转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 68 / 167 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001893 Chr05 NC_080391.1:19247007-19247016promoter 内 2979-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 19248029-19249619(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr05G001162 Chr05 NC_080391.1:9766745-9766754promoter 内 2916-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 9767830-9773437(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr08G002818 Chr08 NC_080394.1:28000356-28000365promoter 内 2896-2905 bp - 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28001461-28004516(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGG
SmilChr01G006018 Chr01 NC_080387.1:75764351-75764360promoter 内 2891-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 75765461-75773588(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr07G003689 Chr07 NC_080393.1:44423000-44423009promoter 内 2879-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 44420679-44421887(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr01G003405 Chr01 NC_080387.1:52725735-52725744promoter 内 2856-2865 bp - 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 52721666-52724599(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr06G000019 Chr06 NC_080392.1:259491-259500promoter 内 2850-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 253716-258349(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr04G001684 Chr04 NC_080390.1:27875780-27875789promoter 内 2695-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 27872470-27874483(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGG
SmilChr04G001676 Chr04 NC_080390.1:27775832-27775841promoter 内 2687-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 27777146-27779100(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGG
SmilChr07G003787 Chr07 NC_080393.1:46467059-46467068promoter 内 2687-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 46465188-46465754(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGG
SmilChr04G004106 Chr04 NC_080390.1:56020663-56020672promoter 内 2663-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56016397-56019334(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr01G003260 Chr01 NC_080387.1:51299129-51299138promoter 内 2661-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 51297136-51297798(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr05G001063 Chr05 NC_080391.1:8796021-8796030promoter 内 2604-2613 bp + 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 8793951-8794633(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr03G000508 Chr03 NC_080389.1:5482351-5482360promoter 内 2603-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5483749-5488480(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGG
SmilChr06G002905 Chr06 NC_080392.1:41856632-41856641promoter 内 2467-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41853306-41855107(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr07G002519 Chr07 NC_080393.1:23864638-23864647promoter 内 2452-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 23860879-23863098(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr06G000285 Chr06 NC_080392.1:1955956-1955965promoter 内 2428-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 1957529-1957610(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr02G000851 Chr02 NC_080388.1:14449844-14449853promoter 内 2425-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 14436538-14448277(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr04G001721 Chr04 NC_080390.1:28476087-28476096promoter 内 2420-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28477668-28482053(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr08G001511 Chr08 NC_080394.1:12252432-12252441promoter 内 2418-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 12249451-12250858(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGG
SmilChr06G001834 Chr06 NC_080392.1:21534330-21534339promoter 内 2390-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 21535941-21538858(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr06G000021 Chr06 NC_080392.1:259491-259500promoter 内 2383-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 261109-262558(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr03G004299 Chr03 NC_080389.1:61385304-61385313promoter 内 2351-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 61386954-61388667(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr08G000118 Chr08 NC_080394.1:731962-731971promoter 内 2290-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 733673-737831(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr02G001876 Chr02 NC_080388.1:34066338-34066347promoter 内 2267-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 34059139-34064613(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr08G001690 Chr08 NC_080394.1:14111680-14111689promoter 内 2267-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 14113414-14116855(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr01G002819 Chr01 NC_080387.1:46757682-46757691promoter 内 2265-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 46755197-46755955(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr05G000298 Chr05 NC_080391.1:2281667-2281676promoter 内 2232-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2279826-2279907(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr04G001367 Chr04 NC_080390.1:22192761-22192770promoter 内 2134-2143 bp + 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 22194628-22206378(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr05G002805 Chr05 NC_080391.1:32817365-32817374promoter 内 2106-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 32819260-32823293(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr02G003944 Chr02 NC_080388.1:61587491-61587500promoter 内 2065-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 61589427-61591159(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
SmilChr05G000334 Chr05 NC_080391.1:2497341-2497350promoter 内 1952-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2492795-2495301(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr07G002974 Chr07 NC_080393.1:30310748-30310757promoter 内 1952-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 30312797-30316855(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCAGATACGG
SmilChr08G004298 Chr08 NC_080394.1:52662931-52662940promoter 内 1941-1950 bp - 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 52664991-52668130(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr08G001202 Chr08 NC_080394.1:9728282-9728291promoter 内 1890-1899 bp + 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 9721619-9726180(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTC
SmilChr05G000300 Chr05 NC_080391.1:2281667-2281676promoter 内 1872-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2283796-2284997(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGT
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