转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 85 / 137 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004253 Chr05 NC_080391.1:56323357-56323371promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56323413-56326490(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTTTCCACGTGGCG
SmilChr03G003861 Chr03 NC_080389.1:57696302-57696316promoter 内 3932-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57696371-57699719(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTAATCAAG
SmilChr04G000424 Chr04 NC_080390.1:4500352-4500366promoter 内 3919-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4496291-4500284(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCACTAAT
SmilChr03G003336 Chr03 NC_080389.1:51627214-51627228promoter 内 3909-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51624445-51627136(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAATAGT
SmilChr04G001219 Chr04 NC_080390.1:19034282-19034296promoter 内 3908-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19034375-19069557(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTATTCCACGTGGCG
SmilChr08G000782 Chr08 NC_080394.1:5761255-5761269promoter 内 3867-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5751986-5761135(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTAAAAC
SmilChr02G000138 Chr02 NC_080388.1:1865784-1865798promoter 内 3832-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1864280-1865629(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTGGAGACGTGGAG
SmilChr07G001694 Chr07 NC_080393.1:14351606-14351620promoter 内 3737-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14351870-14352947(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCCAACGTGGCA
SmilChr07G003429 Chr07 NC_080393.1:37597519-37597533promoter 内 3612-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37597908-37600998(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTTGGCACA
SmilChr05G001881 Chr05 NC_080391.1:19078650-19078664promoter 内 3480-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19079171-19080733(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTTGGCAAT
SmilChr05G003040 Chr05 NC_080391.1:38152876-38152890promoter 内 3457-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38142178-38152346(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCATCTAC
SmilChr02G005470 Chr02 NC_080388.1:74971527-74971541promoter 内 3410-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74972118-74974885(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAAGATAG
SmilChr02G000022 Chr02 NC_080388.1:184880-184894promoter 内 3401-3415 bp - 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 183631-184294(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTCTCTC
SmilChr01G002905 Chr01 NC_080387.1:47753437-47753451promoter 内 3397-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47750657-47752847(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAGGTACACGTGGCA
SmilChr07G002579 Chr07 NC_080393.1:24691081-24691095promoter 内 3365-3379 bp - 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24691717-24692485(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGCCAACGTGGCA
SmilChr05G002360 Chr05 NC_080391.1:25641201-25641215promoter 内 3356-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25639558-25640570(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACTAG
SmilChr04G002197 Chr04 NC_080390.1:35543141-35543155promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35543812-35545724(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGACAT
SmilChr01G002460 Chr01 NC_080387.1:42240581-42240595promoter 内 3263-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42241319-42251054(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCATCCTC
SmilChr05G000948 Chr05 NC_080391.1:7656751-7656765promoter 内 3255-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7657497-7658241(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCCAACGTGGCA
SmilChr04G000091 Chr04 NC_080390.1:819567-819581promoter 内 3248-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 816821-818828(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCCAACGTGGCA
SmilChr06G000825 Chr06 NC_080392.1:7754602-7754616promoter 内 3246-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7755357-7758177(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATTCTGACGTGTAA
SmilChr08G001306 Chr08 NC_080394.1:10421133-10421147promoter 内 3239-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10419978-10420385(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCATCCTC
SmilChr01G000143 Chr01 NC_080387.1:2427055-2427069promoter 内 3234-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2425303-2426302(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGAGAGACGTGGCG
SmilChr02G004673 Chr02 NC_080388.1:69096537-69096551promoter 内 3204-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69091695-69095754(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAATTTT
SmilChr07G003683 Chr07 NC_080393.1:44342540-44342554promoter 内 3200-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44343341-44344703(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCCAACGTGGCA
SmilChr01G005972 Chr01 NC_080387.1:75399632-75399646promoter 内 3171-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75397096-75398816(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCATATTA
SmilChr04G001828 Chr04 NC_080390.1:29810822-29810836promoter 内 3155-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29811668-29813842(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAGTCTACGTGGCA
SmilChr08G004737 Chr08 NC_080394.1:56782087-56782101promoter 内 3141-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56770043-56781241(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTACACGTCACCTCA
SmilChr07G004489 Chr07 NC_080393.1:57434857-57434871promoter 内 3108-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57435750-57438623(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCGGCAGACGTGGAA
SmilChr04G002901 Chr04 NC_080390.1:45275024-45275038promoter 内 3107-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45275918-45278874(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAATATGACGTGGCT
SmilChr07G000400 Chr07 NC_080393.1:2761844-2761858promoter 内 3091-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2762754-2766447(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTGATACGTGGCA
SmilChr02G002041 Chr02 NC_080388.1:36741210-36741224promoter 内 3021-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36739942-36740244(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGTACACGTGGCG
SmilChr05G004300 Chr05 NC_080391.1:56708486-56708500promoter 内 2994-3008 bp + 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56709493-56713395(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAATTTT
SmilChr04G000099 Chr04 NC_080390.1:899179-899193promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 900314-904543(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTACGGC
SmilChr03G004675 Chr03 NC_080389.1:64190266-64190280promoter 内 2843-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64191424-64206349(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGTTGACGTGTCG
SmilChr06G001038 Chr06 NC_080392.1:10279157-10279171promoter 内 2835-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10276462-10278005(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTGCCAACGTGGCA
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