转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 70 / 161 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001192 Chr06 NC_080392.1:12186081-12186092promoter 内 2957-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12182339-12185048(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr05G000037 Chr05 NC_080391.1:165433-165444promoter 内 2952-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 166482-170355(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr04G001143 Chr04 NC_080390.1:16832794-16832805promoter 内 2877-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16833918-16835681(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr02G004741 Chr02 NC_080388.1:69628324-69628335promoter 内 2874-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69629451-69631396(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr01G004317 Chr01 NC_080387.1:61352969-61352980promoter 内 2764-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61350831-61351743(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr01G001010 Chr01 NC_080387.1:21233890-21233901promoter 内 2754-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21227796-21232654(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr06G002367 Chr06 NC_080392.1:34477181-34477192promoter 内 2616-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34478566-34480609(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr02G004904 Chr02 NC_080388.1:71028333-71028344promoter 内 2609-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 71029725-71030812(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr01G003628 Chr01 NC_080387.1:54821971-54821982promoter 内 2605-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54817452-54820586(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr01G002174 Chr01 NC_080387.1:37819117-37819128promoter 内 2589-2600 bp + 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 37814595-37817716(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTTGT
SmilChr04G001024 Chr04 NC_080390.1:14362272-14362283promoter 内 2570-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14363703-14364842(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr04G001025 Chr04 NC_080390.1:14371701-14371712promoter 内 2570-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14373132-14374220(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr04G002811 Chr04 NC_080390.1:44112891-44112902promoter 内 2543-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44108660-44111444(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr07G000312 Chr07 NC_080393.1:2090275-2090286promoter 内 2543-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2091733-2097108(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr05G003257 Chr05 NC_080391.1:42085584-42085595promoter 内 2519-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42087066-42088114(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr05G003256 Chr05 NC_080391.1:42074553-42074564promoter 内 2517-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42076037-42077085(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr04G001196 Chr04 NC_080390.1:18312745-18312756promoter 内 2503-2514 bp + 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18314243-18314755(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr05G004120 Chr05 NC_080391.1:55106543-55106554promoter 内 2496-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55108048-55113002(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr02G000942 Chr02 NC_080388.1:16442842-16442853promoter 内 2494-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16444349-16445508(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr03G001862 Chr03 NC_080389.1:25710248-25710259promoter 内 2466-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25711783-25712259(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr01G000969 Chr01 NC_080387.1:20530844-20530855promoter 内 2464-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 20528323-20529318(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr01G003645 Chr01 NC_080387.1:54939497-54939508promoter 内 2450-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54934911-54937957(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr01G003148 Chr01 NC_080387.1:50290013-50290024promoter 内 2401-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50291613-50292790(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr05G000009 Chr05 NC_080391.1:40751-40762promoter 内 2260-2271 bp - 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42492-46716(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTTGT
SmilChr04G000608 Chr04 NC_080390.1:6893613-6893624promoter 内 2244-2255 bp - 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6881880-6891867(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr03G000467 Chr03 NC_080389.1:4981407-4981418promoter 内 2239-2250 bp - 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4983169-4986572(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr04G002297 Chr04 NC_080390.1:37229931-37229942promoter 内 2234-2245 bp - 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 37224694-37228175(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr07G001301 Chr07 NC_080393.1:9993169-9993180promoter 内 2210-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9979735-9991389(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTTGT
SmilChr04G003356 Chr04 NC_080390.1:50156534-50156545promoter 内 2151-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50158384-50167188(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr03G001672 Chr03 NC_080389.1:21804376-21804387promoter 内 2105-2116 bp - 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21794417-21802491(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr03G004137 Chr03 NC_080389.1:60225295-60225306promoter 内 2101-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60220415-60223406(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTTAG
SmilChr05G001367 Chr05 NC_080391.1:12142829-12142840promoter 内 1984-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12139826-12140823(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGGA
SmilChr02G000969 Chr02 NC_080388.1:16923817-16923828promoter 内 1961-1972 bp - 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16918347-16921788(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr03G000643 Chr03 NC_080389.1:7132910-7132921promoter 内 1946-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7127426-7130866(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr06G000937 Chr06 NC_080392.1:8977581-8977592promoter 内 1935-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 8972058-8975526(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGTA
SmilChr07G000584 Chr07 NC_080393.1:3993199-3993210promoter 内 1933-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3983959-3991142(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TCCCATTTTTGT
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