转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 81 / 129 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52997159-52997166promoter 内 2368-2375 bp - 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 52998792-53001288(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003474 Chr02 NC_080388.1:56050253-56050260promoter 内 2365-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 56047805-56048624(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001884 Chr02 NC_080388.1:34162301-34162308promoter 内 2362-2369 bp - 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 34163940-34164729(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003859 Chr01 NC_080387.1:56873721-56873728promoter 内 2355-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 56867968-56872082(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003464 Chr01 NC_080387.1:53216196-53216203promoter 内 2349-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 53217848-53222611(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000566 Chr03 NC_080389.1:6174957-6174964promoter 内 2345-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 6176613-6177715(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G003465 Chr01 NC_080387.1:53216196-53216203promoter 内 2344-2351 bp + 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 53217853-53218458(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G000587 Chr01 NC_080387.1:12738590-12738597promoter 内 2340-2347 bp + 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 12736830-12736936(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G005002 Chr02 NC_080388.1:71819455-71819462promoter 内 2327-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71821129-71821929(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000034 Chr03 NC_080389.1:426086-426093promoter 内 2326-2333 bp - 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 417468-424418(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G000684 Chr01 NC_080387.1:15305718-15305725promoter 内 2325-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 15300928-15304049(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004413 Chr02 NC_080388.1:66483984-66483991promoter 内 2317-2324 bp - 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 66485668-66486759(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002375 Chr01 NC_080387.1:40961690-40961697promoter 内 2316-2323 bp + 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 40963375-40970669(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G003244 Chr01 NC_080387.1:51172387-51172394promoter 内 2312-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 51174076-51176713(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr03G000622 Chr03 NC_080389.1:6863978-6863985promoter 内 2312-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 6861170-6862296(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G005203 Chr02 NC_080388.1:73285558-73285565promoter 内 2310-2317 bp + 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 73287249-73289952(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002866 Chr01 NC_080387.1:47270721-47270728promoter 内 2306-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 47272416-47277854(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G003333 Chr02 NC_080388.1:54577070-54577077promoter 内 2303-2310 bp + 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 54573091-54575379(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr03G000002 Chr03 NC_080389.1:40132-40139promoter 内 2301-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 41832-1226093(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000195 Chr02 NC_080388.1:2457880-2457887promoter 内 2300-2307 bp - 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 2454735-2456186(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001123 Chr02 NC_080388.1:20330772-20330779promoter 内 2296-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 20326082-20329074(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001766 Chr02 NC_080388.1:32406431-32406438promoter 内 2296-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 32404592-32404733(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G002157 Chr02 NC_080388.1:38796116-38796123promoter 内 2294-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 38797823-38799308(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G000305 Chr02 NC_080388.1:3846005-3846012promoter 内 2293-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 3847713-3851771(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G005050 Chr02 NC_080388.1:72225849-72225856promoter 内 2291-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 72227559-72227661(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G005359 Chr01 NC_080387.1:70812639-70812646promoter 内 2290-2297 bp + 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 70809376-70810935(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004102 Chr02 NC_080388.1:63341999-63342006promoter 内 2288-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 63337866-63340293(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001397 Chr02 NC_080388.1:26492995-26493002promoter 内 2282-2289 bp - 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 26494714-26497952(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G002199 Chr02 NC_080388.1:39224853-39224860promoter 内 2266-2273 bp - 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 39226588-39227571(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001873 Chr02 NC_080388.1:34014574-34014581promoter 内 2264-2271 bp + 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 34016311-34021212(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G003786 Chr01 NC_080387.1:56256590-56256597promoter 内 2263-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 56258328-56262030(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G002732 Chr02 NC_080388.1:47237759-47237766promoter 内 2263-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 47232592-47236028(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr03G000393 Chr03 NC_080389.1:4311566-4311573promoter 内 2257-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 4313310-4314855(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71776516-71776523promoter 内 2256-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71767723-71774778(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002673 Chr01 NC_080387.1:44953163-44953170promoter 内 2251-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 44950853-44951420(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G002164 Chr02 NC_080388.1:38859638-38859645promoter 内 2247-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 38861392-38862396(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
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