转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 74 / 128 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001316 Chr04 NC_080390.1:21081209-21081223promoter 内 2338-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 21082872-21088011(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGA
SmilChr03G003882 Chr03 NC_080389.1:57901126-57901140promoter 内 1794-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 57903333-57906932(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr07G000438 Chr07 NC_080393.1:3059183-3059197promoter 内 1660-1674 bp + 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 3061524-3065691(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGCCACCGCCT
SmilChr03G003880 Chr03 NC_080389.1:57901126-57901140promoter 内 1542-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 57894954-57898681(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGA
SmilChr07G000436 Chr07 NC_080393.1:3059183-3059197promoter 内 1207-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 3055954-3056403(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCCGTCG
SmilChr04G002126 Chr04 NC_080390.1:34259275-34259289promoter 内 478-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 34262798-34264532(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAAGGCCACCGCCA
SmilChr06G001781 Chr06 NC_080392.1:20841272-20841286promoter 内 22-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 20834696-20837307(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr01G000475 Chr01 NC_080387.1:9702181-9702195promoter 内 3745-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 9702437-9703472(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGA
SmilChr07G003784 Chr07 NC_080393.1:46429144-46429158promoter 内 3261-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 46427057-46428418(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCTG
SmilChr03G002233 Chr03 NC_080389.1:35239622-35239636promoter 内 3099-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 35236852-35238734(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGAGAG
SmilChr03G002234 Chr03 NC_080389.1:35240660-35240674promoter 内 2571-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 35242090-35242902(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCTCCACCGCCT
SmilChr01G000924 Chr01 NC_080387.1:19581358-19581372promoter 内 2345-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 19583014-19583887(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCTG
SmilChr07G003785 Chr07 NC_080393.1:46438013-46438027promoter 内 2002-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 46440012-46445600(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGCCACCGCTC
SmilChr08G002257 Chr08 NC_080394.1:20802493-20802507promoter 内 1914-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 20799770-20800420(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCAACACCGCCT
SmilChr02G002660 Chr02 NC_080388.1:46026083-46026097promoter 内 1874-1888 bp - 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 46021666-46023970(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGTCGCCACCGCCC
SmilChr06G001839 Chr06 NC_080392.1:21589816-21589830promoter 内 1513-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 21592304-21595721(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGAGGGG
SmilChr08G002256 Chr08 NC_080394.1:20802493-20802507promoter 内 1267-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 20798579-20799773(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCAACACCGCCT
SmilChr06G001014 Chr06 NC_080392.1:10021109-10021123promoter 内 1234-1248 bp - 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 10023876-10033683(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGAGAG
SmilChr01G004921 Chr01 NC_080387.1:67291479-67291493promoter 内 1184-1198 bp + 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 67294296-67303027(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTGCCGCCACCGCTG
SmilChr07G003311 Chr07 NC_080393.1:35143450-35143464promoter 内 1006-1020 bp + 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 35146445-35153528(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCCCCACCGCCG
SmilChr03G000209 Chr03 NC_080389.1:2400226-2400240promoter 内 748-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 2403479-2406045(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGA
SmilChr07G001627 Chr07 NC_080393.1:13635591-13635605promoter 内 349-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 13639243-13642052(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCTG
SmilChr07G000226 Chr07 NC_080393.1:1449935-1449949promoter 内 299-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 1453637-1454995(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G001306 Chr03 NC_080389.1:15322159-15322173promoter 内 286-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 15309028-15318458(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGA
SmilChr03G002209 Chr03 NC_080389.1:34819254-34819268promoter 内 217-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 34813516-34815484(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGTTGG
SmilChr01G001999 Chr01 NC_080387.1:35495176-35495190promoter 内 145-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 35499032-35502377(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGATCTGG
SmilChr04G001644 Chr04 NC_080390.1:27349203-27349217promoter 内 118-132 bp + 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 27353086-27353881(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGA
SmilChr07G001628 Chr07 NC_080393.1:13640002-13640016promoter 内 84-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 13643919-13650662(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCTG
SmilChr02G002614 Chr02 NC_080388.1:45316174-45316188promoter 内 3932-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 45310224-45316119(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGTGGAGGAGA
SmilChr07G003283 Chr07 NC_080393.1:34581515-34581529promoter 内 3896-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34576083-34581424(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCCGCTGG
SmilChr07G004473 Chr07 NC_080393.1:57282784-57282798promoter 内 3866-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57282919-57287557(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGAGAG
SmilChr03G001619 Chr03 NC_080389.1:20657136-20657150promoter 内 3726-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20655934-20656875(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCGGCACCGCCA
SmilChr04G000164 Chr04 NC_080390.1:1482739-1482753promoter 内 3633-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1483107-1484835(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCTCACCACCGCCG
SmilChr03G001690 Chr03 NC_080389.1:22416063-22416077promoter 内 3619-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22415028-22415695(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTAATGG
SmilChr06G001223 Chr06 NC_080392.1:12632918-12632932promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12626675-12632494(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr04G001391 Chr04 NC_080390.1:22607537-22607551promoter 内 3467-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22608071-22614622(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr07G001548 Chr07 NC_080393.1:12587143-12587157promoter 内 3355-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12576244-12586511(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGTCGCCACCGCCG
SmilChr08G004002 Chr08 NC_080394.1:48338841-48338855promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48332599-48338158(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGATG
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13877657-13877671promoter 内 3268-3282 bp - 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGATG
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75234192-75234206promoter 内 3189-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75235004-75238347(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCCCCACCGCCG
SmilChr03G001850 Chr03 NC_080389.1:25433598-25433612promoter 内 3158-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25427666-25432769(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGAGGC
SmilChr01G000314 Chr01 NC_080387.1:6064129-6064143promoter 内 3116-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6065014-6066013(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCTG
SmilChr02G001358 Chr02 NC_080388.1:25404342-25404356promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25400788-25403469(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGAGGC
SmilChr07G001091 Chr07 NC_080393.1:8026234-8026248promoter 内 3042-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8027193-8030686(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAGGT
SmilChr05G003035 Chr05 NC_080391.1:38046555-38046569promoter 内 3037-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38042036-38045605(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGACG
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23861348-23861362promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23859430-23860359(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr01G001225 Chr01 NC_080387.1:24538589-24538603promoter 内 2992-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24531958-24537594(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr02G001881 Chr02 NC_080388.1:34126468-34126482promoter 内 2964-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34127505-34128953(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGACG
SmilChr01G003435 Chr01 NC_080387.1:52974254-52974268promoter 内 2952-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52975303-52976891(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCAG
SmilChr03G000606 Chr03 NC_080389.1:6694725-6694739promoter 内 2923-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6692792-6693661(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGATG