转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 85 / 128 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000133 Chr01 NC_080387.1:2227226-2227240promoter 内 721-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2221406-2223960(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGCACCACCGCCA
SmilChr01G005532 Chr01 NC_080387.1:72165546-72165560promoter 内 702-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 72168845-72171381(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCTCCA
SmilChr07G003885 Chr07 NC_080393.1:48508707-48508721promoter 内 644-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48504509-48505364(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGGCC
SmilChr05G002024 Chr05 NC_080391.1:21003799-21003813promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 21007187-21010120(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGGCC
SmilChr01G001951 Chr01 NC_080387.1:34723933-34723947promoter 内 586-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 34727348-34728983(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGACGAGC
SmilChr04G004007 Chr04 NC_080390.1:55404694-55404708promoter 内 556-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55408139-55409734(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCAGCCGG
SmilChr04G002039 Chr04 NC_080390.1:33111325-33111339promoter 内 521-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33105602-33107859(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCATCCACCGCCA
SmilChr03G004505 Chr03 NC_080389.1:63159636-63159650promoter 内 516-530 bp - 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63153581-63156165(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCCTCCACCGACT
SmilChr05G001755 Chr05 NC_080391.1:17123530-17123544promoter 内 464-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 17127067-17129295(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCCGTCGG
SmilChr02G002081 Chr02 NC_080388.1:37386156-37386170promoter 内 223-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37389934-37392438(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGATGAAG
SmilChr06G001103 Chr06 NC_080392.1:11149518-11149532promoter 内 102-116 bp + 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11144304-11145633(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGTGAGG
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52730848-52730862promoter 内 58-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52734791-52736443(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCAGCAG
SmilChr02G005440 Chr02 NC_080388.1:74800821-74800835promoter 内 52-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74789115-74796886(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGACGG
SmilChr06G001119 Chr06 NC_080392.1:11269613-11269627promoter 内 33-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11264330-11265659(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGTGAGG
SmilChr03G004280 Chr03 NC_080389.1:61232858-61232872promoter 内 3639-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 6 61233220-61236207(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAAA
SmilChr03G004281 Chr03 NC_080389.1:61232858-61232872promoter 内 868-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 6 61235991-61239443(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAAA
SmilChr03G004279 Chr03 NC_080389.1:61232858-61232872promoter 内 306-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 6 61227793-61229177(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTTCCACCACCGCCG
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64420993-64421007promoter 内 613-627 bp + 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 4 64424381-64430938(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCTGCCACCGCCA
SmilChr05G000354 Chr05 NC_080391.1:2646301-2646315promoter 内 944-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 2640336-2643258(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAATCGCCACCGCCG
SmilChr04G002609 Chr04 NC_080390.1:41497307-41497321promoter 内 3162-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 41495415-41496482(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTCGTGG
SmilChr03G000215 Chr03 NC_080389.1:2505202-2505216promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 2506189-2515083(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCTTCCACCGCCT
SmilChr03G000342 Chr03 NC_080389.1:3881318-3881332promoter 内 3014-3028 bp - 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 3872530-3880345(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCTTCCACCGCCT
SmilChr02G003802 Chr02 NC_080388.1:59654038-59654052promoter 内 2794-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 59655245-59658777(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGACCACCGCTG
SmilChr07G004324 Chr07 NC_080393.1:55797355-55797369promoter 内 2750-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 55795193-55796118(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACAACCACCGCCG
SmilChr02G002287 Chr02 NC_080388.1:40407101-40407115promoter 内 2616-2630 bp - 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 40408486-40415281(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGCTGC
SmilChr06G003140 Chr06 NC_080392.1:44385249-44385263promoter 内 2522-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 44381890-44383784(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGGAGCCACCGCCG
SmilChr04G002610 Chr04 NC_080390.1:41497307-41497321promoter 内 2443-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 41498865-41499871(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGACCACCGCCC
SmilChr07G001532 Chr07 NC_080393.1:12401196-12401210promoter 内 2267-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 12402930-12406110(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGTTCG
SmilChr05G001259 Chr05 NC_080391.1:10732327-10732341promoter 内 1818-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 10727582-10730158(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCGGTGGTGGTGG
SmilChr07G001084 Chr07 NC_080393.1:7942658-7942672promoter 内 1808-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 7933970-7940479(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGTTGCCACCGCCA
SmilChr02G005022 Chr02 NC_080388.1:71982104-71982118promoter 内 1778-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 71978069-71979895(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGTTGG
SmilChr01G001906 Chr01 NC_080387.1:34152848-34152862promoter 内 1515-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 34149806-34150376(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGCCGGAGG
SmilChr01G003221 Chr01 NC_080387.1:50979580-50979594promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 50976100-50977062(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCTTCCACCGCCT
SmilChr05G003353 Chr05 NC_080391.1:44253471-44253485promoter 内 1431-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 44246554-44250915(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGTTG
SmilChr08G003023 Chr08 NC_080394.1:30366092-30366106promoter 内 988-1002 bp + 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 30362317-30363093(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCGA
SmilChr08G003022 Chr08 NC_080394.1:30360551-30360565promoter 内 507-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 30355447-30357071(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCGA
SmilChr01G005546 Chr01 NC_080387.1:72269204-72269218promoter 内 3840-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72265015-72269057(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTTCCACCACCGCCG
SmilChr02G002678 Chr02 NC_080388.1:46349407-46349421promoter 内 3819-3833 bp - 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46349589-46352170(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGTAGC
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SmilChr08G001437 Chr08 NC_080394.1:11522586-11522600promoter 内 3633-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11520739-11522232(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCGC
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SmilChr08G001436 Chr08 NC_080394.1:11517139-11517153promoter 内 3555-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11515258-11516707(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCGC
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SmilChr03G001416 Chr03 NC_080389.1:16809767-16809781promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16805945-16808878(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGAGGG
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SmilChr07G003858 Chr07 NC_080393.1:47941009-47941023promoter 内 3050-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47932332-47940072(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCGGCACCGCCC