靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00024366-RA_Salv |
SmilChr06G002048 |
bHLH | XP_057770293.1 |
MP00035 |
CCCACGTGC |
9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 80 / 133 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G003396 |
Chr02 | NC_080388.1:55084136-55084144promoter 内 2964-2972 bp |
- | 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 55085173-55089489(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr02G003673 |
Chr02 | NC_080388.1:58106270-58106278promoter 内 2868-2876 bp |
+ | 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 58104390-58105145(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G002079 |
Chr01 | NC_080387.1:36741242-36741250promoter 内 2772-2780 bp |
- | 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 36742471-36743140(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G002991 |
Chr01 | NC_080387.1:48834284-48834292promoter 内 2525-2533 bp |
- | 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 48828537-48832816(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr02G003436 |
Chr02 | NC_080388.1:55598203-55598211promoter 内 2405-2413 bp |
- | 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 55589245-55596615(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr04G001934 |
Chr04 | NC_080390.1:31438774-31438782promoter 内 2355-2363 bp |
+ | 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 31440420-31444948(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr03G004435 |
Chr03 | NC_080389.1:62477577-62477585promoter 内 2219-2227 bp |
- | 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 62479359-62479431(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr04G000803 |
Chr04 | NC_080390.1:9890804-9890812promoter 内 2127-2135 bp |
+ | 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 9892678-9895327(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr03G000680 |
Chr03 | NC_080389.1:7590030-7590038promoter 内 2118-2126 bp |
- | 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 7591913-7594348(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr04G000157 |
Chr04 | NC_080390.1:1369390-1369398promoter 内 1817-1825 bp |
+ | 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 1371574-1377630(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr02G005459 |
Chr02 | NC_080388.1:74901064-74901072promoter 内 1735-1743 bp |
- | 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 74903330-74910479(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G000627 |
Chr01 | NC_080387.1:14053319-14053327promoter 内 1523-1531 bp |
- | 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 14049918-14050849(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr03G001537 |
Chr03 | NC_080389.1:19282252-19282260promoter 内 1521-1529 bp |
+ | 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 19275888-19279780(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G001940 |
Chr01 | NC_080387.1:34608164-34608172promoter 内 1470-1478 bp |
+ | 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 34587467-34605641(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G004453 |
Chr01 | NC_080387.1:62654799-62654807promoter 内 1421-1429 bp |
- | 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 62657379-62661525(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr02G001495 |
Chr02 | NC_080388.1:27899030-27899038promoter 内 1336-1344 bp |
+ | 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 27892569-27896373(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr03G004727 |
Chr03 | NC_080389.1:64449897-64449905promoter 内 1334-1342 bp |
- | 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 64452564-64458642(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G000875 |
Chr01 | NC_080387.1:18622414-18622422promoter 内 1176-1184 bp |
+ | 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 18625239-18626543(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr03G003525 |
Chr03 | NC_080389.1:53855228-53855236promoter 内 1171-1179 bp |
- | 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 53850877-53852406(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr01G004605 |
Chr01 | NC_080387.1:64038704-64038712promoter 内 1152-1160 bp |
- | 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 64032425-64035863(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr03G002932 |
Chr03 | NC_080389.1:46067388-46067396promoter 内 1122-1130 bp |
+ | 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 46062193-46064517(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G002992 |
Chr01 | NC_080387.1:48834284-48834292promoter 内 915-923 bp |
- | 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 48837370-48838063(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G000651 |
Chr01 | NC_080387.1:14491698-14491706promoter 内 880-888 bp |
+ | 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 14494819-14495241(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr03G004455 |
Chr03 | NC_080389.1:62655025-62655033promoter 内 832-840 bp |
- | 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 62658194-62660437(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr03G004436 |
Chr03 | NC_080389.1:62477577-62477585promoter 内 772-780 bp |
- | 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 62480806-62484657(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G006164 |
Chr01 | NC_080387.1:77070308-77070316promoter 内 738-746 bp |
+ | 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 77064432-77067053(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr01G001859 |
Chr01 | NC_080387.1:33549827-33549835promoter 内 653-661 bp |
+ | 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 33553175-33557522(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr01G001901 |
Chr01 | NC_080387.1:34121681-34121689promoter 内 606-614 bp |
+ | 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 34125076-34129264(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr04G001655 |
Chr04 | NC_080390.1:27520190-27520198promoter 内 523-531 bp |
+ | 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 27523668-27532116(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
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- | 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 20261416-20264053(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCACGTGGA |
SmilChr03G004428 |
Chr03 | NC_080389.1:62427538-62427546promoter 内 236-244 bp |
- | 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 62420524-62423781(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
TCCACGTGA |
SmilChr02G004636 |
Chr02 | NC_080388.1:68817776-68817784promoter 内 217-225 bp |
- | 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 2 | 68821560-68828980(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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Chr02 | NC_080388.1:56163076-56163084promoter 内 3991-3999 bp |
- | 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 56163086-56165043(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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+ | 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 15609180-15610408(+) |
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- | 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 94.6/ 100 | 1 | 36708310-36709856(-) |
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SMil_00024366-RA_Salv |
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SMil_00024366-RA_Salv |
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SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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SMil_00024366-RA_Salv |
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