转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 75 / 140 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004752 Chr02 NC_080388.1:69717029-69717038promoter 内 771-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69720259-69726423(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGT
SmilChr01G004917 Chr01 NC_080387.1:67261918-67261927promoter 内 746-755 bp + 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 67256752-67258672(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51774380-51774389promoter 内 693-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51770533-51771081(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGT
SmilChr03G003268 Chr03 NC_080389.1:50614961-50614970promoter 内 689-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 50609797-50611658(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G005404 Chr01 NC_080387.1:71307584-71307593promoter 内 669-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71303109-71304261(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr04G000411 Chr04 NC_080390.1:4286532-4286541promoter 内 668-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4289865-4291808(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr01G000418 Chr01 NC_080387.1:8433268-8433277promoter 内 666-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8436603-8437870(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G002490 Chr01 NC_080387.1:42622820-42622829promoter 内 657-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42615577-42619485(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr01G001602 Chr01 NC_080387.1:30194216-30194225promoter 内 628-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 30188781-30190852(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G002415 Chr02 NC_080388.1:42122543-42122552promoter 内 626-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42118035-42119177(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G002775 Chr02 NC_080388.1:47811066-47811075promoter 内 559-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47814508-47817471(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74720722-74720731promoter 内 544-553 bp - 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74724179-74724652(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G000872 Chr01 NC_080387.1:18598620-18598629promoter 内 520-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 18594111-18595148(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr03G001675 Chr03 NC_080389.1:21979046-21979055promoter 内 473-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21982574-21983407(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G004249 Chr02 NC_080388.1:64664924-64664933promoter 内 455-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64668470-64669673(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G002921 Chr02 NC_080388.1:49582786-49582795promoter 内 448-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49586339-49591276(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G004287 Chr02 NC_080388.1:65184215-65184224promoter 内 435-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 65174032-65180658(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr03G000750 Chr03 NC_080389.1:8580803-8580812promoter 内 370-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8584434-8585764(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr03G000184 Chr03 NC_080389.1:1955778-1955787promoter 内 353-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1959426-1962875(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G004385 Chr02 NC_080388.1:66197399-66197408promoter 内 336-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 66190295-66193743(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr01G001321 Chr01 NC_080387.1:26228204-26228213promoter 内 332-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26231873-26232954(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75320919-75320928promoter 内 330-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGT
SmilChr01G004955 Chr01 NC_080387.1:67644375-67644384promoter 内 313-322 bp + 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 67638247-67640696(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr03G001327 Chr03 NC_080389.1:15533347-15533356promoter 内 264-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15527280-15529619(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G004564 Chr01 NC_080387.1:63723738-63723747promoter 内 211-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63717788-63719957(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G002573 Chr02 NC_080388.1:44738056-44738065promoter 内 176-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 44733032-44734240(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr02G002857 Chr02 NC_080388.1:48775922-48775931promoter 内 165-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48768678-48772095(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G005833 Chr01 NC_080387.1:74349472-74349481promoter 内 133-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74340341-74345613(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G001961 Chr01 NC_080387.1:34880703-34880712promoter 内 97-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 34884607-34891469(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64015425-64015434promoter 内 75-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr03G001346 Chr03 NC_080389.1:15712192-15712201promoter 内 2989-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 15709870-15711189(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTG
SmilChr01G004999 Chr01 NC_080387.1:68028530-68028539promoter 内 2829-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 68025025-68027367(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G001690 Chr01 NC_080387.1:31121062-31121071promoter 内 1933-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 31115878-31119003(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCGT
SmilChr02G004243 Chr02 NC_080388.1:64625036-64625045promoter 内 769-778 bp + 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 64620564-64621813(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr04G000630 Chr04 NC_080390.1:7152463-7152472promoter 内 3962-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 7152502-7153007(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G003656 Chr01 NC_080387.1:55005862-55005871promoter 内 3902-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 55005961-55010563(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
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SmilChr01G002538 Chr01 NC_080387.1:43441913-43441922promoter 内 3831-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 43439739-43441752(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr03G002457 Chr03 NC_080389.1:38915512-38915521promoter 内 3683-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 38915830-38915901(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G004051 Chr01 NC_080387.1:58964392-58964401promoter 内 3550-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 58956726-58963950(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr03G003502 Chr03 NC_080389.1:53646869-53646878promoter 内 3155-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 53645310-53646032(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTAG
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SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6583657-6583666promoter 内 3072-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 6579395-6582737(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
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SmilChr03G004200 Chr03 NC_080389.1:60633991-60634000promoter 内 2642-2651 bp + 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 60630235-60632641(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr03G004525 Chr03 NC_080389.1:63302630-63302639promoter 内 2620-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 63300237-63301258(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT