转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 7 / 149 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003428 Chr03 NC_080389.1:52629505-52629514promoter 内 3433-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 52626154-52628946(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13448509-13448518promoter 内 3097-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 13449413-13452449(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr05G002224 Chr05 NC_080391.1:23768234-23768243promoter 内 2061-2070 bp + 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 23770174-23770802(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr05G001688 Chr05 NC_080391.1:16022744-16022753promoter 内 2054-2063 bp - 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 16019380-16020806(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr03G003925 Chr03 NC_080389.1:58336040-58336049promoter 内 1977-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 58330695-58334025(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr01G004399 Chr01 NC_080387.1:62120463-62120472promoter 内 1001-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 62123463-62125691(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55075701-55075710promoter 内 322-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 3 55063768-55072031(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr05G000742 Chr05 NC_080391.1:5687732-5687741promoter 内 3688-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 5688045-5688782(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr03G003429 Chr03 NC_080389.1:52629505-52629514promoter 内 3684-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 52629822-52630371(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr01G006132 Chr01 NC_080387.1:76844398-76844407promoter 内 3670-3679 bp - 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 76837515-76844076(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr01G002104 Chr01 NC_080387.1:37073014-37073023promoter 内 3271-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 37073744-37074483(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr02G000653 Chr02 NC_080388.1:9880056-9880065promoter 内 3192-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 9875624-9879256(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr05G004347 Chr05 NC_080391.1:57097167-57097176promoter 内 3088-3097 bp + 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 57093444-57096263(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr01G002682 Chr01 NC_080387.1:45033540-45033549promoter 内 2999-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 45031437-45032547(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr03G001137 Chr03 NC_080389.1:13094708-13094717promoter 内 2952-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 13095757-13096290(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr04G002943 Chr04 NC_080390.1:45729526-45729535promoter 内 2891-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 45730636-45732886(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr03G000106 Chr03 NC_080389.1:1182467-1182476promoter 内 2840-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 1179413-1181315(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr01G004070 Chr01 NC_080387.1:59112896-59112905promoter 内 2681-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 59114216-59116540(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20399576-20399585promoter 内 2454-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 20401123-20430750(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr03G000987 Chr03 NC_080389.1:11179631-11179640promoter 内 2122-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 11181510-11189568(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr03G001270 Chr03 NC_080389.1:14773665-14773674promoter 内 2070-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 14770163-14771743(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr05G001963 Chr05 NC_080391.1:20190898-20190907promoter 内 1921-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 20192978-20194451(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr01G002371 Chr01 NC_080387.1:40904752-40904761promoter 内 1902-1911 bp + 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 40893647-40902662(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr03G000411 Chr03 NC_080389.1:4444241-4444250promoter 内 1837-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 4441547-4442086(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr02G002442 Chr02 NC_080388.1:42663303-42663312promoter 内 1467-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 42658474-42660778(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr01G005269 Chr01 NC_080387.1:70125075-70125084promoter 内 1290-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 70127786-70128712(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr03G000679 Chr03 NC_080389.1:7563937-7563946promoter 内 1232-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 7566706-7568274(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr01G004069 Chr01 NC_080387.1:59112896-59112905promoter 内 1209-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 59110042-59110113(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4444241-4444250promoter 内 1121-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 4440018-4441370(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr04G000593 Chr04 NC_080390.1:6613636-6613645promoter 内 982-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 6616655-6632838(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr04G000940 Chr04 NC_080390.1:12377698-12377707promoter 内 853-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 12380846-12382794(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr01G003708 Chr01 NC_080387.1:55431094-55431103promoter 内 687-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 55434408-55435001(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
SmilChr02G004352 Chr02 NC_080388.1:65785410-65785419promoter 内 647-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 65776748-65782065(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr06G000474 Chr06 NC_080392.1:3862133-3862142promoter 内 641-650 bp - 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 3854849-3858782(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr02G001151 Chr02 NC_080388.1:20966970-20966979promoter 内 466-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 20970505-20972712(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACCAC
SmilChr03G004742 Chr03 NC_080389.1:64552091-64552100promoter 内 84-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 64542658-64548183(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
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SmilChr03G002448 Chr03 NC_080389.1:38870546-38870555promoter 内 3789-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 38869239-38870343(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTG
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