转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 71 / 121 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001620 Chr04 NC_080390.1:26968811-26968825promoter 内 321-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26960806-26965145(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCGGGATCTGAC
SmilChr01G005350 Chr01 NC_080387.1:70756810-70756824promoter 内 303-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70748580-70753126(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTCCTAGATCTGTA
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54296441-54296455promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54300152-54302260(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTATGGATCTGAA
SmilChr02G005190 Chr02 NC_080388.1:73185913-73185927promoter 内 283-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73189631-73193461(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGATCAT
SmilChr05G001555 Chr05 NC_080391.1:14270033-14270047promoter 内 208-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14273826-14279752(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAATGTA
SmilChr01G000350 Chr01 NC_080387.1:7296220-7296234promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7300031-7302750(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGCTAGATCTATG
SmilChr04G003569 Chr04 NC_080390.1:52075049-52075063promoter 内 180-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52059365-52071242(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTGGCAGATCTGAG
SmilChr04G001876 Chr04 NC_080390.1:30626017-30626031promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30618150-30622187(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGGCTGGATCTGAA
SmilChr04G003462 Chr04 NC_080390.1:51091378-51091392promoter 内 51-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51095328-51104879(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTGGGATCTGAA
SmilChr04G002024 Chr04 NC_080390.1:32823990-32824004promoter 内 43-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32817934-32820046(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGAGATCTATTTCT
SmilChr01G001021 Chr01 NC_080387.1:21381867-21381881promoter 内 14-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21385854-21388451(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGACATAGATCTGGA
SmilChr01G004840 Chr01 NC_080387.1:66533164-66533178promoter 内 2430-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 66534735-66537276(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTAAAATT
SmilChr01G003450 Chr01 NC_080387.1:53066770-53066784promoter 内 1220-1234 bp - 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 53056738-53064003(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCATTAGATCTAAT
SmilChr04G003231 Chr04 NC_080390.1:49136174-49136188promoter 内 982-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 49139193-49140204(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTTAGATCTAGT
SmilChr02G004120 Chr02 NC_080388.1:63478960-63478974promoter 内 3827-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 63479134-63483294(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATGACT
SmilChr05G001711 Chr05 NC_080391.1:16357401-16357415promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 16355215-16356949(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTATATAC
SmilChr01G002191 Chr01 NC_080387.1:38060884-38060898promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 38061466-38062409(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGACCAAATCTGAA
SmilChr01G004772 Chr01 NC_080387.1:65909868-65909882promoter 内 3022-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 65905160-65908903(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTATG
SmilChr01G005181 Chr01 NC_080387.1:69532276-69532290promoter 内 2806-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 69533471-69535820(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGTTAGATCTCAT
SmilChr01G002192 Chr01 NC_080387.1:38060884-38060898promoter 内 2180-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 38062705-38063397(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGACCAAATCTGAA
SmilChr03G001286 Chr03 NC_080389.1:15058958-15058972promoter 内 1580-1594 bp + 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 15061379-15065070(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTATAGATCTGGT
SmilChr04G000997 Chr04 NC_080390.1:13796125-13796139promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 13796371-13797774(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGAGCC
SmilChr02G004460 Chr02 NC_080388.1:67032122-67032136promoter 内 3739-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 67024212-67031874(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTAAAATT
SmilChr01G000857 Chr01 NC_080387.1:18476322-18476336promoter 内 3394-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 18476929-18480272(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCAGACC
SmilChr04G003913 Chr04 NC_080390.1:54854673-54854687promoter 内 2791-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 54855883-54859870(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAATGCT
SmilChr02G000933 Chr02 NC_080388.1:16256005-16256019promoter 内 2648-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 16257358-16258936(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGACGG
SmilChr01G000928 Chr01 NC_080387.1:19665164-19665178promoter 内 2610-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 19661589-19663787(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGTCGCG
SmilChr02G001993 Chr02 NC_080388.1:36015895-36015909promoter 内 2349-2363 bp + 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 36017547-36018920(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTATG
SmilChr02G003056 Chr02 NC_080388.1:51340884-51340898promoter 内 2053-2067 bp + 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 51335241-51338950(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTATAAAT
SmilChr04G001108 Chr04 NC_080390.1:15902262-15902276promoter 内 1848-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 15898378-15900123(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAAAGAC
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67113069-67113083promoter 内 1809-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 67115261-67119955(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTGAGATCTGGA
SmilChr01G002156 Chr01 NC_080387.1:37563090-37563104promoter 内 1762-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 37565329-37567601(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTAAAATT
SmilChr03G001662 Chr03 NC_080389.1:21554542-21554556promoter 内 1688-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 21549798-21552243(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGCTTAGATCTGGT
SmilChr04G000104 Chr04 NC_080390.1:923878-923892promoter 内 1527-1541 bp - 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 926352-928377(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATTACA
SmilChr01G004757 Chr01 NC_080387.1:65769622-65769636promoter 内 1352-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 65772271-65776936(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTAAAATT
SmilChr02G001385 Chr02 NC_080388.1:26359052-26359066promoter 内 1030-1044 bp + 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 26353016-26356095(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGTTTT
SmilChr01G003168 Chr01 NC_080387.1:50479911-50479925promoter 内 1005-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 50470002-50476929(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTAAAATT
SmilChr02G000991 Chr02 NC_080388.1:17434972-17434986promoter 内 835-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 17430722-17431820(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTATAGATCTGGT
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SmilChr01G002261 Chr01 NC_080387.1:39424873-39424887promoter 内 775-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 39417632-39421661(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTATAAAT
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SmilChr01G001934 Chr01 NC_080387.1:34530451-34530465promoter 内 562-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 34523682-34527026(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTATG
SmilChr01G002248 Chr01 NC_080387.1:39092599-39092613promoter 内 430-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 39096170-39098340(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGTTAGATCTAAT
SmilChr02G002133 Chr02 NC_080388.1:38390665-38390679promoter 内 259-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 38384804-38386937(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTGCAGATCTGCT
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SmilChr01G001500 Chr01 NC_080387.1:28855651-28855665promoter 内 3918-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28851143-28855582(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAGTTGT
SmilChr03G002528 Chr03 NC_080389.1:40315184-40315198promoter 内 3864-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40314598-40315061(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCTCTAGATCTAAC
SmilChr02G001921 Chr02 NC_080388.1:34614853-34614867promoter 内 3761-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34615093-34616120(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGAATAGATCTGCG
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