转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 88 / 167 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002229 Chr03 NC_080389.1:35189766-35189777promoter 内 1913-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 35186619-35187689(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCTAGC
SmilChr07G003947 Chr07 NC_080393.1:49904147-49904158promoter 内 1476-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 49906672-49913349(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTAGCGTGTTC
SmilChr08G001207 Chr08 NC_080394.1:9749123-9749134promoter 内 1277-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 9745361-9746410(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAAGC
SmilChr03G004507 Chr03 NC_080389.1:63173358-63173369promoter 内 3462-3473 bp - 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 63167632-63172830(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGC
SmilChr05G000815 Chr05 NC_080391.1:6372255-6372266promoter 内 3256-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 6373000-6373649(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGACGTGTTA
SmilChr07G000609 Chr07 NC_080393.1:4140234-4140245promoter 内 3203-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 4141032-4145894(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTCCACGCCAGA
SmilChr08G002780 Chr08 NC_080394.1:27501785-27501796promoter 内 2824-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 27500513-27500619(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAAGC
SmilChr03G001894 Chr03 NC_080389.1:26440519-26440530promoter 内 2587-2598 bp + 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 26441933-26442271(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATCACGCCAGA
SmilChr07G003634 Chr07 NC_080393.1:42994148-42994159promoter 内 2587-2598 bp + 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 42995562-42995900(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATCACGCCAGA
SmilChr08G001556 Chr08 NC_080394.1:12775866-12775877promoter 内 2448-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 12769949-12774324(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTTGCGTGTTG
SmilChr08G003580 Chr08 NC_080394.1:38538028-38538039promoter 内 2269-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 38539760-38540585(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATCACGCCAGA
SmilChr04G000042 Chr04 NC_080390.1:408123-408134promoter 内 2155-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 409969-412055(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGACGTGTTA
SmilChr08G003701 Chr08 NC_080394.1:41455270-41455281promoter 内 1804-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 41457467-41460905(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGGCACA
SmilChr04G001354 Chr04 NC_080390.1:22012663-22012674promoter 内 1609-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 22015055-22030127(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTAGCGTGTTG
SmilChr08G002781 Chr08 NC_080394.1:27501785-27501796promoter 内 1393-1404 bp - 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 27504393-27508031(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTTGCGTGTTT
SmilChr08G001771 Chr08 NC_080394.1:14913912-14913923promoter 内 289-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 14917624-14936642(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGG
SmilChr06G001059 Chr06 NC_080392.1:10462435-10462446promoter 内 3951-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10462485-10463547(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGGCACA
SmilChr04G003644 Chr04 NC_080390.1:52952886-52952897promoter 内 3913-3924 bp + 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 52952974-52955066(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGGCACA
SmilChr07G001832 Chr07 NC_080393.1:15799726-15799737promoter 内 3897-3908 bp + 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15799830-15801215(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGG
SmilChr03G004486 Chr03 NC_080389.1:62980601-62980612promoter 内 3862-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62979683-62980473(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGC
SmilChr01G005173 Chr01 NC_080387.1:69478836-69478847promoter 内 3549-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69476337-69478395(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAAGC
SmilChr05G001927 Chr05 NC_080391.1:19556970-19556981promoter 内 3510-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19557461-19560655(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATCACGCCAGA
SmilChr02G004739 Chr02 NC_080388.1:69592125-69592136promoter 内 3437-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69592689-69597641(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGACGTGTTA
SmilChr03G004508 Chr03 NC_080389.1:63176605-63176616promoter 内 3429-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 63170609-63176044(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGC
SmilChr02G000670 Chr02 NC_080388.1:10339370-10339381promoter 内 3379-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10339992-10340971(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATCACGCCAGA
SmilChr01G003616 Chr01 NC_080387.1:54691566-54691577promoter 内 3364-3375 bp + 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54685594-54690940(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGGTT
SmilChr04G000868 Chr04 NC_080390.1:10947106-10947117promoter 内 3300-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10947807-10957469(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGGAA
SmilChr01G004032 Chr01 NC_080387.1:58740298-58740309promoter 内 3251-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 58741048-58757991(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGCCGTGTTA
SmilChr02G001064 Chr02 NC_080388.1:18979479-18979490promoter 内 3041-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 18980439-18981660(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCAAGC
SmilChr05G003357 Chr05 NC_080391.1:44343529-44343540promoter 内 3038-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44344492-44345756(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTAGCGTGTTC
SmilChr02G000020 Chr02 NC_080388.1:163341-163352promoter 内 3026-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 161505-162377(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGC
SmilChr01G004965 Chr01 NC_080387.1:67746324-67746335promoter 内 3014-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67742964-67745348(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTTGCGTGTTT
SmilChr05G000978 Chr05 NC_080391.1:7899838-7899849promoter 内 2963-2974 bp - 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7898252-7898811(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGTCACA
SmilChr03G004347 Chr03 NC_080389.1:61742820-61742831promoter 内 2918-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61743903-61747334(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCTAGC
SmilChr03G001146 Chr03 NC_080389.1:13212565-13212576promoter 内 2869-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13208625-13211444(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTCCACGCCAGA
SmilChr04G003579 Chr04 NC_080390.1:52211573-52211584promoter 内 2825-2836 bp - 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 52212749-52216297(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTTGCGTGTTT
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