转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 80 / 133 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55084136-55084144promoter 内 2964-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 55085173-55089489(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr02G003673 Chr02 NC_080388.1:58106270-58106278promoter 内 2868-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 58104390-58105145(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G002079 Chr01 NC_080387.1:36741242-36741250promoter 内 2772-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 36742471-36743140(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G002991 Chr01 NC_080387.1:48834284-48834292promoter 内 2525-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 48828537-48832816(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr02G003436 Chr02 NC_080388.1:55598203-55598211promoter 内 2405-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 55589245-55596615(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr04G001934 Chr04 NC_080390.1:31438774-31438782promoter 内 2355-2363 bp + 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 31440420-31444948(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr03G004435 Chr03 NC_080389.1:62477577-62477585promoter 内 2219-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62479359-62479431(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr04G000803 Chr04 NC_080390.1:9890804-9890812promoter 内 2127-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 9892678-9895327(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr03G000680 Chr03 NC_080389.1:7590030-7590038promoter 内 2118-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 7591913-7594348(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr04G000157 Chr04 NC_080390.1:1369390-1369398promoter 内 1817-1825 bp + 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 1371574-1377630(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr02G005459 Chr02 NC_080388.1:74901064-74901072promoter 内 1735-1743 bp - 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 74903330-74910479(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G000627 Chr01 NC_080387.1:14053319-14053327promoter 内 1523-1531 bp - 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 14049918-14050849(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr03G001537 Chr03 NC_080389.1:19282252-19282260promoter 内 1521-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 19275888-19279780(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34608164-34608172promoter 内 1470-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34587467-34605641(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G004453 Chr01 NC_080387.1:62654799-62654807promoter 内 1421-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62657379-62661525(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr02G001495 Chr02 NC_080388.1:27899030-27899038promoter 内 1336-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 27892569-27896373(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr03G004727 Chr03 NC_080389.1:64449897-64449905promoter 内 1334-1342 bp - 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 64452564-64458642(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G000875 Chr01 NC_080387.1:18622414-18622422promoter 内 1176-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 18625239-18626543(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53855228-53855236promoter 内 1171-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 53850877-53852406(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr01G004605 Chr01 NC_080387.1:64038704-64038712promoter 内 1152-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 64032425-64035863(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr03G002932 Chr03 NC_080389.1:46067388-46067396promoter 内 1122-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 46062193-46064517(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G002992 Chr01 NC_080387.1:48834284-48834292promoter 内 915-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 48837370-48838063(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G000651 Chr01 NC_080387.1:14491698-14491706promoter 内 880-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 14494819-14495241(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr03G004455 Chr03 NC_080389.1:62655025-62655033promoter 内 832-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62658194-62660437(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr03G004436 Chr03 NC_080389.1:62477577-62477585promoter 内 772-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62480806-62484657(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77070308-77070316promoter 内 738-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 77064432-77067053(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr01G001859 Chr01 NC_080387.1:33549827-33549835promoter 内 653-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 33553175-33557522(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr01G001901 Chr01 NC_080387.1:34121681-34121689promoter 内 606-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34125076-34129264(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr04G001655 Chr04 NC_080390.1:27520190-27520198promoter 内 523-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 27523668-27532116(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr03G001596 Chr03 NC_080389.1:20257677-20257685promoter 内 262-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 20261416-20264053(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr03G004428 Chr03 NC_080389.1:62427538-62427546promoter 内 236-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62420524-62423781(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr02G004636 Chr02 NC_080388.1:68817776-68817784promoter 内 217-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 68821560-68828980(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr02G003492 Chr02 NC_080388.1:56163076-56163084promoter 内 3991-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56163086-56165043(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr03G003521 Chr03 NC_080389.1:53811166-53811174promoter 内 3957-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53811210-53814400(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
SmilChr02G005139 Chr02 NC_080388.1:72821614-72821622promoter 内 3935-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72817174-72821556(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCCACGTGA
SmilChr02G004812 Chr02 NC_080388.1:70281904-70281912promoter 内 3904-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 70282001-70284079(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TCACGTGGA
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