转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 85 / 135 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000121 Chr03 NC_080389.1:1306981-1306995promoter 内 2336-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1308646-1313469(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTTTCCTTATCATA
SmilChr02G005063 Chr02 NC_080388.1:72322332-72322346promoter 内 2153-2167 bp - 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72318466-72320498(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAGCATTATCCTA
SmilChr02G001177 Chr02 NC_080388.1:21636133-21636147promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21638013-21644647(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAATACTTATCCAC
SmilChr02G001943 Chr02 NC_080388.1:35057990-35058004promoter 内 2075-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35059916-35063956(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCGAGCTTATCCTA
SmilChr01G004434 Chr01 NC_080387.1:62431371-62431385promoter 内 1887-1901 bp + 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62433485-62434688(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCATGCTTATCCAT
SmilChr01G000519 Chr01 NC_080387.1:10620836-10620850promoter 内 1884-1898 bp + 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10622953-10623037(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTCCCCTTATCTTC
SmilChr01G006186 Chr01 NC_080387.1:77408324-77408338promoter 内 1873-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 77401606-77406210(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGAGGCTG
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37232362-37232376promoter 内 1839-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37227166-37230214(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGGAGAAA
SmilChr03G000267 Chr03 NC_080389.1:3082273-3082287promoter 内 1839-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3079532-3080125(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGAAACT
SmilChr02G000485 Chr02 NC_080388.1:6619059-6619073promoter 内 1750-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6613893-6616822(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACAATTAT
SmilChr03G001487 Chr03 NC_080389.1:17942992-17943006promoter 内 1555-1569 bp - 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17945438-17947540(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAATAC
SmilChr01G002263 Chr01 NC_080387.1:39432355-39432369promoter 内 1298-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39435058-39436642(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTATCCATATCCTC
SmilChr01G003627 Chr01 NC_080387.1:54805219-54805233promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54807969-54815816(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGAAATG
SmilChr02G005508 Chr02 NC_080388.1:75197099-75197113promoter 内 1233-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75199867-75203331(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACAAGCTTATCCGT
SmilChr01G000848 Chr01 NC_080387.1:18325232-18325246promoter 内 1228-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18321602-18322473(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGACAATA
SmilChr02G003849 Chr02 NC_080388.1:60238384-60238398promoter 内 1221-1235 bp + 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60233021-60235618(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGTATATT
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10620836-10620850promoter 内 1148-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTCCCCTTATCTTC
SmilChr01G004518 Chr01 NC_080387.1:63303737-63303751promoter 内 1090-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63306648-63309440(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATAATTTC
SmilChr03G002203 Chr03 NC_080389.1:34691403-34691417promoter 内 892-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34685805-34688308(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGATCCTTATCATT
SmilChr01G002998 Chr01 NC_080387.1:48932568-48932582promoter 内 829-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48927161-48929410(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACGCTTTG
SmilChr01G001902 Chr01 NC_080387.1:34126050-34126064promoter 内 765-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34129286-34130890(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTTTCTTATCCTG
SmilChr02G004047 Chr02 NC_080388.1:62800091-62800105promoter 内 512-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62793216-62796616(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAATTCCTTATCTCA
SmilChr01G003942 Chr01 NC_080387.1:57759351-57759365promoter 内 494-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57754694-57755858(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACATTCTT
SmilChr02G004075 Chr02 NC_080388.1:63045169-63045183promoter 内 420-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63048750-63053190(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCCTTATCCCA
SmilChr02G003637 Chr02 NC_080388.1:57731315-57731329promoter 内 418-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57734898-57741109(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGTAAGT
SmilChr01G001860 Chr01 NC_080387.1:33554198-33554212promoter 内 295-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33557904-33559029(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTTTCTTATCCTG
SmilChr02G000585 Chr02 NC_080388.1:8418052-8418066promoter 内 276-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8421777-8425584(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGGGTG
SmilChr02G000717 Chr02 NC_080388.1:11535089-11535103promoter 内 207-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11527730-11531309(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGAAGCT
SmilChr01G001493 Chr01 NC_080387.1:28733026-28733040promoter 内 206-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28736821-28737817(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGAGTCTTATCCTT
SmilChr01G005388 Chr01 NC_080387.1:71171399-71171413promoter 内 192-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71175208-71178122(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGTCTTA
SmilChr01G003319 Chr01 NC_080387.1:51913811-51913825promoter 内 178-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51907762-51910002(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATCTTATCCGA
SmilChr03G000811 Chr03 NC_080389.1:9290670-9290684promoter 内 40-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9294631-9297653(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAAACTTATCCTT
SmilChr01G001301 Chr01 NC_080387.1:25920752-25920766promoter 内 33-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25924720-25928691(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCCTTATCTTT
SmilChr02G001925 Chr02 NC_080388.1:34664854-34664868promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 9 34667716-34670849(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTATTATCCTT
SmilChr02G005157 Chr02 NC_080388.1:72929427-72929441promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 5 72924622-72929389(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTATTATCCTT
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SmilChr02G000885 Chr02 NC_080388.1:15258233-15258247promoter 内 3256-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 15256490-15257502(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGCACCAT
SmilChr02G001273 Chr02 NC_080388.1:23299386-23299400promoter 内 3224-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 23295339-23298623(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTATTTCTTATCCGT