032promoter 内 3733-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 23323280-23324585(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTCATTATCCAATAATTT
SmilChr03G003333 Chr03 NC_080389.1:51599743-51599763promoter 内 3727-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 51600017-51606714(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCCATTTTATCCATACCAAT
SmilChr02G000271 Chr02 NC_080388.1:3497866-3497886promoter 内 3662-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3494559-3497547(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTGGAGTGGATAATGTCGGA
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31265513-31265533promoter 内 3586-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 31262793-31265118(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTCGGTTTATCCAAACTTTG
SmilChr02G002586 Chr02 NC_080388.1:44958625-44958645promoter 内 3554-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44958127-44958198(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAATATGGATAATGACAAA
SmilChr01G003134 Chr01 NC_080387.1:50151971-50151991promoter 内 3537-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50147536-50151527(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCAAGTTTATCCATGTCTTC
SmilChr02G002633 Chr02 NC_080388.1:45702767-45702787promoter 内 3516-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45702231-45702302(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGAATATGGATAATGACAAA
SmilChr05G003216 Chr05 NC_080391.1:41267182-41267202promoter 内 3516-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41267667-41272521(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCGATATTATCCATTATTTG
SmilChr04G001712 Chr04 NC_080390.1:28281956-28281976promoter 内 3504-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 28282453-28284826(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGAAAGATGATAAGGTGAAG
SmilChr08G000285 Chr08 NC_080394.1:1942495-1942515promoter 内 3495-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1943001-1946640(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTGACCTTATCTTGATTTTC
SmilChr04G003653 Chr04 NC_080390.1:53011529-53011549promoter 内 3447-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53012083-53016707(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACACTACTTATCCATACCTAT
SmilChr02G003208 Chr02 NC_080388.1:53240659-53240679promoter 内 3373-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53241287-53244838(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAGTTTGGATAAACCGAAA
SmilChr07G000623 Chr07 NC_080393.1:4215941-4215961promoter 内 3339-3359 bp + 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4214514-4215299(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTCTCTTATCCTATCCATA
SmilChr04G000181 Chr04 NC_080390.1:1617329-1617349promoter 内 3291-3311 bp + 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1614042-1616639(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTTCCTTATCATCTCTATG
SmilChr01G000296 Chr01 NC_080387.1:5830097-5830117promoter 内 3243-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 5830855-5833154(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAGCCTTATCTTGTCTTGG
SmilChr07G002708 Chr07 NC_080393.1:26476187-26476207promoter 内 3240-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 26466911-26475446(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTAATGAGGATAAGCAAGTT
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60584339-60584359promoter 内 3195-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 60582237-60583553(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCTAATTGGATAAACTTGAA
SmilChr07G002569 Chr07 NC_080393.1:24520616-24520636promoter 内 3130-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24521487-24523541(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGAATTGGATGAGTATCGT
SmilChr01G005101 Chr01 NC_080387.1:68812725-68812745promoter 内 3124-3144 bp + 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 68813602-68815717(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAATATGGATAACTAAAGG
SmilChr04G002868 Chr04 NC_080390.1:44801244-44801264promoter 内 3106-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44802139-44803731(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGGCTCTGGATAAACAGGGG
SmilChr06G002492 Chr06 NC_080392.1:35803778-35803798promoter 内 3051-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 35804728-35810919(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTATTGGATAATGAAAAT
SmilChr04G002100 Chr04 NC_080390.1:33893802-33893822promoter 内 3021-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33892421-33892842(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTATTGGATAAAAATGAT
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