转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 88 / 139 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000518 Chr02 NC_080388.1:7151105-7151118promoter 内 1157-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7145294-7148274(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGCCACCGTCGCT
SmilChr03G002705 Chr03 NC_080389.1:42997091-42997104promoter 内 1090-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43000002-43017483(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr04G001643 Chr04 NC_080390.1:27349048-27349061promoter 内 1035-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27352014-27353088(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCACC
SmilChr01G005161 Chr01 NC_080387.1:69388181-69388194promoter 内 1027-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69381428-69385220(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGTCACCGTCCTC
SmilChr05G000235 Chr05 NC_080391.1:1812697-1812710promoter 内 991-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1815707-1818476(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGCACCGTCAAC
SmilChr01G000860 Chr01 NC_080387.1:18505518-18505531promoter 内 887-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18508632-18509078(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGTCATT
SmilChr05G001928 Chr05 NC_080391.1:19586851-19586864promoter 内 883-896 bp - 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19589969-19590709(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACCACCGTCGTC
SmilChr06G002659 Chr06 NC_080392.1:38438095-38438108promoter 内 810-823 bp + 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38432970-38434917(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr02G000488 Chr02 NC_080388.1:6687161-6687174promoter 内 757-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6680556-6683930(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGGCGGTGGAAG
SmilChr01G003701 Chr01 NC_080387.1:55405368-55405381promoter 内 731-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55396510-55402111(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTCCACCGTCAAC
SmilChr03G000413 Chr03 NC_080389.1:4458296-4458309promoter 内 712-725 bp - 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4454107-4455020(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGGCGGTGGAGG
SmilChr06G001777 Chr06 NC_080392.1:20807526-20807539promoter 内 712-725 bp - 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20797095-20804250(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGGCGGTGGAGG
SmilChr02G000483 Chr02 NC_080388.1:6597149-6597162promoter 内 662-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 6600488-6602111(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCACC
SmilChr06G001498 Chr06 NC_080392.1:16037596-16037609promoter 内 508-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16031727-16034116(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGCAACCGTCCAC
SmilChr06G002693 Chr06 NC_080392.1:38866625-38866638promoter 内 402-415 bp - 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38861078-38863039(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GACGACGGTGGTGG
SmilChr06G002627 Chr06 NC_080392.1:37841620-37841633promoter 内 255-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 37845366-37850023(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGTAG
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15463592-15463605promoter 内 149-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15458438-15459753(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGGCGGTGGAGG
SmilChr05G002627 Chr05 NC_080391.1:29615921-29615934promoter 内 127-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29609427-29612060(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGACGGTGGCGA
SmilChr01G004498 Chr01 NC_080387.1:63087027-63087040promoter 内 111-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63079386-63083150(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGCGACGGTGGCGG
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70645695-70645708promoter 内 60-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70649636-70654261(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGCACCGTCCGC
SmilChr01G003088 Chr01 NC_080387.1:49700408-49700421promoter 内 56-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49704353-49705442(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TAGCCACCGTCAAT
SmilChr03G000671 Chr03 NC_080389.1:7523017-7523030promoter 内 38-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7517664-7519067(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr01G005666 Chr01 NC_080387.1:72961566-72961579promoter 内 35-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72965532-72967767(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCCTCACCGTCCTA
SmilChr03G000543 Chr03 NC_080389.1:5888408-5888421promoter 内 8-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5892401-5893673(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCGACGGTGGAGG
SmilChr01G005580 Chr01 NC_080387.1:72519069-72519082promoter 内 2820-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 72520250-72520370(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTGACGGTGACGG
SmilChr06G002807 Chr06 NC_080392.1:40783466-40783479promoter 内 2377-2390 bp + 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 40780705-40781855(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGGCATA
SmilChr03G002626 Chr03 NC_080389.1:41672346-41672359promoter 内 1133-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 41675214-41679124(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACCCCACCGTCAAA
SmilChr03G004645 Chr03 NC_080389.1:64019428-64019441promoter 内 3098-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 64017454-64018538(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTGACGGTGACGG
SmilChr05G003578 Chr05 NC_080391.1:47778678-47778691promoter 内 3053-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 47779626-47781895(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCAACCGTCCTC
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17295631-17295644promoter 内 2862-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 17293506-17294505(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGGACGGCGCGAG
SmilChr01G001399 Chr01 NC_080387.1:27492500-27492513promoter 内 2784-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 27490289-27491296(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGCCA
SmilChr04G000687 Chr04 NC_080390.1:8010292-8010305promoter 内 1882-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 8012411-8016481(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTATCACCGTCCAT
SmilChr07G000509 Chr07 NC_080393.1:3579355-3579368promoter 内 1762-1775 bp - 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3581594-3584044(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGTCAGC
SmilChr04G000686 Chr04 NC_080390.1:8010292-8010305promoter 内 3962-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8010331-8011755(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTATCACCGTCCAT
SmilChr05G003153 Chr05 NC_080391.1:40275427-40275440promoter 内 3903-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40272717-40275342(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGCACCGTCCTC
SmilChr01G004931 Chr01 NC_080387.1:67366381-67366394promoter 内 3730-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 67366652-67368209(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAACCTCCGTCCAT
SmilChr05G000613 Chr05 NC_080391.1:4610012-4610025promoter 内 3721-3734 bp - 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4610292-4612813(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTCCACCGACCTT
SmilChr03G002970 Chr03 NC_080389.1:46498212-46498225promoter 内 3692-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46498521-46502501(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGTCGGTGGAGG
SmilChr06G003142 Chr06 NC_080392.1:44457385-44457398promoter 内 3456-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44457930-44490931(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CACCCTCCGTCCAT
SmilChr04G002437 Chr04 NC_080390.1:39040865-39040878promoter 内 3271-3284 bp + 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39035854-39040148(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTACACCGTCCTC
SmilChr02G002007 Chr02 NC_080388.1:36207140-36207153promoter 内 3160-3173 bp + 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 36207981-36211427(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGTCGGTGGAGG
SmilChr02G002804 Chr02 NC_080388.1:48113017-48113030promoter 内 3038-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48113980-48115436(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGTCACCGTCAGC
SmilChr04G002364 Chr04 NC_080390.1:38125026-38125039promoter 内 2834-2847 bp - 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 38126193-38127457(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGCCCGC
SmilChr03G000794 Chr03 NC_080389.1:9035945-9035958promoter 内 2553-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9037393-9044194(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCAACCGTCCTC
SmilChr03G004107 Chr03 NC_080389.1:59966896-59966909promoter 内 2379-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 59968518-59972315(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGGGCGGTGGAAG
SmilChr04G001378 Chr04 NC_080390.1:22370478-22370491promoter 内 2273-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22372206-22374247(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGCCCGC
SmilChr04G001377 Chr04 NC_080390.1:22370478-22370491promoter 内 2160-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22367109-22368650(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGGGCGGTGGAAG
SmilChr05G001121 Chr05 NC_080391.1:9344939-9344952promoter 内 2043-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9346897-9355384(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGTCATC
SmilChr04G000872 Chr04 NC_080390.1:11027027-11027040promoter 内 1974-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11029054-11030131(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTCGACGGTGGCGC
SmilChr01G001200 Chr01 NC_080387.1:24171723-24171736promoter 内 1869-1882 bp - 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 24160292-24169604(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGACGGTGGGGT