转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 74 / 149 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001215 Chr01 NC_080387.1:24408116-24408123promoter 内 2873-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 24409244-24415649(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr03G000349 Chr03 NC_080389.1:3921911-3921918promoter 内 2873-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 3919408-3920790(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr04G004097 Chr04 NC_080390.1:55953492-55953499promoter 内 2872-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 55951584-55952370(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr04G001418 Chr04 NC_080390.1:23032050-23032057promoter 内 2871-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 23030023-23030927(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr01G000974 Chr01 NC_080387.1:20601981-20601988promoter 内 2862-2869 bp + 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 20596198-20600849(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr01G002016 Chr01 NC_080387.1:35734373-35734380promoter 内 2862-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 35732175-35733241(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr01G001173 Chr01 NC_080387.1:23787338-23787345promoter 内 2860-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 23788479-23792190(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr08G001898 Chr08 NC_080394.1:16493291-16493298promoter 内 2857-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 16486775-16492154(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr04G000789 Chr04 NC_080390.1:9716640-9716647promoter 内 2855-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 9708781-9715501(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr02G002050 Chr02 NC_080388.1:36917180-36917187promoter 内 2854-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 36918327-36927870(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18303904-18303911promoter 内 2854-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 18300691-18302764(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr04G002604 Chr04 NC_080390.1:41460550-41460557promoter 内 2851-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 41457788-41459407(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr08G001984 Chr08 NC_080394.1:17548821-17548828promoter 内 2850-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 17543352-17547677(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr01G002508 Chr01 NC_080387.1:42968907-42968914promoter 内 2849-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 42964801-42967762(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr04G002718 Chr04 NC_080390.1:42818800-42818807promoter 内 2847-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 42819954-42820708(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr03G003266 Chr03 NC_080389.1:50590785-50590792promoter 内 2846-2853 bp + 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50591940-50592010(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr02G002295 Chr02 NC_080388.1:40473299-40473306promoter 内 2844-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 40470118-40472149(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr06G001632 Chr06 NC_080392.1:18291988-18291995promoter 内 2842-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 18293147-18293485(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr01G003133 Chr01 NC_080387.1:50145421-50145428promoter 内 2840-2847 bp + 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50146582-50147477(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr03G004521 Chr03 NC_080389.1:63279208-63279215promoter 内 2835-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 63273797-63278049(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr01G005007 Chr01 NC_080387.1:68110470-68110477promoter 内 2823-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 68111648-68111721(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr03G002338 Chr03 NC_080389.1:36857067-36857074promoter 内 2822-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 36855823-36855895(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr04G000605 Chr04 NC_080390.1:6852322-6852329promoter 内 2822-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 6849602-6851150(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr01G003477 Chr01 NC_080387.1:53312369-53312376promoter 内 2819-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 53313551-53320360(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr03G003033 Chr03 NC_080389.1:47238089-47238096promoter 内 2817-2824 bp - 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 47239273-47243559(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr03G003543 Chr03 NC_080389.1:54073774-54073781promoter 内 2817-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54071383-54072597(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr04G003420 Chr04 NC_080390.1:50795090-50795097promoter 内 2816-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50796275-50800491(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr07G004204 Chr07 NC_080393.1:54146551-54146558promoter 内 2797-2804 bp + 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54147755-54148813(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr06G002261 Chr06 NC_080392.1:32069690-32069697promoter 内 2792-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 32070899-32073382(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr03G002759 Chr03 NC_080389.1:43876247-43876254promoter 内 2790-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 43872477-43875043(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr03G002747 Chr03 NC_080389.1:43664715-43664722promoter 内 2789-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 43660956-43663510(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr01G003679 Chr01 NC_080387.1:55205990-55205997promoter 内 2788-2795 bp + 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 55200909-55204784(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr03G002125 Chr03 NC_080389.1:33056914-33056921promoter 内 2785-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 33052116-33055705(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr03G002089 Chr03 NC_080389.1:32173788-32173795promoter 内 2784-2791 bp + 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 32175005-32176770(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAT
SmilChr04G003568 Chr04 NC_080390.1:52054495-52054502promoter 内 2781-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 52055715-52056212(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
SmilChr05G003921 Chr05 NC_080391.1:52971052-52971059promoter 内 2781-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 52968814-52969839(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 ATTACGTA
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