转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 65 / 123 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006155 Chr01 NC_080387.1:76973182-76973196promoter 内 782-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 76976401-76977927(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACAAAAATGGCCA
SmilChr01G005738 Chr01 NC_080387.1:73503977-73503991promoter 内 751-765 bp - 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73507227-73507982(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGGCCATTTTTGTTT
SmilChr02G000979 Chr02 NC_080388.1:17169519-17169533promoter 内 687-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17172833-17173870(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCTCAAAATGGAAC
SmilChr02G003678 Chr02 NC_080388.1:58160239-58160253promoter 内 670-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58147251-58156922(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATGCTTTTTTTGGGA
SmilChr03G000341 Chr03 NC_080389.1:3876660-3876674promoter 内 655-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3871001-3873328(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACCCAAAAATGAAAA
SmilChr01G005332 Chr01 NC_080387.1:70518356-70518370promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70513261-70514959(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTTCCATTTAGGGTT
SmilChr02G002183 Chr02 NC_080388.1:39031672-39031686promoter 内 573-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39035100-39037243(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAATGGACT
SmilChr02G003364 Chr02 NC_080388.1:54765693-54765707promoter 内 331-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54759037-54762037(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCTAAAATGGTAT
SmilChr01G001786 Chr01 NC_080387.1:32734453-32734467promoter 内 316-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32738138-32740854(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCTCAAAATGGCAC
SmilChr01G000052 Chr01 NC_080387.1:836365-836379promoter 内 278-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 830932-832656(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCCATTTATAGAA
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1423021-1423035promoter 内 236-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1418005-1419270(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGGCCATTTTTGTTT
SmilChr01G001084 Chr01 NC_080387.1:22271561-22271575promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22267275-22267775(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCCATTTATAGAA
SmilChr01G005782 Chr01 NC_080387.1:73932014-73932028promoter 内 169-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73924827-73928196(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTGCCATTTTTGTTT
SmilChr02G001763 Chr02 NC_080388.1:32369020-32369034promoter 内 122-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32372899-32374214(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGGCCATTTTTGTTT
SmilChr02G003548 Chr02 NC_080388.1:56631389-56631403promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56620362-56627482(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAATGACAA
SmilChr03G001073 Chr03 NC_080389.1:12430358-12430372promoter 内 48-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12434311-12436577(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACCCAAAAATGAAAA
SmilChr01G003321 Chr01 NC_080387.1:51916614-51916628promoter 内 3503-3517 bp + 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 5 51914857-51916130(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTTTTTTGGGA
SmilChr02G005457 Chr02 NC_080388.1:74889385-74889399promoter 内 3977-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 74889409-74896486(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTTTTTTGGAG
SmilChr02G005456 Chr02 NC_080388.1:74889385-74889399promoter 内 661-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 74883626-74886059(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTCCAAAAAAGAAAA
SmilChr01G002727 Chr01 NC_080387.1:45625430-45625444promoter 内 3756-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 45625675-45630901(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCATTTTTGGAC
SmilChr02G001808 Chr02 NC_080388.1:32912441-32912455promoter 内 3678-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 32910261-32912132(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCATTTTTGGAC
SmilChr02G001024 Chr02 NC_080388.1:18152882-18152896promoter 内 3672-3686 bp - 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 18153211-18157450(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCATTTTTGGAC
SmilChr02G005366 Chr02 NC_080388.1:74357153-74357167promoter 内 3429-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 74352580-74356595(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAATGAAAA
SmilChr03G000879 Chr03 NC_080389.1:9986870-9986884promoter 内 3215-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 9973574-9986098(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATACCAAAATGGAGA
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57320617-57320631promoter 内 2972-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 57314820-57319602(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TAACCATTTTTGTAA
SmilChr02G003732 Chr02 NC_080388.1:58965515-58965529promoter 内 1463-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 58960737-58962991(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TAACTCTTTTTGGAA
SmilChr01G001312 Chr01 NC_080387.1:26100262-26100276promoter 内 3727-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 26100536-26102539(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAGAAAA
SmilChr01G001844 Chr01 NC_080387.1:33399722-33399736promoter 内 3543-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 33396188-33399278(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTTTTTTGGGA
SmilChr01G001845 Chr01 NC_080387.1:33399722-33399736promoter 内 3354-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 33400369-33405408(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAGAAAA
SmilChr02G005172 Chr02 NC_080388.1:73027178-73027192promoter 内 3336-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 73027843-73038259(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTTTTTTGGGA
SmilChr03G000719 Chr03 NC_080389.1:8057571-8057585promoter 内 2992-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 8058580-8060311(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCATTTTTGGAC
SmilChr02G002891 Chr02 NC_080388.1:49206196-49206210promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 49204177-49205172(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCATTTTTGGAC
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16480205-16480219promoter 内 2530-2544 bp + 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 16481676-16483898(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAATGAAAA
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52508158-52508172promoter 内 2491-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 52505069-52506662(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGGCTATTTTTGGGC
SmilChr01G001305 Chr01 NC_080387.1:25999288-25999302promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 26000900-26005209(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTACTTAAATGGAAA
SmilChr02G000448 Chr02 NC_080388.1:5863708-5863722promoter 内 2267-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 5859652-5861988(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAGAAAA
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