转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 72 / 130 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001821 Chr06 NC_080392.1:21354837-21354844promoter 内 2801-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21356037-21358885(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G005707 Chr01 NC_080387.1:73304070-73304077promoter 内 2800-2807 bp - 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 73305271-73306354(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G003224 Chr02 NC_080388.1:53487194-53487201promoter 内 2799-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 53480965-53485999(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr03G003722 Chr03 NC_080389.1:56240363-56240370promoter 内 2798-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56241566-56245128(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G001402 Chr07 NC_080393.1:10898214-10898221promoter 内 2796-2803 bp + 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10899419-10904866(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G004143 Chr02 NC_080388.1:63764806-63764813promoter 内 2795-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63761396-63763607(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G002741 Chr03 NC_080389.1:43554692-43554699promoter 内 2792-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 43551979-43553490(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr08G003077 Chr08 NC_080394.1:30981508-30981515promoter 内 2790-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 30975282-30980304(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G000740 Chr07 NC_080393.1:5154759-5154766promoter 内 2789-2796 bp - 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5150526-5153554(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G000146 Chr07 NC_080393.1:879712-879719promoter 内 2788-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 875844-878506(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G000610 Chr05 NC_080391.1:4594862-4594869promoter 内 2786-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4589464-4593654(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G001554 Chr05 NC_080391.1:14271386-14271393promoter 内 2784-2791 bp + 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14264408-14270176(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G002259 Chr07 NC_080393.1:20794459-20794466promoter 内 2784-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 20792285-20793249(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr06G000521 Chr06 NC_080392.1:4293953-4293960promoter 内 2783-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4295171-4298274(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G001410 Chr03 NC_080389.1:16740625-16740632promoter 内 2782-2789 bp + 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16741844-16760432(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002813 Chr03 NC_080389.1:44594000-44594007promoter 内 2782-2789 bp + 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44595219-44596953(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G003523 Chr03 NC_080389.1:53845035-53845042promoter 内 2782-2789 bp - 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 53840875-53843823(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G001342 Chr01 NC_080387.1:26680762-26680769promoter 内 2780-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 26681983-26688397(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G002842 Chr02 NC_080388.1:48542107-48542114promoter 内 2780-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 48539710-48540893(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43100978-43100985promoter 内 2779-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 43097783-43099763(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G002930 Chr07 NC_080393.1:29658865-29658872promoter 内 2778-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 29657578-29657649(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G003881 Chr01 NC_080387.1:57135175-57135182promoter 内 2777-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 57136399-57143925(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G005092 Chr01 NC_080387.1:68781355-68781362promoter 内 2777-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 68782579-68784843(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G000165 Chr07 NC_080393.1:1003662-1003669promoter 内 2775-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1004888-1005313(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G002852 Chr04 NC_080390.1:44635824-44635831promoter 内 2774-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44637051-44643486(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G001432 Chr05 NC_080391.1:13069258-13069265promoter 内 2774-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13064935-13068038(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G000033 Chr02 NC_080388.1:407922-407929promoter 内 2773-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 405610-406701(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G000893 Chr03 NC_080389.1:10226088-10226095promoter 内 2771-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10221382-10224865(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002940 Chr03 NC_080389.1:46125506-46125513promoter 内 2770-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46123485-46124282(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr04G000497 Chr04 NC_080390.1:5433096-5433103promoter 内 2770-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5422966-5431872(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr01G000055 Chr01 NC_080387.1:860210-860217promoter 内 2769-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 861442-864013(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr06G001199 Chr06 NC_080392.1:12264229-12264236promoter 内 2769-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 12265461-12267279(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G003363 Chr01 NC_080387.1:52378998-52379005promoter 内 2768-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52376428-52377772(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G001002 Chr04 NC_080390.1:13893939-13893946promoter 内 2768-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13895172-13896366(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G005930 Chr01 NC_080387.1:75083575-75083582promoter 内 2765-2772 bp - 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 75081009-75082346(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr06G000331 Chr06 NC_080392.1:2477332-2477339promoter 内 2765-2772 bp - 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2471310-2476103(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
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