转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 7 / 130 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000918 Chr03 NC_080389.1:10494550-10494561promoter 内 352-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 10486447-10490912(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCCCAC
SmilChr01G001578 Chr01 NC_080387.1:29810634-29810645promoter 内 315-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 29805559-29806959(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACT
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53370131-53370142promoter 内 290-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 53373842-53376928(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCACT
SmilChr02G004684 Chr02 NC_080388.1:69153454-69153465promoter 内 282-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 69146806-69149746(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCCCAC
SmilChr08G000558 Chr08 NC_080394.1:4053954-4053965promoter 内 275-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 4057680-4062131(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCCCAC
SmilChr07G000461 Chr07 NC_080393.1:3253693-3253704promoter 内 178-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3257516-3260803(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCCCAC
SmilChr07G003191 Chr07 NC_080393.1:34057220-34057231promoter 内 143-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 34052078-34053373(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCCCAC
SmilChr05G001356 Chr05 NC_080391.1:12070655-12070666promoter 内 105-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 12074551-12075985(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCCCAC
SmilChr02G004364 Chr02 NC_080388.1:65933183-65933194promoter 内 2602-2613 bp - 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 65934582-65938264(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCACC
SmilChr06G002659 Chr06 NC_080392.1:38436335-38436346promoter 内 2572-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 38432970-38434917(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCCGGGACCACC
SmilChr08G002795 Chr08 NC_080394.1:27662784-27662795promoter 内 2417-2428 bp - 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 27660067-27661211(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr01G002272 Chr01 NC_080387.1:39491227-39491238promoter 内 2365-2376 bp + 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 39488234-39489602(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCTC
SmilChr07G004350 Chr07 NC_080393.1:56034500-56034511promoter 内 2057-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 56026380-56032567(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCTC
SmilChr01G001867 Chr01 NC_080387.1:33670024-33670035promoter 内 1482-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 33672543-33675933(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCTC
SmilChr04G000807 Chr04 NC_080390.1:9977668-9977679promoter 内 1075-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 9971240-9974753(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr02G001153 Chr02 NC_080388.1:21005856-21005867promoter 内 703-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 20997549-21002569(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr01G003916 Chr01 NC_080387.1:57437913-57437924promoter 内 3931-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 57435045-57437854(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCACC
SmilChr07G001520 Chr07 NC_080393.1:12184472-12184483promoter 内 3904-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 12177103-12184386(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GAGGGGACCACC
SmilChr01G003900 Chr01 NC_080387.1:57289470-57289481promoter 内 3872-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 57286627-57289352(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCACC
SmilChr01G003358 Chr01 NC_080387.1:52320379-52320390promoter 内 3725-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 52320655-52323658(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GAGGGGACCACC
SmilChr04G002918 Chr04 NC_080390.1:45401715-45401726promoter 内 3616-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 45402100-45406022(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr01G003357 Chr01 NC_080387.1:52320379-52320390promoter 内 3434-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 52318677-52319823(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCTC
SmilChr02G000418 Chr02 NC_080388.1:5313626-5313637promoter 内 3432-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 5314195-5315689(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCCTC
SmilChr01G001138 Chr01 NC_080387.1:23176735-23176746promoter 内 3092-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 23177644-23181219(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr02G000417 Chr02 NC_080388.1:5313626-5313637promoter 内 3081-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 5304107-5312717(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GAGGGGACCACC
SmilChr01G003853 Chr01 NC_080387.1:56807215-56807226promoter 内 3029-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 56802521-56806254(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCACC
SmilChr04G000659 Chr04 NC_080390.1:7446870-7446881promoter 内 2600-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 7448271-7451141(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr08G001364 Chr08 NC_080394.1:10889232-10889243promoter 内 2154-2165 bp + 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 10885175-10887396(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCACC
SmilChr01G002257 Chr01 NC_080387.1:39332781-39332792promoter 内 2141-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 39327723-39330932(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr07G000918 Chr07 NC_080393.1:6556346-6556357promoter 内 2120-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 6558227-6561727(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCGGC
SmilChr03G002512 Chr03 NC_080389.1:39989117-39989128promoter 内 2018-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 39982391-39987145(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCACC
SmilChr07G000917 Chr07 NC_080393.1:6556346-6556357promoter 内 1778-1789 bp - 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 6552277-6554134(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCCGGGACCACC
SmilChr03G002129 Chr03 NC_080389.1:33152075-33152086promoter 内 1641-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 33143242-33149726(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCCGGGACCACC
SmilChr08G001365 Chr08 NC_080394.1:10889232-10889243promoter 内 1432-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 10891801-10894381(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCACC
SmilChr07G002221 Chr07 NC_080393.1:20453608-20453619promoter 内 1037-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 20449185-20450655(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCACA
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75712857-75712868promoter 内 778-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCCGGC
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SmilChr08G003587 Chr08 NC_080394.1:38649167-38649178promoter 内 3509-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 38649659-38650988(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGGGGACCACC
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