转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 72 / 147 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000307 Chr03 NC_080389.1:3498354-3498367promoter 内 1793-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3493752-3496159(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGTAAAGTCAACTA
SmilChr01G001425 Chr01 NC_080387.1:27881333-27881346promoter 内 1692-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27875044-27879037(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCAAAAG
SmilChr03G002909 Chr03 NC_080389.1:45853721-45853734promoter 内 1668-1681 bp - 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45856054-45858775(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTAAAAGTCAACTT
SmilChr03G003342 Chr03 NC_080389.1:51751860-51751873promoter 内 1582-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51754279-51757289(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTTAA
SmilChr03G003257 Chr03 NC_080389.1:50463549-50463562promoter 内 1424-1437 bp - 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50466126-50470681(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTGTGGTCAACGG
SmilChr01G001627 Chr01 NC_080387.1:30332599-30332612promoter 内 1363-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30335237-30340440(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTCGGTCAACGA
SmilChr02G003362 Chr02 NC_080388.1:54754862-54754875promoter 内 1307-1320 bp + 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54744015-54752181(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TACAAAGTCAATGG
SmilChr01G002622 Chr01 NC_080387.1:44493175-44493188promoter 内 1270-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44489247-44490457(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAACAGTCAACCA
SmilChr01G000112 Chr01 NC_080387.1:1906320-1906333promoter 内 1254-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1909067-1909139(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCCTAAGTCAACAA
SmilChr02G005320 Chr02 NC_080388.1:74078650-74078663promoter 内 1184-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 74074171-74075846(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAGTAGTCAACCG
SmilChr02G005437 Chr02 NC_080388.1:74785823-74785836promoter 内 1063-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 74777892-74782898(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTGTGGC
SmilChr02G003607 Chr02 NC_080388.1:57316621-57316634promoter 内 1009-1022 bp + 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57311917-57313642(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATACAAGTCAACAA
SmilChr02G000390 Chr02 NC_080388.1:4820585-4820598promoter 内 969-982 bp - 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4823617-4830268(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTAAAAGTCAAAGT
SmilChr02G005086 Chr02 NC_080388.1:72482625-72482638promoter 内 957-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72478046-72479594(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAAC
SmilChr03G000791 Chr03 NC_080389.1:9016758-9016771promoter 内 891-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9008587-9013661(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAATTAGTCAACAC
SmilChr01G005078 Chr01 NC_080387.1:68661841-68661854promoter 内 720-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 68665122-68666594(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTAAAAGTCAACTT
SmilChr02G000207 Chr02 NC_080388.1:2730121-2730134promoter 内 576-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2733546-2736218(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAACAGTCAACAT
SmilChr03G004213 Chr03 NC_080389.1:60725979-60725992promoter 内 568-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60720102-60722559(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CACTCAGTCAACGT
SmilChr01G003676 Chr01 NC_080387.1:55177041-55177054promoter 内 565-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 55180477-55184096(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAAAAC
SmilChr01G005441 Chr01 NC_080387.1:71517982-71517995promoter 内 553-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 71521430-71523973(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTAGTT
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49167120-49167133promoter 内 549-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 49170572-49173761(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTCTCA
SmilChr01G001624 Chr01 NC_080387.1:30332599-30332612promoter 内 444-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30328983-30329055(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACCGACTT
SmilChr01G004926 Chr01 NC_080387.1:67339155-67339168promoter 内 413-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 67332558-67335580(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTAAT
SmilChr01G000151 Chr01 NC_080387.1:2580334-2580347promoter 内 358-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2583977-2585591(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAGAAGTCAACAA
SmilChr01G003425 Chr01 NC_080387.1:52927510-52927523promoter 内 353-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52917001-52923875(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTCTCT
SmilChr03G000495 Chr03 NC_080389.1:5312947-5312960promoter 内 337-350 bp - 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5308165-5309296(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTAATTA
SmilChr03G000497 Chr03 NC_080389.1:5312947-5312960promoter 内 319-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5316629-5320251(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAATTAGTCAACAC
SmilChr02G000889 Chr02 NC_080388.1:15323542-15323555promoter 内 292-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15327251-15329273(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTACTTT
SmilChr03G003202 Chr03 NC_080389.1:49579069-49579082promoter 内 230-243 bp - 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 49573389-49575311(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTGTTTC
SmilChr04G001465 Chr04 NC_080390.1:24055169-24055182promoter 内 159-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 24059011-24059730(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGAGAGTCAACAC
SmilChr01G000315 Chr01 NC_080387.1:6075476-6075489promoter 内 1-14 bp + 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6069699-6071489(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGAGAAGTCAACAA
SmilChr01G001949 Chr01 NC_080387.1:34720011-34720024promoter 内 3497-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 34720515-34720586(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTCAAGTCAACAC
SmilChr04G003184 Chr04 NC_080390.1:48549192-48549205promoter 内 3453-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 48548265-48548657(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTATTAT
SmilChr01G005375 Chr01 NC_080387.1:70980930-70980943promoter 内 3190-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 70973790-70980132(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGATTAGTCAACCA
SmilChr01G005106 Chr01 NC_080387.1:68851787-68851800promoter 内 2931-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 68852857-68853840(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAATAAGTCAAAGA
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