转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 66 / 126 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003285 Chr01 NC_080387.1:51540142-51540162promoter 内 2236-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 51535512-51538397(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTATTCACCTTTTCACTTTTT
SmilChr02G004472 Chr02 NC_080388.1:67105109-67105129promoter 内 1948-1968 bp + 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 67107162-67112851(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
SmilChr03G000860 Chr03 NC_080389.1:9818601-9818621promoter 内 1863-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9820739-9825687(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTATGAAACAAGAAAA
SmilChr01G000817 Chr01 NC_080387.1:17608523-17608543promoter 内 1836-1856 bp - 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 17605350-17606378(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TGCCTATGTTATTTACTTTAT
SmilChr02G003621 Chr02 NC_080388.1:57521251-57521271promoter 内 1722-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 57523530-57524994(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTTTTATTTTTCTACTTTTA
SmilChr02G003852 Chr02 NC_080388.1:60293005-60293025promoter 内 1700-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 60290627-60290724(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTATTCACCTTTTCACTTTTT
SmilChr01G002639 Chr01 NC_080387.1:44679020-44679040promoter 内 1695-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 44675989-44676734(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTGCCTCGTTGGTGACTTTTT
SmilChr02G001490 Chr02 NC_080388.1:27870130-27870150promoter 内 1694-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 27864450-27867843(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGGTGAATAA
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1817957-1817977promoter 内 1479-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 1820479-1822311(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TAAAAGTAGAAAAATAAAAAT
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1752178-1752198promoter 内 1462-1482 bp - 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 1745405-1749659(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATCGTGGTTTTTTACTTTTT
SmilChr01G006038 Chr01 NC_080387.1:75879916-75879936promoter 内 1374-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 75882543-75886160(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
SmilChr01G003544 Chr01 NC_080387.1:54030091-54030111promoter 内 1367-1387 bp - 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54032725-54035627(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAAAAGTAGTGCAGA
SmilChr02G003597 Chr02 NC_080388.1:57158385-57158405promoter 内 1295-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 57161091-57168412(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGACAAGACAGAGTA
SmilChr01G001143 Chr01 NC_080387.1:23378913-23378933promoter 内 1220-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 23372046-23376152(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAGGAAGAATAAAAT
SmilChr01G004896 Chr01 NC_080387.1:67031916-67031936promoter 内 1150-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 67034767-67037714(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTTCTCTCCGTTCTACTTTTA
SmilChr02G000507 Chr02 NC_080388.1:6979287-6979307promoter 内 1149-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 6975700-6976455(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTATTCACCTTTTCACTTTTT
SmilChr02G003516 Chr02 NC_080388.1:56349953-56349973promoter 内 1100-1120 bp - 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56352854-56354315(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAGAATAAATAAAG
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35215262-35215282promoter 内 1042-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 35218221-35220823(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAGAATAAATAAAG
SmilChr01G004712 Chr01 NC_080387.1:65269494-65269514promoter 内 938-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 65272557-65278064(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGGTGAATAA
SmilChr02G003262 Chr02 NC_080388.1:53909579-53909599promoter 内 797-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 53912783-53916969(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCGTGGCCGCTTTTACTTTTT
SmilChr02G005012 Chr02 NC_080388.1:71921620-71921640promoter 内 683-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 71914545-71918322(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTATTCACCTTTTCACTTTTT
SmilChr01G002260 Chr01 NC_080387.1:39399738-39399758promoter 内 630-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 39392484-39396387(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAATACTGAAAGTG
SmilChr02G003952 Chr02 NC_080388.1:61685889-61685909promoter 内 612-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61681594-61682520(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
SmilChr03G000534 Chr03 NC_080389.1:5766448-5766468promoter 内 545-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 5769904-5771013(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ACCCTAGTTTTTTTACTTTAT
SmilChr01G001341 Chr01 NC_080387.1:26649601-26649621promoter 内 457-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26653145-26656117(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAACAATCGGAGAAT
SmilChr01G000130 Chr01 NC_080387.1:2190661-2190681promoter 内 454-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 2194208-2196236(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTATAGAGAAGAAGGG
SmilChr01G002257 Chr01 NC_080387.1:39334621-39334641promoter 内 292-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 39327723-39330932(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGGTGAATAA
SmilChr02G005182 Chr02 NC_080388.1:73116740-73116760promoter 内 65-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 73110085-73112824(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
SmilChr02G001627 Chr02 NC_080388.1:30226226-30226246promoter 内 3920-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30215940-30226165(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAATTAAAACAAAGG
SmilChr01G005014 Chr01 NC_080387.1:68153780-68153800promoter 内 3905-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68147387-68153704(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGATAAATGGAGCAA
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40781652-40781672promoter 内 3826-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40781827-40786616(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGGTGAATAA
SmilChr02G005216 Chr02 NC_080388.1:73355507-73355527promoter 内 3823-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73355685-73358919(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
SmilChr02G002825 Chr02 NC_080388.1:48355197-48355217promoter 内 3805-3825 bp + 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48355393-48357723(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
SmilChr02G000084 Chr02 NC_080388.1:1107878-1107898promoter 内 3802-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1108077-1110129(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
SmilChr02G000463 Chr02 NC_080388.1:6217098-6217118promoter 内 3792-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6211368-6216909(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTATTTATTCTTACTTTTC
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