转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 68 / 144 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000029 Chr01 NC_080387.1:547671-547683promoter 内 888-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 543996-544570(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGTA
SmilChr04G000340 Chr04 NC_080390.1:3130120-3130132promoter 内 543-555 bp + 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 3133578-3137664(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAATGGG
SmilChr04G000339 Chr04 NC_080390.1:3130120-3130132promoter 内 541-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 3123846-3126672(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCATTGACTTTT
SmilChr02G005530 Chr02 NC_080388.1:75366825-75366837promoter 内 377-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 75359946-75363213(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTATG
SmilChr03G001457 Chr03 NC_080389.1:17405635-17405647promoter 内 375-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 17398274-17402021(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGTA
SmilChr02G001084 Chr02 NC_080388.1:19425168-19425180promoter 内 274-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 19417826-19421453(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATGGTTGACTCTT
SmilChr02G000328 Chr02 NC_080388.1:4176149-4176161promoter 内 185-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4179965-4180783(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTG
SmilChr02G001149 Chr02 NC_080388.1:20914998-20915010promoter 内 130-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 20918869-20924304(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACCTA
SmilChr01G002777 Chr01 NC_080387.1:46213531-46213543promoter 内 122-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 46205267-46209664(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr01G006086 Chr01 NC_080387.1:76339962-76339974promoter 内 100-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 76343863-76347883(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCGTTGACCCTC
SmilChr03G003661 Chr03 NC_080389.1:55433700-55433712promoter 内 11-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 55427047-55429722(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACACA
SmilChr01G002831 Chr01 NC_080387.1:46919610-46919622promoter 内 3902-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46909817-46919523(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr03G003657 Chr03 NC_080389.1:55404821-55404833promoter 内 3891-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55402730-55404723(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr03G001206 Chr03 NC_080389.1:13915540-13915552promoter 内 3818-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13915723-13917553(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAATGGG
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63608328-63608340promoter 内 3748-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCGGTTGACTCTG
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73078957-73078969promoter 内 3623-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73074860-73078591(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTAAGTCAACTAG
SmilChr01G002225 Chr01 NC_080387.1:38726108-38726120promoter 内 3613-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38724949-38725732(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGCTTTGACTTCG
SmilChr01G002208 Chr01 NC_080387.1:38419170-38419182promoter 内 3550-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38418011-38418731(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGCTTTGACTTCG
SmilChr04G002021 Chr04 NC_080390.1:32776007-32776019promoter 内 3533-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32776475-32777699(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GATAGTCAACTAT
SmilChr02G003848 Chr02 NC_080388.1:60218382-60218394promoter 内 3528-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60218855-60219814(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAGTTGACTTCA
SmilChr02G004500 Chr02 NC_080388.1:67503761-67503773promoter 内 3526-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67504236-67504990(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCATTGACTTTT
SmilChr03G001415 Chr03 NC_080389.1:16798986-16798998promoter 内 3390-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16797549-16798387(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATCGTTGACTAGA
SmilChr03G004285 Chr03 NC_080389.1:61267156-61267168promoter 内 3340-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61267817-61269613(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACAAT
SmilChr02G003918 Chr02 NC_080388.1:61272858-61272870promoter 内 3320-3332 bp - 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61266207-61272189(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr02G002541 Chr02 NC_080388.1:44275595-44275607promoter 内 3274-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44263095-44274880(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTAGTCAACCGC
SmilChr04G000115 Chr04 NC_080390.1:999568-999580promoter 内 3221-3233 bp - 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1000348-1003600(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGTTGACTTGG
SmilChr02G004290 Chr02 NC_080388.1:65225589-65225601promoter 内 3162-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 65223581-65224762(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCGTTGACTCAC
SmilChr03G003524 Chr03 NC_080389.1:53843168-53843180promoter 内 3150-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53844019-53850195(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACAAT
SmilChr04G002377 Chr04 NC_080390.1:38292551-38292563promoter 内 3131-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38281427-38291693(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCTGTTGACTTAT
SmilChr04G001484 Chr04 NC_080390.1:24270304-24270316promoter 内 3128-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24271177-24288406(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACCTA
SmilChr02G001176 Chr02 NC_080388.1:21638410-21638422promoter 内 3106-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21634500-21637527(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAATGTCAACGCT
SmilChr03G001856 Chr03 NC_080389.1:25588033-25588045promoter 内 3090-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25588944-25589594(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCTTTGACTTTA
SmilChr01G000827 Chr01 NC_080387.1:17802746-17802758promoter 内 3059-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17803688-17804493(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCGGTTGACTTCA
SmilChr02G002279 Chr02 NC_080388.1:40282105-40282117promoter 内 3053-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40280312-40281169(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAACTAG
SmilChr01G001486 Chr01 NC_080387.1:28650077-28650089promoter 内 2734-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28647329-28648822(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAGAGTCAACTGA
SmilChr04G001086 Chr04 NC_080390.1:15569781-15569793promoter 内 2619-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15565338-15568411(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAACTAG
SmilChr04G001073 Chr04 NC_080390.1:15420287-15420299promoter 内 2592-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15421696-15422596(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAGTTGACTTGC
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SmilChr01G003219 Chr01 NC_080387.1:50964199-50964211promoter 内 2135-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50966065-50970897(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCAGTTGACTCTT
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SmilChr03G001226 Chr03 NC_080389.1:14146922-14146934promoter 内 2003-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14148920-14152203(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAACTAG