转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 65 / 136 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000431 Chr02 NC_080388.1:5585319-5585326promoter 内 1816-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 5582653-5583141(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr02G002673 Chr02 NC_080388.1:46329807-46329814promoter 内 1810-1817 bp + 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 46331998-46335353(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr02G005428 Chr02 NC_080388.1:74730629-74730636promoter 内 1749-1756 bp - 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 74725462-74728384(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr03G003642 Chr03 NC_080389.1:55101245-55101252promoter 内 1745-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 55097370-55098996(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G002613 Chr07 NC_080393.1:25187007-25187014promoter 内 1736-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 25180758-25184749(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr07G004326 Chr07 NC_080393.1:55827815-55827822promoter 内 1734-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 55822442-55825555(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr02G003600 Chr02 NC_080388.1:57177962-57177969promoter 内 1719-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 57180244-57180920(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr08G000180 Chr08 NC_080394.1:1228057-1228064promoter 内 1668-1675 bp + 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 1230390-1232129(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr03G003421 Chr03 NC_080389.1:52541585-52541592promoter 内 1644-1651 bp - 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 52543942-52546964(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr03G004525 Chr03 NC_080389.1:63303648-63303655promoter 内 1604-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 63300237-63301258(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr06G002235 Chr06 NC_080392.1:31626026-31626033promoter 内 1598-1605 bp + 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 31622861-31623630(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr02G002002 Chr02 NC_080388.1:36168066-36168073promoter 内 1469-1476 bp - 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 36170598-36172024(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr05G002557 Chr05 NC_080391.1:28701398-28701405promoter 内 1459-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 28703940-28705015(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr03G002981 Chr03 NC_080389.1:46629952-46629959promoter 内 1437-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 46632516-46636803(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr05G001100 Chr05 NC_080391.1:9153922-9153929promoter 内 1376-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 9156547-9156885(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr03G002857 Chr03 NC_080389.1:45144424-45144431promoter 内 1348-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 45147077-45165612(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G002650 Chr07 NC_080393.1:25670899-25670906promoter 内 1310-1317 bp + 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 25667201-25668215(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr04G000232 Chr04 NC_080390.1:2058708-2058715promoter 内 1281-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 2061428-2063247(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr05G000966 Chr05 NC_080391.1:7800421-7800428promoter 内 1260-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 7803162-7805218(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr04G001991 Chr04 NC_080390.1:32227584-32227591promoter 内 1226-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 32223455-32224816(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr02G004791 Chr02 NC_080388.1:70110665-70110672promoter 内 1222-1229 bp + 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 70113444-70114579(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr05G001925 Chr05 NC_080391.1:19527751-19527758promoter 内 1220-1227 bp + 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 19521808-19524977(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr05G000902 Chr05 NC_080391.1:7145576-7145583promoter 内 1214-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 7148363-7150360(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr02G002951 Chr02 NC_080388.1:50059630-50059637promoter 内 1192-1199 bp - 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 50052333-50056828(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr06G000923 Chr06 NC_080392.1:8758457-8758464promoter 内 1169-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 8753049-8755632(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr02G002907 Chr02 NC_080388.1:49378188-49378195promoter 内 1116-1123 bp + 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 49381073-49385561(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr02G002194 Chr02 NC_080388.1:39161925-39161932promoter 内 1095-1102 bp + 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 39158517-39159026(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr03G003655 Chr03 NC_080389.1:55393045-55393052promoter 内 1027-1034 bp + 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 55388151-55390078(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr05G000475 Chr05 NC_080391.1:3655458-3655465promoter 内 993-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 3650708-3652457(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G002128 Chr07 NC_080393.1:19419138-19419145promoter 内 967-974 bp - 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 19422172-19429007(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr05G001654 Chr05 NC_080391.1:15613034-15613041promoter 内 965-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 15616070-15616697(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr07G000809 Chr07 NC_080393.1:5710078-5710085promoter 内 952-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 5702149-5707036(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr03G000649 Chr03 NC_080389.1:7234023-7234030promoter 内 932-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 7229902-7230961(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr05G003613 Chr05 NC_080391.1:48223604-48223611promoter 内 930-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 48226675-48229866(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr01G002608 Chr01 NC_080387.1:44273286-44273293promoter 内 919-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 44269414-44270211(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr04G002692 Chr04 NC_080390.1:42326575-42326582promoter 内 898-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 42322783-42323479(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
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SmilChr08G003478 Chr08 NC_080394.1:37400836-37400843promoter 内 441-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 37395912-37397283(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
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SmilChr08G004903 Chr08 NC_080394.1:58038278-58038285promoter 内 338-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 58034236-58034622(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC