靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00004943-RA_Salv |
SmilChr07G002937 |
MIKC_MADS | XP_057777490.1 |
MP00096 |
CCAAAAATGGAA |
9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 70 / 161 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr06G001192 |
Chr06 | NC_080392.1:12186081-12186092promoter 内 2957-2968 bp |
- | 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 12182339-12185048(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr05G000037 |
Chr05 | NC_080391.1:165433-165444promoter 内 2952-2963 bp |
- | 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 166482-170355(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr04G001143 |
Chr04 | NC_080390.1:16832794-16832805promoter 内 2877-2888 bp |
- | 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 16833918-16835681(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr02G004741 |
Chr02 | NC_080388.1:69628324-69628335promoter 内 2874-2885 bp |
+ | 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 69629451-69631396(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr01G004317 |
Chr01 | NC_080387.1:61352969-61352980promoter 内 2764-2775 bp |
- | 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 61350831-61351743(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr01G001010 |
Chr01 | NC_080387.1:21233890-21233901promoter 内 2754-2765 bp |
- | 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 21227796-21232654(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr06G002367 |
Chr06 | NC_080392.1:34477181-34477192promoter 内 2616-2627 bp |
- | 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 34478566-34480609(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr02G004904 |
Chr02 | NC_080388.1:71028333-71028344promoter 内 2609-2620 bp |
+ | 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 71029725-71030812(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr01G003628 |
Chr01 | NC_080387.1:54821971-54821982promoter 内 2605-2616 bp |
- | 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 54817452-54820586(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr01G002174 |
Chr01 | NC_080387.1:37819117-37819128promoter 内 2589-2600 bp |
+ | 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 37814595-37817716(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCATTTTTGT |
SmilChr04G001024 |
Chr04 | NC_080390.1:14362272-14362283promoter 内 2570-2581 bp |
+ | 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 14363703-14364842(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr04G001025 |
Chr04 | NC_080390.1:14371701-14371712promoter 内 2570-2581 bp |
+ | 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 14373132-14374220(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr04G002811 |
Chr04 | NC_080390.1:44112891-44112902promoter 内 2543-2554 bp |
+ | 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 44108660-44111444(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr07G000312 |
Chr07 | NC_080393.1:2090275-2090286promoter 内 2543-2554 bp |
+ | 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 2091733-2097108(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr05G003257 |
Chr05 | NC_080391.1:42085584-42085595promoter 内 2519-2530 bp |
+ | 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 42087066-42088114(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr05G003256 |
Chr05 | NC_080391.1:42074553-42074564promoter 内 2517-2528 bp |
+ | 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 42076037-42077085(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr04G001196 |
Chr04 | NC_080390.1:18312745-18312756promoter 内 2503-2514 bp |
+ | 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 18314243-18314755(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr05G004120 |
Chr05 | NC_080391.1:55106543-55106554promoter 内 2496-2507 bp |
- | 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 55108048-55113002(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr02G000942 |
Chr02 | NC_080388.1:16442842-16442853promoter 内 2494-2505 bp |
- | 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 16444349-16445508(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr03G001862 |
Chr03 | NC_080389.1:25710248-25710259promoter 内 2466-2477 bp |
+ | 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 25711783-25712259(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr01G000969 |
Chr01 | NC_080387.1:20530844-20530855promoter 内 2464-2475 bp |
- | 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 20528323-20529318(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr01G003645 |
Chr01 | NC_080387.1:54939497-54939508promoter 内 2450-2461 bp |
- | 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 54934911-54937957(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr01G003148 |
Chr01 | NC_080387.1:50290013-50290024promoter 内 2401-2412 bp |
- | 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 50291613-50292790(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr05G000009 |
Chr05 | NC_080391.1:40751-40762promoter 内 2260-2271 bp |
- | 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 42492-46716(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCATTTTTGT |
SmilChr04G000608 |
Chr04 | NC_080390.1:6893613-6893624promoter 内 2244-2255 bp |
- | 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 6881880-6891867(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr03G000467 |
Chr03 | NC_080389.1:4981407-4981418promoter 内 2239-2250 bp |
- | 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 4983169-4986572(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr04G002297 |
Chr04 | NC_080390.1:37229931-37229942promoter 内 2234-2245 bp |
- | 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 37224694-37228175(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr07G001301 |
Chr07 | NC_080393.1:9993169-9993180promoter 内 2210-2221 bp |
+ | 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 9979735-9991389(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCATTTTTGT |
SmilChr04G003356 |
Chr04 | NC_080390.1:50156534-50156545promoter 内 2151-2162 bp |
+ | 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 50158384-50167188(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr03G001672 |
Chr03 | NC_080389.1:21804376-21804387promoter 内 2105-2116 bp |
- | 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 21794417-21802491(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CTAAAAATGGTA |
SmilChr03G004137 |
Chr03 | NC_080389.1:60225295-60225306promoter 内 2101-2112 bp |
+ | 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 60220415-60223406(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr05G001367 |
Chr05 | NC_080391.1:12142829-12142840promoter 内 1984-1995 bp |
- | 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 12139826-12140823(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
ACAAAAATGGGA |
SmilChr02G000969 |
Chr02 | NC_080388.1:16923817-16923828promoter 内 1961-1972 bp |
- | 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 16918347-16921788(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr03G000643 |
Chr03 | NC_080389.1:7132910-7132921promoter 内 1946-1957 bp |
- | 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 7127426-7130866(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr06G000937 |
Chr06 | NC_080392.1:8977581-8977592promoter 内 1935-1946 bp |
- | 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 8972058-8975526(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr07G000584 |
Chr07 | NC_080393.1:3993199-3993210promoter 内 1933-1944 bp |
+ | 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 3983959-3991142(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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TCCCATTTTTGT |
SmilChr05G003464 |
Chr05 | NC_080391.1:46030701-46030712promoter 内 1899-1910 bp |
+ | 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 46032803-46035779(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr03G000466 |
Chr03 | NC_080389.1:5002256-5002267promoter 内 1897-1908 bp |
+ | 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 4977151-5000163(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TACCATTTTTAG |
SmilChr07G000369 |
Chr07 | NC_080393.1:2521679-2521690promoter 内 1818-1829 bp |
- | 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 2518673-2519507(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr04G000274 |
Chr04 | NC_080390.1:2526647-2526658promoter 内 1788-1799 bp |
- | 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 2528860-2529789(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCATTTTTGT |
SmilChr07G000314 |
Chr07 | NC_080393.1:2106222-2106233promoter 内 1760-1771 bp |
+ | 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 2101363-2103992(-) |
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TACCATTTTTAG |
SmilChr04G003411 |
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+ | 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 50723693-50728267(+) |
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SmilChr03G004417 |
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+ | 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 62334058-62335778(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr01G001664 |
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- | 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 30719296-30720545(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr02G002822 |
Chr02 | NC_080388.1:48334225-48334236promoter 内 1701-1712 bp |
+ | 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 48336525-48342033(+) |
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MP00096 |
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SmilChr03G000962 |
Chr03 | NC_080389.1:10862429-10862440promoter 内 1677-1688 bp |
- | 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 10858831-10860116(-) |
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SmilChr03G001216 |
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+ | 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 13973700-13976967(-) |
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SmilChr01G001077 |
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+ | 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 16812885-16820170(+) |
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SmilChr03G001661 |
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- | 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.4/ 100 | 1 | 21546583-21547536(-) |
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