转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 76 / 149 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004561 Chr02 NC_080388.1:68122988-68122995promoter 内 3723-3730 bp + 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 68123266-68124433(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr04G002932 Chr04 NC_080390.1:45582713-45582720promoter 内 3721-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 45582993-45584207(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G002120 Chr01 NC_080387.1:37220433-37220440promoter 内 3717-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 37220717-37221475(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G000597 Chr02 NC_080388.1:8607942-8607949promoter 内 3714-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 8608229-8609444(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G005561 Chr01 NC_080387.1:72425309-72425316promoter 内 3707-3714 bp - 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 72425603-72428599(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69891817-69891824promoter 内 3683-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 69892135-69895808(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G000821 Chr01 NC_080387.1:17721633-17721640promoter 内 3668-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 17721966-17722389(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G003396 Chr03 NC_080389.1:52358120-52358127promoter 内 3663-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 52358458-52363774(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G000400 Chr02 NC_080388.1:4944563-4944570promoter 内 3652-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 4944912-4948191(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G004001 Chr01 NC_080387.1:58409882-58409889promoter 内 3609-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 58410274-58410891(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G004083 Chr02 NC_080388.1:63103589-63103596promoter 内 3596-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 63102560-63103191(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G000469 Chr03 NC_080389.1:5013743-5013750promoter 内 3580-3587 bp + 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 5007391-5013329(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72856227-72856234promoter 内 3570-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 72856658-72859105(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G003894 Chr04 NC_080390.1:54748163-54748170promoter 内 3570-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 54748594-54749679(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G002344 Chr04 NC_080390.1:37802415-37802422promoter 内 3566-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 37802850-37807900(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G001698 Chr02 NC_080388.1:31293348-31293355promoter 内 3559-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 31293790-31297449(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G002760 Chr01 NC_080387.1:46001286-46001293promoter 内 3540-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 46001747-46006775(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G001341 Chr03 NC_080389.1:15654496-15654503promoter 内 3523-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 15649684-15654025(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G003186 Chr02 NC_080388.1:53003396-53003403promoter 内 3518-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 53001275-53002920(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G005383 Chr02 NC_080388.1:74490063-74490070promoter 内 3503-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 74490561-74492833(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G001496 Chr01 NC_080387.1:28809471-28809478promoter 内 3498-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 28809974-28814378(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G003173 Chr03 NC_080389.1:49117258-49117265promoter 内 3490-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 49111047-49116754(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003568 Chr02 NC_080388.1:56857641-56857648promoter 内 3488-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 56856467-56857135(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003109 Chr02 NC_080388.1:52073199-52073206promoter 内 3481-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 52073719-52074792(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G002613 Chr01 NC_080387.1:44397048-44397055promoter 内 3477-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 44391884-44396531(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G000289 Chr03 NC_080389.1:3281968-3281975promoter 内 3449-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 3278701-3281423(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G003562 Chr01 NC_080387.1:54219296-54219303promoter 内 3448-3455 bp - 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 54219849-54224105(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G004088 Chr02 NC_080388.1:63164845-63164852promoter 内 3444-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 63161852-63164295(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G000573 Chr01 NC_080387.1:11908166-11908173promoter 内 3442-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 11905063-11907614(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G002390 Chr03 NC_080389.1:37841377-37841384promoter 内 3428-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 37841950-37849352(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr05G001408 Chr05 NC_080391.1:12695716-12695723promoter 内 3427-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 12696290-12698729(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G001697 Chr03 NC_080389.1:22519910-22519917promoter 内 3421-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 22520490-22521910(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003128 Chr02 NC_080388.1:52307366-52307373promoter 内 3417-3424 bp - 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 52305963-52306789(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G001421 Chr03 NC_080389.1:16831998-16832005promoter 内 3409-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 16832590-16834140(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G005496 Chr02 NC_080388.1:75121377-75121384promoter 内 3383-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 75121995-75125320(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G001518 Chr04 NC_080390.1:25060949-25060956promoter 内 3310-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 25053188-25060265(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
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