转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 86 / 129 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003770 Chr01 NC_080387.1:56070221-56070228promoter 内 3505-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56067922-56069732(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G002508 Chr02 NC_080388.1:43559421-43559428promoter 内 3503-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43559919-43564748(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G000243 Chr01 NC_080387.1:4515177-4515184promoter 内 3497-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4511199-4514680(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000691 Chr02 NC_080388.1:11011950-11011957promoter 内 3497-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 11010617-11011453(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G001071 Chr02 NC_080388.1:19077610-19077617promoter 内 3496-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 19076594-19077112(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr03G000006 Chr03 NC_080389.1:88040-88047promoter 内 3496-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 85191-87542(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003216 Chr01 NC_080387.1:50947103-50947110promoter 内 3495-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50942992-50946604(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G002096 Chr01 NC_080387.1:36984397-36984404promoter 内 3493-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36984905-36986030(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000079 Chr02 NC_080388.1:1036602-1036609promoter 内 3486-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 1032482-1036094(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G004848 Chr02 NC_080388.1:70613584-70613591promoter 内 3485-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 70614100-70617083(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005818 Chr01 NC_080387.1:74181643-74181650promoter 内 3480-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74169886-74181129(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G002988 Chr02 NC_080388.1:50547496-50547503promoter 内 3480-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50544261-50546982(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G001031 Chr01 NC_080387.1:21475259-21475266promoter 内 3478-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 21469046-21474743(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G001374 Chr02 NC_080388.1:25984812-25984819promoter 内 3476-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 25985337-25988773(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G001387 Chr01 NC_080387.1:27277698-27277705promoter 内 3475-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 27272328-27277179(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G001648 Chr01 NC_080387.1:30540656-30540663promoter 内 3469-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30538737-30540131(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005063 Chr01 NC_080387.1:68535560-68535567promoter 内 3465-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68531427-68535031(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G002583 Chr01 NC_080387.1:43964720-43964727promoter 内 3464-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43965257-43966611(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G004003 Chr01 NC_080387.1:58430095-58430102promoter 内 3463-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58430633-58431337(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G004698 Chr02 NC_080388.1:69303615-69303622promoter 内 3463-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 69299539-69303084(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G002505 Chr02 NC_080388.1:43538655-43538662promoter 内 3461-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43539195-43543984(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G003104 Chr01 NC_080387.1:49851998-49852005promoter 内 3460-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49852539-49854024(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G004684 Chr02 NC_080388.1:69150284-69150291promoter 内 3456-3463 bp - 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 69146806-69149746(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G002339 Chr01 NC_080387.1:40566944-40566951promoter 内 3452-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40562384-40566402(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G003425 Chr01 NC_080387.1:52924417-52924424promoter 内 3452-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 52917001-52923875(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G003068 Chr02 NC_080388.1:51547018-51547025promoter 内 3451-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 51547568-51548423(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G004653 Chr02 NC_080388.1:68962149-68962156promoter 内 3451-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68959571-68961606(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003494 Chr01 NC_080387.1:53547307-53547314promoter 内 3450-3457 bp - 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53541977-53546763(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G002447 Chr01 NC_080387.1:42063893-42063900promoter 内 3449-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42058999-42063348(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62558617-62558624promoter 内 3448-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 62559170-62565033(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005217 Chr02 NC_080388.1:73380426-73380433promoter 内 3441-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73380986-73384217(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G002355 Chr01 NC_080387.1:40738262-40738269promoter 内 3435-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40738828-40740898(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G003142 Chr02 NC_080388.1:52436491-52436498promoter 内 3435-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 52437057-52437611(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003618 Chr01 NC_080387.1:54714181-54714188promoter 内 3434-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54714748-54718095(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000238 Chr02 NC_080388.1:3051009-3051016promoter 内 3433-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3049411-3050448(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G005098 Chr01 NC_080387.1:68805616-68805623promoter 内 3432-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68802452-68805054(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G004094 Chr02 NC_080388.1:63258675-63258682promoter 内 3422-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 63253781-63258103(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G004369 Chr02 NC_080388.1:66012800-66012807promoter 内 3416-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66010727-66012222(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
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SmilChr02G001739 Chr02 NC_080388.1:31956688-31956695promoter 内 3369-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31954366-31956063(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT