转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 87 / 121 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005511 Chr02 NC_080388.1:75231465-75231479promoter 内 462-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75235004-75238347(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTCAAATC
SmilChr05G000290 Chr05 NC_080391.1:2229772-2229786promoter 内 454-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2223581-2226239(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGTTGGGATCTGAA
SmilChr02G002044 Chr02 NC_080388.1:36820290-36820304promoter 内 380-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 36823911-36829703(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTAGATCTAATTCG
SmilChr05G001307 Chr05 NC_080391.1:11292177-11292191promoter 内 357-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11286770-11288547(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCTAGTT
SmilChr03G000151 Chr03 NC_080389.1:1631778-1631792promoter 内 231-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1635548-1637076(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAATTAT
SmilChr01G001687 Chr01 NC_080387.1:31100343-31100357promoter 内 225-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31095581-31096581(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCCAACAC
SmilChr03G004435 Chr03 NC_080389.1:62475570-62475584promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62479359-62479431(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATTCTAGATCTTAG
SmilChr03G000685 Chr03 NC_080389.1:7649293-7649307promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7643049-7645500(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCTTTGGATCTGAC
SmilChr03G001042 Chr03 NC_080389.1:12131363-12131377promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12135170-12136301(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGCAAA
SmilChr04G003489 Chr04 NC_080390.1:51349149-51349163promoter 内 159-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51341850-51345321(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATTTAAATCTGAA
SmilChr01G000894 Chr01 NC_080387.1:18985200-18985214promoter 内 119-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18980595-18981332(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATATAGATCTAAA
SmilChr05G001067 Chr05 NC_080391.1:8802952-8802966promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8806842-8819661(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTATGGCT
SmilChr04G000496 Chr04 NC_080390.1:5421823-5421837promoter 内 109-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 5408334-5417945(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATATAGATCTATT
SmilChr01G001515 Chr01 NC_080387.1:28994407-28994421promoter 内 104-118 bp + 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28998304-29000650(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAATTAGATCTCAA
SmilChr03G001764 Chr03 NC_080389.1:24072441-24072455promoter 内 81-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24065719-24068535(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTAGATCTAAAGCT
SmilChr01G005821 Chr01 NC_080387.1:74214796-74214810promoter 内 29-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74207215-74210838(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGAGAGATCTGAA
SmilChr03G003490 Chr03 NC_080389.1:53473892-53473906promoter 内 12-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53467266-53469917(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATCTAAATCTGAA
SmilChr01G005379 Chr01 NC_080387.1:71016938-71016952promoter 内 2840-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 71013483-71015791(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGGGCA
SmilChr01G003112 Chr01 NC_080387.1:49924975-49924989promoter 内 2178-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 49926798-49930025(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAGTAGATCTAAA
SmilChr03G000544 Chr03 NC_080389.1:5903967-5903981promoter 内 1532-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 5906436-5914549(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCTGCAGATCTGCT
SmilChr04G003966 Chr04 NC_080390.1:55145972-55145986promoter 内 3897-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 55143242-55145882(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCTAGATCTAAT
SmilChr03G001757 Chr03 NC_080389.1:23926627-23926641promoter 内 3887-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 23926741-23926846(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCCGCG
SmilChr02G003123 Chr02 NC_080388.1:52232238-52232252promoter 内 3787-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 52232452-52238966(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGTAGATCTGAG
SmilChr02G005055 Chr02 NC_080388.1:72267656-72267670promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 72259312-72267187(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTATTTAGATCTAGA
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72856079-72856093promoter 内 3422-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 72856658-72859105(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCTGCAGATCTGCT
SmilChr02G002226 Chr02 NC_080388.1:39611922-39611936promoter 内 3369-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 39594712-39611304(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGCAATT
SmilChr01G003074 Chr01 NC_080387.1:49579032-49579046promoter 内 3193-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 49579840-49584264(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTATTTCA
SmilChr05G001099 Chr05 NC_080391.1:9151644-9151658promoter 内 2860-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 9152785-9157046(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGACTAGATCTTAT
SmilChr02G005056 Chr02 NC_080388.1:72267656-72267670promoter 内 2789-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 72268868-72276167(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTAGATCTAAATAA
SmilChr02G000959 Chr02 NC_080388.1:16698400-16698414promoter 内 2720-2734 bp + 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 16699681-16700841(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr01G005643 Chr01 NC_080387.1:72856079-72856093promoter 内 2546-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 72852191-72854638(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGCAGCG
SmilChr02G001128 Chr02 NC_080388.1:20409597-20409611promoter 内 2413-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 20411185-20412039(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr05G001140 Chr05 NC_080391.1:9533323-9533337promoter 内 2353-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 9529481-9531689(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGACTAGATCTCTG
SmilChr01G004811 Chr01 NC_080387.1:66309930-66309944promoter 内 2145-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 66311786-66315489(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGCACTG
SmilChr01G004411 Chr01 NC_080387.1:62212473-62212487promoter 内 1986-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 62214488-62219697(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGAGATCTACAGCT
SmilChr05G000597 Chr05 NC_080391.1:4501203-4501217promoter 内 1924-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 4497631-4499140(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGCAGCG
SmilChr03G004723 Chr03 NC_080389.1:64432900-64432914promoter 内 1347-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 64435554-64443378(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATAAGA
SmilChr01G003100 Chr01 NC_080387.1:49811922-49811936promoter 内 1346-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 49805545-49809281(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTGGGGATCTGAA
SmilChr02G002090 Chr02 NC_080388.1:37495920-37495934promoter 内 1287-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 37487786-37493220(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACATAGATCTAAA
SmilChr01G004891 Chr01 NC_080387.1:66981594-66981608promoter 内 1188-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 66977992-66978795(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCTGCAGATCTGCT
SmilChr03G004721 Chr03 NC_080389.1:64432900-64432914promoter 内 1008-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 64429098-64429921(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTATGGATCTGAA
SmilChr04G003967 Chr04 NC_080390.1:55145972-55145986promoter 内 130-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 55149843-55152553(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGAAAA
SmilChr02G002356 Chr02 NC_080388.1:41344994-41345008promoter 内 3970-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41344284-41344977(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCTAATT
SmilChr02G002167 Chr02 NC_080388.1:38872088-38872102promoter 内 3913-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38871318-38872014(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCACTCC
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SmilChr02G000982 Chr02 NC_080388.1:17271646-17271660promoter 内 3845-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 17271802-17274084(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr02G003063 Chr02 NC_080388.1:51469544-51469558promoter 内 3804-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51462837-51469361(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGTAGATCTGAG
SmilChr03G002029 Chr03 NC_080389.1:30425829-30425843promoter 内 3778-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 30424361-30425620(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGTTTAGATCTGTT
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SmilChr04G002513 Chr04 NC_080390.1:40126922-40126936promoter 内 3735-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40127188-40128867(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGGAGC