转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 79 / 164 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62118437-62118451promoter 内 3501-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62118937-62120651(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAAACTACCAACCC
SmilChr07G001484 Chr07 NC_080393.1:11682526-11682540promoter 内 3486-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11683041-11684845(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTATTTC
SmilChr08G001840 Chr08 NC_080394.1:15782575-15782589promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15783146-15783219(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCATTGA
SmilChr04G002439 Chr04 NC_080390.1:39079011-39079025promoter 内 3418-3432 bp + 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39076091-39078442(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr07G000407 Chr07 NC_080393.1:2813660-2813674promoter 内 3415-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2809795-2813088(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGTTGAA
SmilChr05G000104 Chr05 NC_080391.1:643027-643041promoter 内 3399-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 640304-642439(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTAGGGTAGGTTAG
SmilChr08G001841 Chr08 NC_080394.1:15782575-15782589promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15783262-15787276(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCATTGA
SmilChr01G001615 Chr01 NC_080387.1:30275380-30275394promoter 内 3271-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30276110-30278142(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57025283-57025297promoter 内 3238-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57011179-57024534(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAATGGTAGGTGGT
SmilChr02G002233 Chr02 NC_080388.1:39676125-39676139promoter 内 3189-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39672671-39675327(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCCTACC
SmilChr06G000392 Chr06 NC_080392.1:3128995-3129009promoter 内 3109-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3127253-3128117(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTTAAGTAGGTGGA
SmilChr07G000085 Chr07 NC_080393.1:446238-446252promoter 内 3106-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 440032-445357(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACTACACT
SmilChr07G003046 Chr07 NC_080393.1:31599900-31599914promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31596885-31598968(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCCTACC
SmilChr01G003409 Chr01 NC_080387.1:52752339-52752353promoter 内 2915-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52753425-52755236(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTACA
SmilChr02G000082 Chr02 NC_080388.1:1079658-1079672promoter 内 2719-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1080940-1082744(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr01G001010 Chr01 NC_080387.1:21233950-21233964promoter 内 2691-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21227796-21232654(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCAAGGTAGGTGGC
SmilChr07G002457 Chr07 NC_080393.1:23088044-23088058promoter 内 2505-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23089540-23091704(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTATTTG
SmilChr03G000472 Chr03 NC_080389.1:5028268-5028282promoter 内 2482-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5029787-5032748(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAAGAGTAGGTGGA
SmilChr01G002117 Chr01 NC_080387.1:37194801-37194815promoter 内 2449-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37189801-37193263(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCTATTT
SmilChr04G001260 Chr04 NC_080390.1:19868750-19868764promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 19866712-19867050(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTTCCGT
SmilChr03G002057 Chr03 NC_080389.1:31330844-31330858promoter 内 2149-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31332696-31333860(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGTTGGTAGTTGTG
SmilChr07G003063 Chr07 NC_080393.1:32036991-32037005promoter 内 2092-2106 bp - 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32038900-32041591(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACACCTACCACATG
SmilChr03G002944 Chr03 NC_080389.1:46175978-46175992promoter 内 2070-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46168929-46174061(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAGGGGTAGGTGAT
SmilChr07G000009 Chr07 NC_080393.1:41273-41287promoter 内 2062-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32209-39348(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCAACTACCAAGAT
SmilChr03G000506 Chr03 NC_080389.1:5451095-5451109promoter 内 2051-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5453045-5453746(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTGGTAGGTTAA
SmilChr01G004227 Chr01 NC_080387.1:60647562-60647576promoter 内 1991-2005 bp - 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 60643350-60645566(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTAGGGTAGGTTAG
SmilChr02G004512 Chr02 NC_080388.1:67643801-67643815promoter 内 1960-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 67645842-67654174(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTAAAGTAGGTGGA
SmilChr07G003007 Chr07 NC_080393.1:30932056-30932070promoter 内 1926-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30929890-30929995(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAACAA
SmilChr03G003930 Chr03 NC_080389.1:58369536-58369550promoter 内 1910-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58371627-58374485(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCTTGCA
SmilChr01G003268 Chr01 NC_080387.1:51360976-51360990promoter 内 1904-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51363073-51369146(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCTACTC
SmilChr03G001851 Chr03 NC_080389.1:25487982-25487996promoter 内 1851-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25490132-25490237(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAACAA
SmilChr05G003214 Chr05 NC_080391.1:41239196-41239210promoter 内 1838-1852 bp - 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41241359-41241464(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAACAA
SmilChr03G001852 Chr03 NC_080389.1:25510141-25510155promoter 内 1834-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25507883-25507988(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAACAA
SmilChr03G001816 Chr03 NC_080389.1:24834186-24834200promoter 内 1796-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24836391-24838682(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCAAATT
SmilChr03G004270 Chr03 NC_080389.1:61170414-61170428promoter 内 1710-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61166084-61168137(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCTTCTT
SmilChr07G001593 Chr07 NC_080393.1:13208452-13208466promoter 内 1707-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 13210746-13215949(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAAGTAGGTGAA
SmilChr01G001361 Chr01 NC_080387.1:26968007-26968021promoter 内 1667-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26960517-26965687(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCTCAA
SmilChr02G002148 Chr02 NC_080388.1:38627260-38627274promoter 内 1639-1653 bp + 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38623208-38624912(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCAGTTT
SmilChr03G000505 Chr03 NC_080389.1:5451095-5451109promoter 内 1549-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5447638-5448657(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCAATTT
SmilChr05G000653 Chr05 NC_080391.1:4925590-4925604promoter 内 1505-1519 bp + 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4928086-4928156(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGAAAGTAGGTGGC
SmilChr02G002651 Chr02 NC_080388.1:45946008-45946022promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45937413-45943490(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGTTGGTAGGTTGT
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SmilChr01G004716 Chr01 NC_080387.1:65377961-65377975promoter 内 1178-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65374814-65375152(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGTTGAA
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SmilChr06G001786 Chr06 NC_080392.1:20891891-20891905promoter 内 1060-1074 bp - 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20894832-20899787(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCTAGCT
SmilChr05G003922 Chr05 NC_080391.1:52975998-52976012promoter 内 1057-1071 bp + 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52978942-52981641(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGTTGGTAGTTGTG