转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 87 / 128 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000928 Chr03 NC_080389.1:10608963-10608977promoter 内 593-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10612371-10613598(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCACCACCGCGA
SmilChr02G003119 Chr02 NC_080388.1:52215599-52215613promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52210869-52212002(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCGTCCACCGCCA
SmilChr04G002128 Chr04 NC_080390.1:34261734-34261748promoter 内 389-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 34265346-34266165(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTTGCTG
SmilChr08G001135 Chr08 NC_080394.1:8916790-8916804promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8920467-8922436(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGAAG
SmilChr06G003272 Chr06 NC_080392.1:45322299-45322313promoter 内 321-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45317026-45318633(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGACCACCGCCC
SmilChr07G004393 Chr07 NC_080393.1:56535287-56535301promoter 内 276-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56529144-56531576(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTTGCTG
SmilChr08G002649 Chr08 NC_080394.1:25991996-25992010promoter 内 231-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 25983696-25988240(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGAAG
SmilChr03G002882 Chr03 NC_080389.1:45497139-45497153promoter 内 91-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45501049-45503141(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGAAAG
SmilChr02G003663 Chr02 NC_080388.1:58019328-58019342promoter 内 2522-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 5 58020807-58022294(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTGTACCACCGCCG
SmilChr01G004799 Chr01 NC_080387.1:66198744-66198758promoter 内 1695-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 4 66201050-66205319(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGCGGGG
SmilChr05G001878 Chr05 NC_080391.1:19040692-19040706promoter 内 3170-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 19037772-19039875(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGCGGC
SmilChr01G004070 Chr01 NC_080387.1:59113289-59113303promoter 内 3074-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 59114216-59116540(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGTAC
SmilChr01G004069 Chr01 NC_080387.1:59113289-59113303promoter 内 811-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 59110042-59110113(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTACCGCCACCGCCC
SmilChr01G000689 Chr01 NC_080387.1:15420309-15420323promoter 内 3854-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 15420456-15425703(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGACGG
SmilChr01G005132 Chr01 NC_080387.1:69113406-69113420promoter 内 3516-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 69112292-69112935(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTCACCGCCA
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53372894-53372908promoter 内 3053-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 53373842-53376928(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCCCCACCGCCT
SmilChr08G001302 Chr08 NC_080394.1:10372580-10372594promoter 内 2921-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10368713-10371514(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGACGT
SmilChr07G000024 Chr07 NC_080393.1:109136-109150promoter 内 2730-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 110407-113752(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGACGT
SmilChr05G003609 Chr05 NC_080391.1:48168227-48168241promoter 内 1607-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 48160703-48165847(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGACCACCGCCG
SmilChr04G003909 Chr04 NC_080390.1:54830280-54830294promoter 内 1396-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 54832885-54835347(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCTCCGCCGTCT
SmilChr07G002826 Chr07 NC_080393.1:28327523-28327537promoter 内 826-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 28319851-28324362(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGACGT
SmilChr07G003088 Chr07 NC_080393.1:32608918-32608932promoter 内 678-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32604017-32605609(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCTCCACCGCTC
SmilChr08G000800 Chr08 NC_080394.1:5868981-5868995promoter 内 656-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 5872326-5872779(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGATTTGG
SmilChr06G003142 Chr06 NC_080392.1:44457772-44457786promoter 内 3843-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44457930-44490931(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAAACTCCACCGCCT
SmilChr06G003108 Chr06 NC_080392.1:43924955-43924969promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43925183-43927272(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TATCCACCACCGCCA
SmilChr06G002094 Chr06 NC_080392.1:27864668-27864682promoter 内 3651-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27862462-27864332(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCGTCACCGCCA
SmilChr04G003210 Chr04 NC_080390.1:48945904-48945918promoter 内 3591-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48946314-48950345(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTGTAG
SmilChr05G002537 Chr05 NC_080391.1:28318650-28318664promoter 内 3536-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28319115-28319843(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCTGCCACCGCCA
SmilChr04G003006 Chr04 NC_080390.1:46443724-46443738promoter 内 3513-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46439302-46443250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTGTAG
SmilChr05G002278 Chr05 NC_080391.1:24495104-24495118promoter 内 3445-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24493579-24494562(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGATTA
SmilChr02G003664 Chr02 NC_080388.1:58037131-58037145promoter 内 3419-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58037713-58038463(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGCCGG
SmilChr08G001089 Chr08 NC_080394.1:8412458-8412472promoter 内 3375-3389 bp - 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8409555-8411846(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACACCACCGCCC
SmilChr07G001213 Chr07 NC_080393.1:9272115-9272129promoter 内 3373-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9267792-9271501(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGGAGAGG
SmilChr02G004715 Chr02 NC_080388.1:69415624-69415638promoter 内 3340-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69409231-69414977(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGACTC
SmilChr02G002681 Chr02 NC_080388.1:46459735-46459749promoter 内 3325-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46460411-46461282(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGATTA
SmilChr02G004786 Chr02 NC_080388.1:70021223-70021237promoter 内 3207-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70022017-70025989(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGTCGGCTG
SmilChr03G004284 Chr03 NC_080389.1:61259136-61259150promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61255628-61258322(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGCCG
SmilChr05G002513 Chr05 NC_080391.1:27886482-27886496promoter 内 3108-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27881707-27885603(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCATCCACCGCCT
SmilChr01G000354 Chr01 NC_080387.1:7340119-7340133promoter 内 3013-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7338112-7339145(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATTCCTCCACCGCCA
SmilChr08G000648 Chr08 NC_080394.1:4822098-4822112promoter 内 2999-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4823100-4825560(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGCGA
SmilChr02G003560 Chr02 NC_080388.1:56773079-56773093promoter 内 2991-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56768452-56772083(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCTTC
SmilChr07G002698 Chr07 NC_080393.1:26325217-26325231promoter 内 2976-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26318946-26324206(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCGGCTA
SmilChr04G001605 Chr04 NC_080390.1:26750187-26750201promoter 内 2939-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26751249-26752559(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTCGTGC
SmilChr04G001918 Chr04 NC_080390.1:31284520-31284534promoter 内 2838-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31275684-31283371(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTACCGCCACCGCCC
SmilChr06G001778 Chr06 NC_080392.1:20815816-20815830promoter 内 2625-2639 bp + 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 20817192-20823550(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTATCGCCACCGCCG
SmilChr07G000321 Chr07 NC_080393.1:2164702-2164716promoter 内 2594-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2166109-2167200(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAAACTCCACCGCCT
SmilChr02G005053 Chr02 NC_080388.1:72238012-72238026promoter 内 2526-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72239487-72242550(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTTGGGG
SmilChr01G002163 Chr01 NC_080387.1:37671262-37671276promoter 内 2503-2517 bp + 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37672760-37675854(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCAACCACCGCCC
SmilChr01G005257 Chr01 NC_080387.1:70071586-70071600promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70073166-70073965(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCACCACCGCCT
SmilChr08G000737 Chr08 NC_080394.1:5466582-5466596promoter 内 2317-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5458776-5464912(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCGCACCACCGCCT